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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生

[交流] 【求助】高斯计算中如何冻结一部分原子 已有4人参与

哪位大侠知道在高斯计算中如何冻结一部分原子,看文献时看到“the SiH3 group at each terminal of the cluster model was frozen to retain the constraint originated from the 3D crystal lattices”,敬请各位指导一下,不胜感激!

Thank you very much!
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2008从容

金虫 (小有名气)

我看报错的第一个问题关于二面角的设置,你确定一下冻结的是原子坐标,还是二面角?
8楼2010-06-24 11:43:10
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2008从容

金虫 (小有名气)


heyo_123(金币+1):鼓励应助!! 2010-06-24 08:44:44
dragon5061(金币+5):多谢你的帮助,不胜感激! 2010-06-24 09:26:39
方法1:
用Gaussview打开gjf文件,gaussView/edit/redundant coordinates
点击左上角的绿色加号,在下面的选项中coordinates中选择cartesian coordinate,下面的选项中选择freeze coordinate。然后在结构图中选择要冻结的原子,然后保存就可以了。
方法2:
    直接在gjf文件的坐标后面加:X 原子标号 F,每个要冻结的原子占一行。
      例如要冻结第23、24号原子,则输入:
X  23  F
X  24  F
2楼2010-06-24 08:39:04
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sophia_999

金虫 (小有名气)

dragon5061(金币+2):谢谢! 2010-06-24 10:34:29
gaussview生成的xyz格式,一般如下:

Si  0   x1  y1  z1
H  0   x2  y2  z2
.....

对于想固定的原子把0改成-1就可以了。
3楼2010-06-24 09:46:51
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dragon5061

至尊木虫 (正式写手)

学生

引用回帖:
Originally posted by 2008从容 at 2010-06-24 08:39:04:
方法1:
用Gaussview打开gjf文件,gaussView/edit/redundant coordinates
点击左上角的绿色加号,在下面的选项中coordinates中选择cartesian coordinate,下面的选项中选择freeze coordinate。然后在结构图中选 ...

你好,按方法一说的总是报错如下


如何处理,谢谢指导。
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4楼2010-06-24 10:33:48
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