应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】高斯计算中如何冻结一部分原子
91/1返回列表
查看: 3686  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生

[交流] 【求助】高斯计算中如何冻结一部分原子 已有4人参与

哪位大侠知道在高斯计算中如何冻结一部分原子，看文献时看到“the SiH3 group at each terminal of the cluster model was frozen to retain the constraint originated from the 3D crystal lattices”，敬请各位指导一下，不胜感激！

Thank you very much!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
相信自己，努力拼搏！
1楼 2010-06-23 23:00:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2008从容

金虫 (小有名气)
★
heyo_123(金币+1):鼓励应助！！ 2010-06-24 08:44:44
dragon5061(金币+5):多谢你的帮助，不胜感激！ 2010-06-24 09:26:39
方法1：
用Gaussview打开gjf文件，gaussView/edit/redundant coordinates
点击左上角的绿色加号，在下面的选项中coordinates中选择cartesian coordinate，下面的选项中选择freeze coordinate。然后在结构图中选择要冻结的原子，然后保存就可以了。
方法2：
    直接在gjf文件的坐标后面加：X 原子标号 F，每个要冻结的原子占一行。
      例如要冻结第23、24号原子，则输入：
X  23  F
X  24  F
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-06-24 08:39:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sophia_999

金虫 (小有名气)
dragon5061(金币+2):谢谢！ 2010-06-24 10:34:29
gaussview生成的xyz格式，一般如下：

Si  0   x1  y1  z1
H  0   x2  y2  z2
.....

对于想固定的原子把0改成-1就可以了。
赞一下 回复此楼
3楼2010-06-24 09:46:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生
引用回帖:
Originally posted by 2008从容 at 2010-06-24 08:39:04:
方法1：
用Gaussview打开gjf文件，gaussView/edit/redundant coordinates
点击左上角的绿色加号，在下面的选项中coordinates中选择cartesian coordinate，下面的选项中选择freeze coordinate。然后在结构图中选 ...

你好，按方法一说的总是报错如下


如何处理，谢谢指导。
赞一下 回复此楼
相信自己，努力拼搏！
4楼2010-06-24 10:33:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生
引用回帖:
Originally posted by sophia_999 at 2010-06-24 09:46:51:
gaussview生成的xyz格式，一般如下：

Si  0   x1  y1  z1
H  0   x2  y2  z2
.....

对于想固定的原子把0改成-1就可以了。

弱弱的问一下，如何用将gaussview输出的gjf文件设置成xyz格式的。
赞一下 回复此楼
相信自己，努力拼搏！
5楼2010-06-24 10:35:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuxiaocunde

铁杆木虫 (著名写手)

古德里安将军
dragon5061(金币+1):Thank you！ 2010-06-24 10:55:02
dragon5061(金币+2):谢谢哈！ 2010-06-28 21:31:34
引用回帖:
Originally posted by dragon5061 at 2010-06-24 10:35:55:


弱弱的问一下，如何用将gaussview输出的gjf文件设置成xyz格式的。

chem3d打开后另存
赞一下 回复此楼
新征途
6楼2010-06-24 10:44:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2008从容

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by dragon5061 at 2010-06-24 10:33:48:

你好，按方法一说的总是报错如下


如何处理，谢谢指导。

把gjf文件中的坐标形式改为直角坐标
赞一下 回复此楼
7楼2010-06-24 11:40:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

2008从容

金虫 (小有名气)
我看报错的第一个问题关于二面角的设置，你确定一下冻结的是原子坐标，还是二面角？
赞一下 回复此楼
8楼2010-06-24 11:43:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

875418128

金虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主能把the SiH3 group at each terminal of the cluster model was frozen to retain the constraint originated from the 3D crystal lattices这句话对应的文献发给我或者相应的链接发给我吗？小虫在做优化的时候也用了类似的方法但是希望能找到文献支持，非常感谢！
赞一下 回复此楼
9楼2015-09-13 14:38:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 dragon5061 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 299求调剂 +4 △小透明* 2026-03-17 4/200 2026-03-17 20:09 by peike
[考研] 332求调剂 +6 Zz版 2026-03-13 6/300 2026-03-17 17:03 by ruiyingmiao
[考研] 【0856】化学工程（085602）313 分，本科学科评估A类院校化学工程与工艺，诚求调剂 +7 小刘快快上岸 2026-03-11 8/400 2026-03-17 16:57 by ruiyingmiao
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +4 梨花珞晚风 2026-03-17 4/200 2026-03-17 13:38 by houyaoxu
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习 +6 Losir 2026-03-12 7/350 2026-03-17 12:09 by danranxie
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:05 by njzyff
[考研] 一志愿华中师范071000，325求调剂 +6 RuitingC 2026-03-12 6/300 2026-03-16 14:50 by 可淡不可忘
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化，一志愿：哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] 0703化学调剂 +4 快乐的香蕉 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:41 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 +5 隔壁陈先生 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:03 by 星空星月
[考研] 304求调剂 +7 7712b 2026-03-13 7/350 2026-03-13 21:42 by peike
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:27 by JourneyLucky
[考研] 301求调剂 +6 Liyouyumairs 2026-03-11 6/300 2026-03-13 20:11 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[考研] 307求调剂 +5 超级伊昂大王 2026-03-12 5/250 2026-03-13 15:56 by 棒棒球手
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +8 困于星晨 2026-03-12 10/500 2026-03-13 15:42 by ms629
[考研] 274求调剂 +3 S.H1 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:15 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工 309分请求调剂 +7 dtdxzxx 2026-03-12 8/400 2026-03-13 14:43 by jxchenghu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