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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Abinit » 【原创】ABINIT的一种晶体结构建模方法
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identation

金虫 (著名写手)

[资源] 【原创】ABINIT的一种晶体结构建模方法

以前，在论坛上看到不少帖子，ABINIT的建模方法都是采用natom+rprim+xred+acell来进行建模的，这包括abinit的说明中的例子也是这样。因此，这需要预先用MS建立晶体结构，然后make P1，再导出坐标，然后才能计算。
这里，介绍一种用natom+natrd+spgroup+brvltt+acell+angdeg+xred进行建模的方法
这种建模方法和MS的利用空间群和等效的晶体学位置进行建模的方式是一致的，个人感觉挺方便的。
具体参数的意义可在www.abinit.org中找到。
以PRL 100，186402的一篇文章为例，La2NiMnO6的晶体学数据如下表所示



我们用Monoclinic型为例子，其晶胞有20个原子，因此建模部分如下
spgroup 14
ntypat 57 28 25 8
natom 20
brvltt -1
natrd 6 #读入的原子数目，就是晶体学数据给出的有坐标的原子数目
typat 1 2 3 4 4 4 #表中给出的Monoclinic型La2NiMnO6晶体的数据分别是
                             # La Ni  Mn  O1 O2 O3
acell 5.467 5.510 7.751 Angstrom     #用埃做单位后面要加上Angstrom
                                                          #也可用Bohr做单位
angdeg 90.000 90.119 90.000
xred


[ Last edited by identation on 2010-4-8 at 23:57 ]
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1楼2010-04-08 09:47:40
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yanbowang

铜虫 (初入文坛)

谢谢你啊

非常感谢
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3楼2010-04-08 13:13:00
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wenjlu

木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

★ ★ ★
wuli8(金币+1):感谢交流 2010-04-10 19:21
ym23(金币+2):欢迎常来交流 2010-09-07 22:24:28
（1）这种方法是采用 crystal builder 方法。 必须保证 spgroup不等于0。也就是说必须自己设定值，abinit默认为0。我看你的input里面没有输入

（2）这种方法的缺点是：对于掺杂（特别是无序），这种输入方式无法建模。 只能用unit cell 或者primitive cell (对于个别有序情况) 全部原子输入方式

[ Last edited by wenjlu on 2010-4-8 at 22:12 ]
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5楼2010-04-08 22:10:53
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非天之翼蓝羽

金虫 (初入文坛)

★★★ 三星级,支持鼓励

同样的建立结构方式。。
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6楼2010-04-09 09:14:24
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
★
ym23(金币+1):欢迎常来交流 2010-09-07 22:24:37
这个方法有的时候很好使，直接敲很少的原子坐标输入就行了。
但是对No.14群用的时候有问题。
希望能一起讨论
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8楼2010-04-24 13:45:55
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zhbjll

金虫 (小有名气)

我的spacegroup 63用这种方法有问题

#63用这种方法有问题
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10楼2010-08-19 06:48:39
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by zhbjll at 2010-08-19 06:48:39:
#63用这种方法有问题

应该没有问题！
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11楼2010-08-19 09:43:01
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mazuju028

木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

原来ntypat还可以这样用。
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12楼2010-08-19 21:43:59
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zhbjll

金虫 (小有名气)
fzxz008, 你好

计算时显示的是这个cmcm (63)structure, but the calculation has the problem
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13楼2010-08-19 23:27:57
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zxling

木虫 (小有名气)
我在建群号为12的模型的时候
当读到ntypat 3 7
时出错，说是我的赝势只有两个 读不到三个赝势
而3 7表示的是 Li 和 N原子呢？
其他的输入都都套用了lz的
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14楼2010-08-25 21:55:41
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whyyzf5725

银虫 (正式写手)
我在建63的时候也有问题，不知道是什么原因
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15楼2010-09-07 09:41:50
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lzl8181

铁杆木虫 (著名写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

不错，但不知得到的原胞还是单斜的晶胞？哪位能答一下，谢谢了。
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16楼2010-09-07 13:14:33
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
如果63号有问题请参看spgaxor这个参数，意为 space group：axes orientation

Orthorhombic space groups : there are six possibilities corresponding to the possible axes permutations
● 1 abc -> abc
● 2 abc -> cab
● 3 abc -> bca
● 4 abc -> acb
● 5 abc -> bac
● 6 abc -> cba

默认是1
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17楼2010-10-08 16:35:24
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whyyzf5725

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fzx2008 at 2010-10-08 16:35:24:
如果63号有问题请参看spgaxor这个参数，意为 space group：axes orientation

Orthorhombic space groups : there are six possibilities corresponding to the possible axes permutations ...

多谢，我再试一下，弄了很久了一直都不对
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18楼2010-10-11 20:11:55
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

natom+rprim+xred+acell


natom+natrd+spgroup+brvltt+acell+angdeg+xred
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19楼2010-10-11 20:40:12
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thinkllh

铁杆木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

不错，收下了。
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20楼2010-10-19 11:00:55
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chenyuchen

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by wuli8 at 2010-04-10 19:21:41:

wien2k就是用这样的建模，对于有些空间群出问题可能是程序默认的基矢选择和你输入的各原子位的坐标不匹配，
abinit我刚开始用，不知道是否这样，反正wien2k有时候是需要对原子坐标进行坐标变换的。
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21楼2010-10-22 11:05:52
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chenyuchen

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

这种方法很容易理解，也很简单，很多时候直接把实验数据拿来用就行了，谢谢楼主分享！
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22楼2010-10-22 11:07:08
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aylayl08

荣誉版主 (文坛精英)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

good
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23楼2010-10-22 15:11:39
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frank_zhan

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by identation at 2010-04-08 09:47:40:
以前，在论坛上看到不少帖子，ABINIT的建模方法都是采用natom+rprim+xred+acell来进行建模的，这包括abinit的说明中的例子也是这样。因此，这需要预先用MS建立晶体结构，然后make P1，再导出坐标，然后才能计算。 ...

好像ntypat不能这么用八。ntypat应该是4吧。楼主这里应该用znucl 吧。
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24楼2010-12-12 19:52:15
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frank_zhan

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fzx2008 at 2010-04-24 13:45:55:
这个方法有的时候很好使，直接敲很少的原子坐标输入就行了。
但是对No.14群用的时候有问题。
希望能一起讨论

请教一下对单壁碳纳米管怎么建模呢？
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25楼2010-12-14 23:00:51
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lei0819

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

就是xred +wyckoff的方法：
http://forum.abinit.org/viewtopic.php?f=8&t=696
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26楼2012-04-08 13:48:00
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ABKD

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
25楼: Originally posted by frank_zhan at 2010-12-14 23:00:51
请教一下对单壁碳纳米管怎么建模呢？...

单层模型怎么构建
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27楼2018-08-23 11:33:15
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gavinliu73902楼
2010-04-08 09:55   回复  
 
dalongmao4楼
2010-04-08 20:46   回复  
 
wuli87楼
2010-04-10 19:21   回复  
 
whyyzf57259楼
2010-06-04 22:34   回复  
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