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风中摇曳

木虫 (正式写手)

热爱科学

[交流] 【求助/交流】麻烦大家帮忙看看非变性聚丙烯酰胺电泳图片 已有7人参与

本虫最近在进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,采用单链构象多态性分析技术,以寻找SNP。银染结果不佳,目的条带极不清晰,无法辨别结果。恳请大家指点:
      1.PCR扩增片段为300bp,使用29:1聚丙烯酰胺原液,聚丙烯酰胺浓度为8%。使用电压300v15min,130v电压恒压13小时,1倍TBE缓冲液。
     2.上样缓冲液为去离子甲酰胺:溴酚蓝和二甲苯青=4:1,98°变性10min,冰浴5min。
     3 .染色:双蒸水漂洗两次;0.1%AgNO3,轻摇15min,弃去反应液,双蒸水漂洗两次;2%NaOH及2ml甲醛显色。
     中间的点样孔为marker,不清楚底部的亮带为何种片段?位置偏上的条带为何模糊不清?最近的电泳结果真的十分苦恼。
不知道是否有研究SSCP的讨论群及园友 ,恳请批评指点。谢谢大家的帮助!


[ Last edited by 风中摇曳 on 2010-4-24 at 13:15 ]
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scienceisnature
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风中摇曳

木虫 (正式写手)

热爱科学

我用的是非变性的聚丙烯酰胺凝胶。现在银染技术仍需继续摸索。不知大家在非变性的聚丙烯酰胺凝胶是否用DNAmarker
scienceisnature
3楼2010-04-17 10:57:46
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yujiaping1

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
变性胶我们一般使用19:1的,浓度也就是4.5%-6%,你这个浓度好高
另外跑变性胶,你这个电压肯定有问题,一般都是上千伏,变性胶也很少有使用氢氧化钠法显色的,一般都是碳酸钠法

你给的这个好像是非变性的做法,使用29:1的胶,浓度使用8%的胶,电压看电泳槽长度,30cm的一般300V,用氢氧化钠显色效果就不错
2楼2010-04-16 22:50:02
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wodepower

新虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
楼主可以去看下具体的银染操作,有篇文献叫Silver staining DNA in polyacrylamide gels专门讲银染的。操作过程很详细。
4楼2011-03-25 20:33:45
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wening

银虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1、你的上样量是多少?上样量过多会出现跑不好。
2、电压确定是130V吗?我们跑的是80W或120W  电压达到几千伏
3、如果是小板胶,银染过程中应该不存在冲洗时间长短对显带造成大的影响
4、聚丙烯酰胺分辨率较高,有多条带是常有的事,但从你的MARKER看出,不是样品出问题。而是电泳问题
  建议你减少上样量更试试,显色时间不宜太长。
5楼2011-03-26 16:01:24
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