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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】关于adv mater 08年一篇论文中tddft计算的一些疑问，请高手指正
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faqianliu

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于adv mater 08年一篇论文中tddft计算的一些疑问，请高手指正 已有5人参与

关于adv mater 2008年一篇金属配合物td-dft计算的一些疑问

该论文下载地址如下：
http://www.brsbox.com/filebox/do ... 31e39a77b744bb53cbf

辅助材料信息下载地址如下：
http://www.brsbox.com/filebox/do ... 9674c91972a7f2c24d3

配合物1的cif文件下载地址：
http://www.brsbox.com/filebox/do ... 6ade2ec0968bcca8922

如不想麻烦下载，请参照后面的图形

此论文作者采用TD-DFT/PCM方式计算了三个3D金属簇合物的吸收光谱，并借此来解释其三阶非线性的差异，我只上载了配合物1的cif文件，我所关心的问题是：

1、配合物中cif的结构和计算模型并不相同，原始晶体信息如下图所示：


而论文中采用的模型为：


此处，模型和CIF文件明显不同，其中【WOS3Cu3】为+1价，也就是说，模型中的配合物电荷也不为0，计算无影响？

2、按照上图的模型，此处的自旋多重度应该为多少？从文献辅助材料提到的计算结构看，是按闭壳层计算的：
Results of Time-Dependent DFT Calculations: Cluster1-B3LYP-LanL2DZ TD-PCM (20states) in DMF (dielectric constant=36.7)
Excitation energies and oscillator strengths:
Excited State 1: Singlet-A 2.5930 eV 478.15 nm f=0.0004
101 ->106 -0.23472
102 ->106 -0.27424
103 ->104 0.57035
103 ->105 -0.13601
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(RPA) = -1616.83190592
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.
Excited State 2: Singlet-A 2.6426 eV 469.18 nm f=0.0001
101 ->104 -0.16893
102 ->104 -0.37668
103 ->106 0.53940
Excited State 3: Singlet-A 2.7224 eV 455.42 nm f=0.0072
101 ->104 0.20670
102 ->104 0.47922
102 ->105 -0.10689
103 ->106 0.42014
Excited State 4: Singlet-A 2.7438 eV 451.87 nm f=0.0096
100 ->106 -0.21888
101 ->106 0.49112
102 ->106 0.26780
103 ->104 0.31098
Excited State 5: Singlet-A 2.7544 eV 450.14 nm f=0.0010
98 ->104 0.15400
98 ->105 0.62515
99 ->107 -0.15805
100 ->107 0.14758

辅助材料中配合物1给了20个态，我只列了前5个，显示均为单线态，可是我按照模型搭建的分子，按自旋多重度为1计算，根本无法计算，高斯出错：

The combination of multiplicity 1 and   207 electrons is impossible.


如果按开壳层计算的话，Excited State 1: Singlet-A 2.5930 eV 478.15 nm f=0.0004
计算结果中的singlet应该为？，也就是程序无法判断单线态或三线态，按作者提供的应该是闭壳层计算，且从文章的图形中也均以homo lumo来命名轨道，如下图：


也就是说，论文中采用的应该为闭壳层计算，作者是如何做到的？


以上2疑问，请指正

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-3-25 at 09:55 ]
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1楼 2010-03-25 09:23:58
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
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yjcmwgk:无语中…… 2010-03-29 11:39
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-03-25 11:28:19:

呵，首先感谢faqianliu不计前嫌！我的不当言论也已经悉数删除。再说一声对不起。
其实刚才也是心里有些郁闷，早上一来就被某师妹气得半死。唉，我也是暴脾气，您原谅我吧……

再次印证了我的观点，你师妹对你有意思
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
7楼2010-03-26 12:57:59
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abbott

金虫 (著名写手)

不要用QQ问我东西
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不懂 楼主写comment吧。
或者写信咨询作者？
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Chemistry[]==[]Chem[]is[]try!!!
2楼2010-03-25 09:58:49
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yjcmwgk

