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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】在sybyl里如何批量加氢？
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】在sybyl里如何批量加氢？ 已有4人参与

有一百多个未加氢分子，现倒入到SYBYL里，全部没有加氢，请问有没有方法或是命令可以批量加氢呢？

    请懂得的人不吝赐教~~
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1楼 2010-04-30 11:56:35
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
应该可以，我试试啊
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2楼2010-04-30 19:40:38
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-01 08:44
自己录个宏就可以啊，也就是所谓的 spl 脚本？
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3楼2010-04-30 21:17:57
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-02 18:31
用SPL语言编写，然后用命令行读取，即可，具体操作看SYBYL手册。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-05-01 23:08:16
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-05-03 10:11
绿茶QJM(金币+2): 2010-05-04 10:15
把这些分子先放到一个database里
在sybyl里以Update的方式打开这个数据库
再在终端里输入
for mol in %database(*)
database get "$mol" M1
fillvalence M1 H
database add "M1" replace
zap M1
endfor
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5楼2010-05-02 19:47:19
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by piscesee at 2010-05-02 19:47:19:
把这些分子先放到一个database里
在sybyl里以Update的方式打开这个数据库
再在终端里输入
for mol in %database(*)
database get "$mol" M1
fillvalence M1 H
database add "M1" repla ...

刚试过以上命令，get "$mol" M1不能识别，is invalid or ambiguious.偶以前通常用的都是图形界面，在这方面没有什么常识，能否详讲下~~
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6楼2010-05-04 10:15:18
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★
雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-05-04 12:11
绿茶QJM(金币+1): 2010-05-04 21:25:23
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2010-05-04 10:15:18:

刚试过以上命令，get "$mol" M1不能识别，is invalid or ambiguious.偶以前通常用的都是图形界面，在这方面没有什么常识，能否详讲下~~

我试了下可以呢，没什么问题啊
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7楼2010-05-04 12:01:51
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)
★ ★ ★
雪狼乖乖(金币+2):你的判断应该有道理的 空格也是字符变量 2010-05-04 22:14:07
雪狼乖乖(金币+1):关键是要给计算机开辟批量加氢的存储空间 一般无法执行的原因都因为格式或调用不对 2010-05-04 22:20:32
引用回帖:
Originally posted by piscesee at 2010-05-04 12:01:51:

我试了下可以呢，没什么问题啊

我试了下还是有问题类，内容是一样，就是空格不知道有没有影响

是不是要把*换成数据库名呢？
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8楼2010-05-04 21:19:42
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-05-05 09:05:16
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2010-05-04 21:19:42:


我试了下还是有问题类，内容是一样，就是空格不知道有没有影响

是不是要把*换成数据库名呢？

是不是没有打开数据库啊，先要打开一个数据库才行...
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9楼2010-05-04 23:20:07
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by piscesee at 2010-05-04 23:20:07:

是不是没有打开数据库啊，先要打开一个数据库才行...

太感谢了，可以了，主要是命令空格出了问题，呵呵，谢谢，多次解答我的疑惑
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10楼2010-05-05 10:11:47
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