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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】在sybyl里如何批量加氢？
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绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】在sybyl里如何批量加氢？ 已有4人参与

有一百多个未加氢分子，现倒入到SYBYL里，全部没有加氢，请问有没有方法或是命令可以批量加氢呢？

    请懂得的人不吝赐教~~
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1楼 2010-04-30 11:56:35
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
应该可以，我试试啊
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2楼2010-04-30 19:40:38
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+4):谢谢 2010-05-03 10:11
绿茶QJM(金币+2): 2010-05-04 10:15
把这些分子先放到一个database里
在sybyl里以Update的方式打开这个数据库
再在终端里输入
for mol in %database(*)
database get "$mol" M1
fillvalence M1 H
database add "M1" replace
zap M1
endfor
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5楼2010-05-02 19:47:19
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★
雪狼乖乖(金币+1):谢谢 2010-05-04 12:11
绿茶QJM(金币+1): 2010-05-04 21:25:23
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2010-05-04 10:15:18:

刚试过以上命令，get "$mol" M1不能识别，is invalid or ambiguious.偶以前通常用的都是图形界面，在这方面没有什么常识，能否详讲下~~

我试了下可以呢，没什么问题啊
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2010-05-04 12:01:51
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piscesee

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 2010-05-05 09:05:16
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2010-05-04 21:19:42:


我试了下还是有问题类，内容是一样，就是空格不知道有没有影响

是不是要把*换成数据库名呢？

是不是没有打开数据库啊，先要打开一个数据库才行...
赞一下(2人) 回复此楼
9楼2010-05-04 23:20:07
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