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erylingjet(金币+8):good 2010-04-01 17:53
作者在原文中已经明确说，他计算的是cluster。如果你看看这个cif文件的packing格式的话，您就会发现，每个分子都通过N=C键与3个分子相互连接。作者为了研究这种分子组建的cluster，所以取出了两个分子组建而成的Cluster。如下图：

当然这张图中显示了5个空的N=C键。这是通向其他晶胞的桥梁。
因此说，作者的计算模型不但是正确的，而且是准确的。如果作者仅仅考虑一个分子，才是滑天下之大稽。当然，如果作者有心，可以计算三个分子的cluster、四个分子cluster……等。下图显示了一种可能的cluster生长方式（沿c轴生长，绿色标记）。

当然如果沿着a轴生长或者沿着b轴生长的cluster，就不是这样的，您自己生长一下看看吧。不过，无论哪种生长方式，作者的二联cluster总是它们的一种基本结构，是这三种生长方式得到的大型cluster的共有的基本结构，因此我很佩服作者的cluster抽取能力。

第二个问题：如果两个分子已经桥联了，那么自然会形成闭壳层体系。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-3-25 at 11:26 ]
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3楼2010-03-25 10:11:56
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faqianliu

银虫 (小有名气)
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yjcmwgk(金币+10):先向您道个歉，然后鼓励一下。周围没有量化的环境，自己研究，确实很艰苦呢 2010-03-25 11:34
erylingjet(金币+5):欢迎常来! 2010-04-01 17:53
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-03-25 10:11:56:
楼主的问题真是莫名其妙啊。很明显楼主并没有经过仔细的思考，就匆忙上来发帖求助了。

作者在原文中已经明确说，他计算的是cluster。如果你看看这个cif文件的packing格式的话，您就会发现，每个分子都通过N=C键 ...

呵，首先感谢小卒耐心解答！

其实刚才也是心里有些郁闷，还是那句话，如果懂的话谁愿意在这发帖子提问，不懂的话提问又没人解答，只能发发牢骚了，其实有些问题对你们来说很简单，可对我们来说，如果有人稍微指点一下，就能想通很多事情

接触高斯也有一段时间了，软件是网上搜索的，资料也是从网上搜索的，中间有很多人热心人帮助，但是再帮助，一个TD-DFT计算荧光，我就纠结了很长很长时间，到现在结果还不太明白，为什么呢？因为从写gif就是自学，看结果自学，什么都是自学，如果我们有一个工作团队，师兄师弟都可以帮忙，那肯定是没问题，有问题问问，周围有懂的也行，问问，也没有。。。

我们现在看资料，有不懂的首先也是去搜索，去找答案，可是网络不是万能的，不可能我们需要的资料网上就能一搜就找到的，所以就可能浪费很多时间，我们提的问题在你们学的好的人来说非常简单，甚至非常可笑，为什么会问这种问题呢？

还有gaussian 03手册，看过啊，有事先翻翻，但是没基础的话能看懂多少？

所以我们还是在慢慢摸索着前行吧，只能一点一点的积累知识，然后再等自己某天突然豁然开朗，噢，原来如此。。。

说这么多，心里话，还是非常感谢楼上的指点！
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4楼2010-03-25 11:22:48
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yjcmwgk

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引用回帖:
Originally posted by faqianliu at 2010-03-25 11:22:48:
呵，首先感谢小卒耐心解答！
其实刚才也是心里有些郁闷，还是那句话，如果懂的话谁愿意在这发帖子提问，不懂的话提问又没人解答，只能发发牢骚了，其实有些问题对你们来说很简单，可对我们来说，如果有人稍 ...

呵，首先感谢faqianliu不计前嫌！我的不当言论也已经悉数删除。再说一声对不起。
其实刚才也是心里有些郁闷，早上一来就被某师妹气得半死。唉，我也是暴脾气，您原谅我吧……
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5楼2010-03-25 11:28:19
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yling10
6楼2010-03-26 11:12:06
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qzhaosdu

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[ Last edited by qzhaosdu on 2010-3-26 at 13:46 ]
8楼2010-03-26 13:08:21
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yjcmwgk

