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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】在sybyl里如何批量加氢？
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】在sybyl里如何批量加氢？ 已有4人参与

有一百多个未加氢分子，现倒入到SYBYL里，全部没有加氢，请问有没有方法或是命令可以批量加氢呢？

    请懂得的人不吝赐教~~
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1楼 2010-04-30 11:56:35
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-02 18:31
用SPL语言编写，然后用命令行读取，即可，具体操作看SYBYL手册。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-05-01 23:08:16
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
应该可以，我试试啊
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2楼2010-04-30 19:40:38
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snoopyzhao

至尊木虫 (职业作家)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-01 08:44
自己录个宏就可以啊，也就是所谓的 spl 脚本？
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-04-30 21:17:57
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-05-03 10:11
绿茶QJM(金币+2): 2010-05-04 10:15
把这些分子先放到一个database里
在sybyl里以Update的方式打开这个数据库
再在终端里输入
for mol in %database(*)
database get "$mol" M1
fillvalence M1 H
database add "M1" replace
zap M1
endfor
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-05-02 19:47:19
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