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bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教如何按照指定的形式对接? 已有3人参与

我看到文献中已经给出了他们做的对接模式,知道配体的相应原子与蛋白的结合模式,我如何重复他们的工作呢? 可不可以按照他们得到的结合模型来指定特定的残基呢?  我重复他们的工作的时候,对接得分很高,可是和他们用的同一个分子得到的结合模型不同啊?

  文献中有一句话, thsi new binding model necessitated revisiting the structure of the glycine-rich loop (P-loop) in the protein to avoid steric clashes between the P-loop and computationally modelled compounds.
这里说是不是受体蛋白首先要修改一下,然后再对接呢,那么p-loop指的是什么?

谢谢!
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caixin5120

木虫 (正式写手)


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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-06-21 16:39:30
你所做的可能属于 重对接(Re-docking)--重现晶体结构中的结合模式。
分数高不一定就可以重现,软件的对接由参数控制,调整参数可以得到不同的结果。
评价对接软件性能好坏的一个东西叫RMSD,就是说重对接后的分子与原来晶体结构中的分子有多大差异。
2楼2010-06-21 16:32:50
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nh13

木虫 (正式写手)

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小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-06-21 17:54:42
按照文献的意思应该是需要修改p-loop区,其空间结构可能会影响配体在作用未定的结合。p-loop文献中有解释。我猜他可能删除了一些残基或残基上的结构。
所以在你使用同样软件对接后作用位点不同。应该是受p-loop区立体影响吧。

不过你可以换个对接软件试试。Gold,MVD,Autodock什么的。
3楼2010-06-21 16:47:20
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bbslover

金虫 (正式写手)

多谢了 我试试看吧。
4楼2010-06-23 14:15:51
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