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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】问个问题,测PCR产物序列的时候会不会测出引物的序列?
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wwsw38

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】问个问题,测PCR产物序列的时候会不会测出引物的序列? 已有14人参与

问个问题,测PCR产物序列的时候会不会测出引物的序列?

我用的16SRDNA通用引物,测序公司给我们的序列里会不会包括该通用引物的序列?
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为自己加油
1楼 2010-05-05 12:44:47
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蓝粉笔

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 姜大磊 at 2010-05-06 12:08:17:

楼上的说的同样解决了我的问题的一部分。我借助宝地也问个问题吧：我的电泳条带是1600多的，送去测序的时候，测了两个反应的，但是每一个反应给我的结果都是1100左右，这样加起来就2000多bp了，我该怎么找出的要 ...

接我的上文：每次测序结果开头的20bp左右是不太可信的，而且没有引物那段，所以想要把PCR产物测全就要双向测序，用拼接软件把双向结果拼接起来得到全长。
大家都希望每次测序是尽可能的长，但是后面很多是不可信的了，一般600bp，好的能到800bp,这要具体分析。双向测出来的结果是有重合区域的，所以不是1100+1100=2200，而是拼接后的序列，因为不管怎样是不会超出PCR产物的长度的。
希望对大家有帮助，我做过一段时间测序，如果有问题可以再问，尽我所能告诉大家。
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14楼2010-05-06 16:41:13
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gaiyf

金虫 (正式写手)
一般不会出现这种况，但是也会出现当你用contig连接的时候会有一个引物连不上的情况，如果是这样，那就需要测序公司重新测
赞一下 回复此楼
多看文献，多学知识
3楼2010-05-05 13:05:28
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wwsw38

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wwsw38 at 2010-05-05 12:44:47:
问个问题,测PCR产物序列的时候会不会测出引物的序列?

我用的16SRDNA通用引物,测序公司给我们的序列里会不会包括该通用引物的序列?

那就是说如果我的上游引物是:AgA gTT TgA TCC Tgg CTC Ag的话,那测序公司给我的序列的一条链开始就是:AgA gTT TgA TCC Tgg CTC Ag
?
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为自己加油
4楼2010-05-05 13:15:19
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liyong1981

金虫 (正式写手)
那是肯定有的～
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5楼2010-05-05 13:17:51
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