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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » linux下gauss运行错误
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lstone03

木虫 (小有名气)

[求助] linux下gauss运行错误

Sample Text自己在linux下安装了gauss03E01，但是运行时出现了问题：
lstone@Lstone:~/g03/scratch$ g03 test.gjf
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 11, file /tmp/lstone/g03/Gau-3525.inp
Image              PC                Routine            Line        Source            
g03                00000000004AED6E  Unknown               Unknown  Unknown
g03                00000000004ADF6A  Unknown               Unknown  Unknown
g03                00000000004446AA  Unknown               Unknown  Unknown
g03                0000000000418E6A  Unknown               Unknown  Unknown
g03                0000000000418476  Unknown               Unknown  Unknown
g03                000000000042BB8E  Unknown               Unknown  Unknown
g03                0000000000405C29  Unknown               Unknown  Unknown
g03                0000000000404C02  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          00007F39F75CD76D  Unknown               Unknown  Unknown
g03                0000000000404B29  Unknown               Unknown  Unknown
而且也出现了test.log 文件，但是文件里面只有三行话：
Entering Gaussian System, Link 0=g03
Input=test.gjf
Output=test.log
不知道这是怎么回事，对linux不大懂，自己按照网上的教程装gauss，之前遇到问题在网上查了还能解决，但是这个问题我是不知道该怎么办了，在网上看了说要改文件的权限，我试过了但是没有用，还请高人指点，非常感谢！
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1楼 2013-03-13 22:19:22
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
No such file or directory
你是在自己电脑上装的？
路径设置出问题了，你看下file下面有preference可以设置。
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2楼2013-03-13 22:32:36
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gmy1990 at 2013-03-13 22:32:36
No such file or directory
你是在自己电脑上装的？
路径设置出问题了，你看下file下面有preference可以设置。

嗯，在自己电脑上装了一个双系统，然后就用按网上的方法装gauss了。
我路径设置就是按网上设置的
# for Gaussian.03.C02
G03ROOT=/home/lstone/g03
GAUSS_EXEDIR=$G03ROOT
GAUSS_SCRDIR=/tmp/lstone/g03
LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH
PATH=$G03ROOT/:$PATH
export G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH

也不知道到底是哪里出了问题，还请版主指教。
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3楼2013-03-13 22:38:52
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gmy1990

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
lstone03: 金币+5, ★★★很有帮助, 我觉得应该不是我路径设置的问题吧，我设置完路径后运行bath是没有问题的，而且我后来运行Gauss还是有动静的，只是没有运算而已。。。 2013-03-13 22:58:45
ben_ladeng: 金币+1, 谢谢 2013-03-25 20:38:04
你不能按网上的设置啊，你得自己按照自己装的路径更改设置的，找到那几个程序，然后把路径复制进去，别人的电脑设置不一样。
装软件，就是安装，然后找路径，就行！
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4楼2013-03-13 22:51:12
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love5264

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lstone03: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢，我大概明白我的错误的地方了，谢谢！ 2013-03-14 12:34:59
ben_ladeng: 金币+1, 谢谢 2013-03-25 20:38:18
网上下的话，
你解压缩到你的主文件夹
然后把上面的环境变量
lstone改成你自己电脑的hostname就行了
再source .bashrc
就行了
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谋定而动
5楼2013-03-14 06:17:16
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
检查一下你的/tmp/lstone/g03目录是否存在，不存在的话手动建一个

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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6楼2013-03-14 06:40:56
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pwzhou at 2013-03-14 06:40:56
检查一下你的/tmp/lstone/g03目录是否存在，不存在的话手动建一个

我现在把路径改了，没有这个错误了，但是又出现了新的错误。。。
lstone@Lstone:~$ cd /home/lstone/g03/scratch
lstone@Lstone:~/g03/scratch$ g03 test.gjf
ntrext1: Bad file descriptor
Aborted (core dumped)

