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汕头大学海洋科学接受调剂
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asd1zxc

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】高人指点DS2.5CDOCKER 已有3人参与

我在做CDOCKER分子对接,总感觉结果中的10个poses奇奇怪怪的,肯定不是优势构想,请问在做对接之前,小分子除了加氢之外还要经过其他手段处理啊?  请解释一下,小弟菜鸟。
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克罗米虎

金虫 (小有名气)


ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-18 18:20:24
asd1zxc(金币+1):谢谢了,能详细点吗 2010-08-18 19:52:39
还可以Energy Minimize一下~
专业的计算模拟服务:http://www.wecomput.com
2楼2010-08-18 16:01:28
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asd1zxc

金虫 (正式写手)

^^
3楼2010-08-19 09:44:18
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asd1zxc

金虫 (正式写手)

大家帮帮忙啦,小弟菜鸟,指导一下
4楼2010-08-19 15:29:12
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asd1zxc

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 克罗米虎 at 2010-08-18 16:01:28:
还可以Energy Minimize一下~

请问用哪个protocol进行Energy Minimize啊,谢谢了,是不是prepare ligands啊?
5楼2010-08-19 15:30:30
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
asd1zxc(金币+2): 2010-08-19 15:47:13
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-19 16:28:21
引用回帖:
Originally posted by asd1zxc at 2010-08-18 15:43:46:
我在做CDOCKER分子对接,总感觉结果中的10个poses奇奇怪怪的,肯定不是优势构想,请问在做对接之前,小分子除了加氢之外还要经过其他手段处理啊?  请解释一下,小弟菜鸟。

要做的工作:加氢,加力场,附电荷,简单500-1000部的优化。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
6楼2010-08-19 15:42:36
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asd1zxc

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-08-19 15:42:36:

要做的工作:加氢,加力场,附电荷,简单500-1000部的优化。

500-1000步优化怎么做?
7楼2010-08-19 15:47:03
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ostril

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
asd1zxc(金币+5):非常感谢,你真是热心的人啊,这方面好多都不懂,一头雾水,大哥能介绍个好的学习方法吗,分子模拟论坛的人太少了,发了帖子都没人理 2010-08-19 22:55:04
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-08-20 14:58:00
其实画完后直接加立场就可以,在加力场同时就会加氢了,然后在simulation里有minimization,设置为2000步, 0.05步长优化一下,基本就可以了.
另外,活性位点的球半径要设置适合你的化合物,太小或者太大对于你最后的结果也是有影响的。 希望对你有点帮助。
8楼2010-08-19 22:10:01
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ostril

金虫 (正式写手)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-20 14:58:07
asd1zxc(金币+2): 2010-08-21 11:03:26
其实很多问题特别是比较初级的问题,你利用help里的手册都可以解决的。多练习多看help,相信你很快就可以脱离菜鸟行列
9楼2010-08-20 14:46:26
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chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《Discovery Studio 常见问题及使用教程
故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 20:16:56
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