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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】AUTODOCK的一个问题
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唐荣胜

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】AUTODOCK的一个问题 已有4人参与

运行ADT弹出的python shell脚本是表示该文件有错误吗？
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1楼 2010-04-27 13:10:17
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫
★
唐荣胜(金币+2): 2010-04-27 14:14
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-27 14:18
你看看是不是有提示啊  有时候不是的   有时候是因为你的文件有错误 需要重新编辑 像PDB文件
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2楼2010-04-27 14:08:05
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唐荣胜

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by wuhaigang at 2010-04-27 14:08:05:
你看看是不是有提示啊  有时候不是的   有时候是因为你的文件有错误 需要重新编辑 像PDB文件

那是不是里面有出现error的表示有问题的！还有学长我想问你一个问题就是你一般在做的时候对配体的处理是怎么进行的，需要什么特别的软件来处理吗？
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3楼2010-04-27 14:23:34
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唐荣胜

铜虫 (初入文坛)
autodock里面可以打开多个三维窗口吗？
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4楼2010-04-27 14:29:38
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wuhaigang

木虫 (著名写手)

奋斗的虫虫
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-27 16:12
有时候是因为PDB文件中有一些错误  包括从PDB库中下载的文件也是的！在docking的时候 用的是能量最低的构象  如果你那方便的话 可以从zinc数据库或者其他的分子库中下载分子结构  也可以用gaussian和gaussianview进行结构优化啊
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5楼2010-04-27 15:59:45
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
我也是刚刚接触这个软件，你问的这个问题我也碰到过 ，但一直也没法解决，嘿嘿，共同研究
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6楼2010-05-14 17:00:53
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yaohua009

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+2):谢谢 2010-07-22 16:40:41
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-07-22 16:44:39
是下面这样的吗？
C:\Documents and Settings\Administrator>set MGLPYTHONPATH=C:\cygwin

C:\Documents and Settings\Administrator>"C:\Python25\python.exe" "C:\cygwin\MGLT
oolsPckgs\AutoDockTools\bin\runAdt.py"
Run AutoDockTools from C:\cygwin\MGLToolsPckgs\AutoDockTools
Resource file used to customize PMV: C:\Documents and Settings\Administrator\.mg
ltools\1.5.4\Pmv\_pmvrc
MSMSLIB 1.4.4 started on Local PC
Copyright M.F. Sanner (March 2000)
Compilation flags

我认为应属正常
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7楼2010-07-22 15:55:06
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