24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 484  |  回复: 3

bbslover

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】请教如何按照指定的形式对接? 已有3人参与

我看到文献中已经给出了他们做的对接模式,知道配体的相应原子与蛋白的结合模式,我如何重复他们的工作呢? 可不可以按照他们得到的结合模型来指定特定的残基呢?  我重复他们的工作的时候,对接得分很高,可是和他们用的同一个分子得到的结合模型不同啊?

  文献中有一句话, thsi new binding model necessitated revisiting the structure of the glycine-rich loop (P-loop) in the protein to avoid steric clashes between the P-loop and computationally modelled compounds.
这里说是不是受体蛋白首先要修改一下,然后再对接呢,那么p-loop指的是什么?

谢谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-06-21 16:39:30
你所做的可能属于 重对接(Re-docking)--重现晶体结构中的结合模式。
分数高不一定就可以重现,软件的对接由参数控制,调整参数可以得到不同的结果。
评价对接软件性能好坏的一个东西叫RMSD,就是说重对接后的分子与原来晶体结构中的分子有多大差异。
2楼2010-06-21 16:32:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nh13

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-06-21 17:54:42
按照文献的意思应该是需要修改p-loop区,其空间结构可能会影响配体在作用未定的结合。p-loop文献中有解释。我猜他可能删除了一些残基或残基上的结构。
所以在你使用同样软件对接后作用位点不同。应该是受p-loop区立体影响吧。

不过你可以换个对接软件试试。Gold,MVD,Autodock什么的。
3楼2010-06-21 16:47:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bbslover

金虫 (正式写手)

多谢了 我试试看吧。
4楼2010-06-23 14:15:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bbslover 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 生物医药调剂|SCI中科院三区一作+多项科研成果 +8 likangxing 2026-04-07 11/550 2026-04-08 00:02 by lys0704
[考研] 278求调剂 +13 范婷娜 2026-04-07 14/700 2026-04-07 22:42 by 来看流星雨10
[考研] 0703调剂,一志愿天津大学319分 +19 haaaabcd 2026-04-05 21/1050 2026-04-07 22:18 by dick_runner
[考研] 求调剂 +5 吃口冰激凌 2026-04-07 5/250 2026-04-07 22:11 by hemengdong
[考研] 调剂 +18 不逢春 2026-04-05 19/950 2026-04-07 22:04 by lijunpoly
[考研] 复试调剂 +9 春日来信- 2026-04-03 9/450 2026-04-07 15:17 by 尽舜尧1
[考研] 学硕化学工程与技术,一志愿中国海洋大学320+求调剂 +9 披星河 2026-04-02 9/450 2026-04-07 12:53 by 尽舜尧1
[考研] 266分,一志愿电气工程,本科材料,求材料专业调剂 +9 哇呼哼呼哼 2026-04-02 10/500 2026-04-06 19:47 by jean5056
[考研] 085600,320分求调剂 +7 大馋小子 2026-04-01 8/400 2026-04-05 21:19 by 学员8dgXkO
[考研] 材料专硕(0856) 339分求调剂 +10 哈哈哈鹅哈哈哈 2026-04-04 10/500 2026-04-05 18:51 by 蓝云思雨
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-04-02 3/150 2026-04-05 13:02 by arrow8852
[考研] 083200 333求调剂 +3 十二!! 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:28 by barlinike
[考研] 294求调剂 +6 Grey_Ey 2026-04-02 9/450 2026-04-04 22:07 by hemengdong
[考研] 0835学硕299求调剂 08大类可接受 +5 useryy 2026-04-03 5/250 2026-04-04 20:07 by 蓝云思雨
[考研] 321求调剂 +13 认真求上学 2026-04-02 13/650 2026-04-04 18:23 by macy2011
[考研] 怎么删帖子啊 +3 缝曦1000 2026-04-04 3/150 2026-04-04 14:20 by 土木硕士招生
[考研] 305求调剂 +3 77Qi 2026-04-03 3/150 2026-04-03 23:01 by qzxyhcsy
[考研] 338求调剂,一志愿能源动力,外语是日语203 +5 zzz,,r 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:45 by 蓝云思雨
[考研] 312 化工或制药调剂 +8 小小墨123 2026-04-02 9/450 2026-04-03 09:12 by zhouxiaoyu
[考研] 能源动力 调剂 +3 不破不立0 2026-04-02 3/150 2026-04-02 12:46 by ffffjjjj
信息提示
请填处理意见