应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】高人指点DS2.5CDOCKER
汕头大学海洋科学接受调剂
141/2返回列表12下一页
查看: 2733  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

asd1zxc

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】高人指点DS2.5CDOCKER 已有3人参与

我在做CDOCKER分子对接，总感觉结果中的10个poses奇奇怪怪的，肯定不是优势构想，请问在做对接之前，小分子除了加氢之外还要经过其他手段处理啊？  请解释一下，小弟菜鸟。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Discovery Studio 常见问题及使用教程 分子对接问题锦集

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

你为什么这牛

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-08-18 15:43:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

克罗米虎

金虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-18 18:20:24
asd1zxc(金币+1):谢谢了，能详细点吗 2010-08-18 19:52:39
还可以Energy Minimize一下~
赞一下(1人) 回复此楼
专业的计算模拟服务：http://www.wecomput.com
2楼2010-08-18 16:01:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd1zxc

金虫 (正式写手)
^^
3楼2010-08-19 09:44:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd1zxc

金虫 (正式写手)
大家帮帮忙啦，小弟菜鸟，指导一下
赞一下 回复此楼
4楼2010-08-19 15:29:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd1zxc

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 克罗米虎 at 2010-08-18 16:01:28:
还可以Energy Minimize一下~

请问用哪个protocol进行Energy Minimize啊，谢谢了，是不是prepare ligands啊？
赞一下 回复此楼
5楼2010-08-19 15:30:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
asd1zxc(金币+2): 2010-08-19 15:47:13
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-19 16:28:21
引用回帖:
Originally posted by asd1zxc at 2010-08-18 15:43:46:
我在做CDOCKER分子对接，总感觉结果中的10个poses奇奇怪怪的，肯定不是优势构想，请问在做对接之前，小分子除了加氢之外还要经过其他手段处理啊？  请解释一下，小弟菜鸟。

要做的工作：加氢，加力场，附电荷，简单500-1000部的优化。
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
6楼2010-08-19 15:42:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd1zxc

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-08-19 15:42:36:

要做的工作：加氢，加力场，附电荷，简单500-1000部的优化。

500-1000步优化怎么做？
赞一下 回复此楼
7楼2010-08-19 15:47:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ostril

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
asd1zxc(金币+5):非常感谢，你真是热心的人啊，这方面好多都不懂，一头雾水，大哥能介绍个好的学习方法吗，分子模拟论坛的人太少了，发了帖子都没人理 2010-08-19 22:55:04
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-08-20 14:58:00
其实画完后直接加立场就可以，在加力场同时就会加氢了，然后在simulation里有minimization,设置为2000步， 0.05步长优化一下，基本就可以了.
另外，活性位点的球半径要设置适合你的化合物，太小或者太大对于你最后的结果也是有影响的。 希望对你有点帮助。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-08-19 22:10:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ostril

金虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-20 14:58:07
asd1zxc(金币+2): 2010-08-21 11:03:26
其实很多问题特别是比较初级的问题，你利用help里的手册都可以解决的。多练习多看help，相信你很快就可以脱离菜鸟行列
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-08-20 14:46:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《Discovery Studio 常见问题及使用教程》
赞一下 回复此楼
故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 20:16:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 asd1zxc 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +7 小聂爱学习 2026-04-11 10/500 2026-04-14 01:37 by wulijun2012
[考研] 一志愿华南理工大学331分材料求调剂 +10 天下ww 2026-04-09 11/550 2026-04-13 23:25 by pies112
[考研] 085600材料与化工，求调剂 +14 won_qii 2026-04-07 14/700 2026-04-13 22:21 by pies112
[考研] 化学070300 求调剂 +21 哈哈哈^_^ 2026-04-12 21/1050 2026-04-13 21:36 by nxybio2007
[考研] B区0809 ，数一英一，290 求调剂 +3 泠潍1111 2026-04-12 4/200 2026-04-13 20:35 by 学员JpLReM
[考研] 22408 352分求调剂 +5 努力的夏末 2026-04-09 5/250 2026-04-12 19:17 by wj165256
[考研] 291求调剂 +11 关忆北. 2026-04-09 12/600 2026-04-12 10:32 by 逆水乘风
[考研] 307求调剂 +10 tzq94092 2026-04-10 10/500 2026-04-12 08:18 by wise999
[考研] 280求调剂 +13 wzzz王 2026-04-09 13/650 2026-04-12 00:31 by 勇攀高峰0126
[考研] 化工调剂求导师收留！一志愿失利，踏实肯干，有植物提取科研经历 +20 yzyzx 2026-04-09 21/1050 2026-04-12 00:12 by 小小小小啦啦啦
[教师之家] 请问地理、遥感方面，可以做哪些横向项目啊，纵向完不成考核啊 +3 锦衣卫寒战 2026-04-07 5/250 2026-04-11 20:51 by 豫椒
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 269求调剂 +11 啊啊我我 2026-04-07 11/550 2026-04-11 16:45 by vgtyfty
[考研] 调剂求助 +6 果然有我 2026-04-11 7/350 2026-04-11 16:22 by 明月此时有
[考研] 本人女孩 +7 吼吼， 2026-04-10 9/450 2026-04-11 14:45 by ACS Nano——
[考研] 22408 327分求调剂 +4 韵风kon 2026-04-10 4/200 2026-04-11 09:51 by 猪会飞
[考研] 289 分105500药学专硕求调剂(找B区学校) +6 白云123456789 2026-04-09 8/400 2026-04-10 21:13 by zhouxiaoyu
[考研] 材料专硕初试分332一志愿西北工业大学， +12 故人?? 2026-04-09 12/600 2026-04-09 18:34 by Ccclqqq
[考研] 337求调剂 +4 Gky09300550， 2026-04-09 4/200 2026-04-09 17:18 by 帕尔马拉特
[考研] 求调剂材料科学与工程一志愿985初试365分 +5 材化李可 2026-04-08 5/250 2026-04-09 17:00 by Lilly_Li
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