然后看程序的。out文件，发现如下：
Entering Gaussian System, Link 0=g03
Input=test.gjf
Output=test.log
Initial command:
/home/lstone/g03/l1.exe /home/lstone/g03/scratch/Gau-2769.inp -scrdir=/home/lstone/g03/scratch/
Entering Link 1 = /home/lstone/g03/l1.exe PID=      2771.
******************************************
Gaussian 03:  EM64T-G03RevE.01 11-Sep-2007
                14-Mar-2013
******************************************
%chk=C:\Users\Lstone\Documents\Gauss\Reaction Pathway\hypothesis1\Untitled-1.chk
ntrext1
也不知道这是怎么回事
http://muchong.com/html/201012/2664626.html
我试过用这个帖子里面的方法，但是没有用，还请大家指教！
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7楼2013-03-14 09:39:40
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pwzhou

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lstone03: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢你了，我好像明白我刚刚遇到的错误了，我发现我从网上下的gauss里面居然没有l202文件。。。 2013-03-14 12:34:17
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢 2013-03-25 20:37:45
%chk=C:\Users\Lstone\Documents\Gauss\Reaction Pathway\hypothesis1\Untitled-1.chk
你这样的check文件Linux如何建立啊？改成：
%chk=Untitled-1.chk
试试。
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8楼2013-03-14 11:13:08
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lstone03

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by pwzhou at 2013-03-14 11:13:08
%chk=C:\Users\Lstone\Documents\Gauss\Reaction Pathway\hypothesis1\Untitled-1.chk
你这样的check文件Linux如何建立啊？改成：
%chk=Untitled-1.chk
试试。

这样改过之后确实可以运行，但是后面接着遇到了问题。。。
lstone@Lstone:~$ cd /home/lstone/g03/scratch
lstone@Lstone:~/g03/scratch$ g03 test.gjf
No executable for file l202.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is "/home/lstone/g03"
: No such file or directory
Aborted (core dumped)

然后我的输出文件如下：
******************************************
Gaussian 03:  EM64T-G03RevE.01 11-Sep-2007
                14-Mar-2013
******************************************
%chk=Untitled-1.chk
-------------------------------------
# freq rb3lyp/6-31g geom=connectivity
-------------------------------------
1/10=4,30=1,38=1,57=2/1,3;
2/17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4/7=1/1;
5/5=2,38=5/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1/1,2,10;
10/6=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,18=1,28=1/1;
7/8=1,10=1,25=1/1,2,3,16;
1/10=4,30=1/3;
99//99;
----------
Untitled-1
----------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
C                    -1.51128   0.15049   0.23206
C                    -0.09795   0.25233  -0.29948
C                     0.8159   -0.82617   0.30702
O                    -2.33612  -0.66507  -0.19298
O                     2.16504  -0.65012  -0.16814
O                     0.5086    1.51708   0.10488
H                    -1.74569   0.8424    1.06162
H                    -0.09727   0.1383   -1.39069
H                     0.48768  -1.81559  -0.01335
H                     0.76622  -0.76731   1.40332
H                     2.42524   0.2761    0.02441
H                     0.22355   2.25107  -0.47289


GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initialization pass.
Trust Radius=3.00D-01 FncErr=1.00D-07 GrdErr=1.00D-07
Number of steps in this run=   2 maximum allowed number of steps=   2.
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

No executable for file l202.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is "/home/lstone/g03"

我的.bashrc文件是如下设置：
# for Gaussian03E01
G03ROOT=/home/lstone/g03
GAUSS_EXEDIR=$G03ROOT
GAUSS_SCRDIR=/home/lstone/g03/scratch
LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH
PATH=$G03ROOT/:$PATH
export G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH

还请指教，非常感谢！
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9楼2013-03-14 12:04:49
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lstone03

木虫 (小有名气)
★
ben_ladeng: 金币+1, 谢谢分享 2013-03-25 20:38:46
引用回帖:
9楼: Originally posted by lstone03 at 2013-03-14 12:04:49
这样改过之后确实可以运行，但是后面接着遇到了问题。。。
lstone@Lstone:~$ cd /home/lstone/g03/scratch
lstone@Lstone:~/g03/scratch$ g03 test.gjf
No executable for file l202.exe.

Search path GAUSS ...

还有补充一下，我g03里面建了一个scratch文件夹，然后把我要运行的test.gjf文件放在scratch文件里面去了
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10楼2013-03-14 12:09:44
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