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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】高斯计算中如何冻结一部分原子
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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生

[交流] 【求助】高斯计算中如何冻结一部分原子 已有4人参与

哪位大侠知道在高斯计算中如何冻结一部分原子，看文献时看到“the SiH3 group at each terminal of the cluster model was frozen to retain the constraint originated from the 3D crystal lattices”，敬请各位指导一下，不胜感激！

Thank you very much!
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相信自己，努力拼搏！
1楼 2010-06-23 23:00:48
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2008从容

金虫 (小有名气)
★
heyo_123(金币+1):鼓励应助！！ 2010-06-24 08:44:44
dragon5061(金币+5):多谢你的帮助，不胜感激！ 2010-06-24 09:26:39
方法1：
用Gaussview打开gjf文件，gaussView/edit/redundant coordinates
点击左上角的绿色加号，在下面的选项中coordinates中选择cartesian coordinate，下面的选项中选择freeze coordinate。然后在结构图中选择要冻结的原子，然后保存就可以了。
方法2：
    直接在gjf文件的坐标后面加：X 原子标号 F，每个要冻结的原子占一行。
      例如要冻结第23、24号原子，则输入：
X  23  F
X  24  F
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2楼2010-06-24 08:39:04
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sophia_999

金虫 (小有名气)
dragon5061(金币+2):谢谢！ 2010-06-24 10:34:29
gaussview生成的xyz格式，一般如下：

Si  0   x1  y1  z1
H  0   x2  y2  z2
.....

对于想固定的原子把0改成-1就可以了。
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3楼2010-06-24 09:46:51
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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生
引用回帖:
Originally posted by 2008从容 at 2010-06-24 08:39:04:
方法1：
用Gaussview打开gjf文件，gaussView/edit/redundant coordinates
点击左上角的绿色加号，在下面的选项中coordinates中选择cartesian coordinate，下面的选项中选择freeze coordinate。然后在结构图中选 ...

你好，按方法一说的总是报错如下


如何处理，谢谢指导。
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相信自己，努力拼搏！
4楼2010-06-24 10:33:48
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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生
引用回帖:
Originally posted by sophia_999 at 2010-06-24 09:46:51:
gaussview生成的xyz格式，一般如下：

Si  0   x1  y1  z1
H  0   x2  y2  z2
.....

对于想固定的原子把0改成-1就可以了。

弱弱的问一下，如何用将gaussview输出的gjf文件设置成xyz格式的。
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相信自己，努力拼搏！
5楼2010-06-24 10:35:55
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liuxiaocunde

铁杆木虫 (著名写手)

古德里安将军
dragon5061(金币+1):Thank you！ 2010-06-24 10:55:02
dragon5061(金币+2):谢谢哈！ 2010-06-28 21:31:34
引用回帖:
Originally posted by dragon5061 at 2010-06-24 10:35:55:


弱弱的问一下，如何用将gaussview输出的gjf文件设置成xyz格式的。

chem3d打开后另存
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新征途
6楼2010-06-24 10:44:58
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2008从容

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dragon5061 at 2010-06-24 10:33:48:

你好，按方法一说的总是报错如下


如何处理，谢谢指导。

把gjf文件中的坐标形式改为直角坐标
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7楼2010-06-24 11:40:44
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2008从容

金虫 (小有名气)
我看报错的第一个问题关于二面角的设置，你确定一下冻结的是原子坐标，还是二面角？
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8楼2010-06-24 11:43:10
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875418128

金虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主能把the SiH3 group at each terminal of the cluster model was frozen to retain the constraint originated from the 3D crystal lattices这句话对应的文献发给我或者相应的链接发给我吗？小虫在做优化的时候也用了类似的方法但是希望能找到文献支持，非常感谢！
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9楼2015-09-13 14:38:09
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