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[资源] 【原创】ABINIT的一种晶体结构建模方法

以前,在论坛上看到不少帖子,ABINIT的建模方法都是采用natom+rprim+xred+acell来进行建模的,这包括abinit的说明中的例子也是这样。因此,这需要预先用MS建立晶体结构,然后make P1,再导出坐标,然后才能计算。
这里,介绍一种用natom+natrd+spgroup+brvltt+acell+angdeg+xred进行建模的方法
这种建模方法和MS的利用空间群和等效的晶体学位置进行建模的方式是一致的,个人感觉挺方便的。
具体参数的意义可在www.abinit.org中找到。
以PRL 100,186402的一篇文章为例,La2NiMnO6的晶体学数据如下表所示



我们用Monoclinic型为例子,其晶胞有20个原子,因此建模部分如下
spgroup 14
ntypat 57 28 25 8
natom 20
brvltt -1
natrd 6 #读入的原子数目,就是晶体学数据给出的有坐标的原子数目
typat 1 2 3 4 4 4 #表中给出的Monoclinic型La2NiMnO6晶体的数据分别是
                             # La Ni  Mn  O1 O2 O3
acell 5.467 5.510 7.751 Angstrom     #用埃做单位后面要加上Angstrom
                                                          #也可用Bohr做单位
angdeg 90.000 90.119 90.000
xred


[ Last edited by identation on 2010-4-8 at 23:57 ]
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如果63号有问题请参看spgaxor这个参数,意为 space group:axes orientation

Orthorhombic space groups : there are six possibilities corresponding to the possible axes permutations
● 1 abc -> abc
● 2 abc -> cab
● 3 abc -> bca
● 4 abc -> acb
● 5 abc -> bac
● 6 abc -> cba

默认是1
17楼2010-10-08 16:35:24
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查看全部 27 个回答

wenjlu

木虫 (正式写手)


★★★ 三星级,支持鼓励

★ ★ ★
wuli8(金币+1):感谢交流 2010-04-10 19:21
ym23(金币+2):欢迎常来交流 2010-09-07 22:24:28
(1)这种方法是采用 crystal builder 方法。 必须保证 spgroup不等于0。也就是说必须自己设定值,abinit默认为0。我看你的input里面没有输入

(2)这种方法的缺点是:对于掺杂(特别是无序),这种输入方式无法建模。 只能用unit cell 或者primitive cell (对于个别有序情况) 全部原子输入方式

[ Last edited by wenjlu on 2010-4-8 at 22:12 ]
5楼2010-04-08 22:10:53
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非天之翼蓝羽

金虫 (初入文坛)


★★★ 三星级,支持鼓励

同样的建立结构方式。。
6楼2010-04-09 09:14:24
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ym23(金币+1):欢迎常来交流 2010-09-07 22:24:37
这个方法有的时候很好使,直接敲很少的原子坐标输入就行了。
但是对No.14群用的时候有问题。
希望能一起讨论
8楼2010-04-24 13:45:55
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