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yzcluster(金币+5):再次拜读某人大作。：） 2010-04-07 12:52
引用回帖:
Originally posted by faqianliu at 2010-03-25 11:22:48:
我们还是在慢慢摸索着前行吧，只能一点一点的积累知识，然后再等自己某天突然豁然开朗，噢，原来如此。。。

唉，如果刘老师有心，您看看这个帖子吧，好吗？

点击链接http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1405684　　

　　首先要学习的就是一本高斯入门书。我发现了，很多人连高斯入门书都没看过就要用高斯计算自己的体系。这里我个人推荐郭勇的《高斯使用指南》，很简单的一本书，完全就是为那些一点高斯基础都没有的人准备的。其实，如果你的英文还行（过了6级的人肯定没问题），那就看看高斯公司自己出版的高斯教材《Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods》，也是为那些完全没有一点高斯基础的人准备的。
　　此外，一定要学学群论。我个人推荐科顿的《群论在化学中的应用》一书，完全就是为那些一点群论基础都没有的人准备的。当然，您很可能要补一点数学知识，主要是线性代数。原书是英文版，但是超星上有中译本。其实，如果您的英语已经过了6级，直接看英文版，问题也不是太大（这时，你遇到的主要问题是专业术语问题而已，查查就懂了）
　　量子化学的入门书一定要读一本。徐光宪的《量子化学 : 基本原理和从头计算法》就是极好的。
　　高斯公司出版的《高斯说明书》才是用高斯软件的终极教程——您想，谁又能比高斯软件开发公司更了解高斯软件本身呢？读完了郭勇的《高斯使用指南》，再读《高斯说明书》。

　　建议学习顺序：
　　1徐老的《量子化学 : 基本原理和从头计算法》
　　2科顿的《群论在化学中的应用》
　　3《高斯说明书》
　　此外，《Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods》要在看《高斯说明书》之前看，但是不规定它和1号、2号书的次序

　　注意，《Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods》有一本南开中译本。首先承认这本中译本很好，为量化事业做出了很大贡献，我们十分敬仰这位译者。但是，该本严重不全。（300+页的英文书，被译成了60多页的中文书，翻译过程中，内容损失太大了）刘老师既然是老师，就应该直接看英文啦，给我们小辈们做表率嘛

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-4-6 at 11:46 ]
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9楼2010-04-06 11:42:06
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faqianliu

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yzcluster(金币+1):小卒同学还是非常热情的。另外，磁性的计算高斯可以进行。而且某些情况比MS要准 2010-04-07 12:53
引用回帖:
Originally posted by yjcmwgk at 2010-04-06 11:42:06:

唉，如果刘老师有心，您看看这个帖子吧，好吗？

点击链接http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1405684　　

　　首先要学习的就是一本高斯入门书。我发现了，很多人连高斯入门书都没看过就 ...

呵呵，我们在高斯方面还只是小学生，没办法和你们比~~

那本书看过，平时工作太忙，这些都是晚上看的，有时候好几天才有时间看看，你说的很对，是应该从头学起，不过，我们不是搞量子化学的，高斯毕竟只是一个工具，也不可能把全部的精力拿来学习一个软件，够用就行了，我现在正在学习磁性，也许下次我就需要去看MS，是不~~

由于windows有16G限制，今天刚把win7/linux双系统安装好，64位系统还要安装32位虚拟机，linux下发现高斯不运行，可能你第一次linux下安装gauss，有师兄指点，10分钟就OK了，我们自己来，需要折腾一天...

总之大家都不容易，谁也不可能掌握各个领域的知识，可能你一句话，能帮我们省2天的时间，能帮就帮吧，呵呵，对不~~

还有，如果大家站在不同的平台上去看同一本书的话，可能很多内容不能领会，其实书看过了，但是有些不理解，所以才会出来问的~~

上次通过QQ向你请教的结果就是，回头继续看书，继续自己研究~~

授之以鱼不如授之以渔，这个道理都懂，你已经占到这个领域的高点上了，当然可以一览众山小，悠悠的要求不懂的人多看书，但是过度强度渔的话是不是有时就有点过犹不及了

呵呵，一家之言，昨晚又看了一遍faq，说实话对小卒版主我十分佩服，希望这个版越来越红火~~
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10楼2010-04-06 17:31:27
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