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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Abinit » abinit能否处理一个位置被两种元素占据的固溶体的能带和态密度
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ljjhb1

银虫 (正式写手)

[交流] abinit能否处理一个位置被两种元素占据的固溶体的能带和态密度

现在遇到一个固溶体结构，iscd的数据显示某一个位置被两种元素占据，不知abinit软件能否处理这种情况下的能带和态密度计算，谢谢
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1楼 2011-05-07 17:14:24
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sars518

木虫 (著名写手)
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ljjhb1(金币+1): 谢谢 2011-05-07 18:40:16
mazuju028(金币+2, 1ST强帖+1): 谢谢提示。 2011-05-08 22:43:13
一个位置被多重元素占据的固溶体，计算能带和态密度 可以采用 超胞方法，SQS，VCA，CPA 等途径实现

Abinit 可以通过构造 多种原子的混合赝势（VCA方法）来实现计算固溶体的性质

可以参考文献
http://iopscience.iop.org/0965-0393/13/7/010/pdf/msmse5_7_010.pdf
http://people.gl.ciw.edu/cohen/m ... ceedings/ghosez.pdf
http://iopscience.iop.org/0953-8 ... f/cm7_30_306203.pdf

VCA
http://ftp.abinit.org/ws07/Liege_Mikami.PDF
http://forum.abinit.org/viewtopic.php?f=7&t=703#p2086
http://forum.abinit.org/viewtopic.php?f=10&t=1027
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2楼2011-05-07 17:52:34
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ljjhb1(金币+1): 谢谢 2011-05-07 18:40:28
mazuju028(金币+3): 谢谢交流 2011-05-08 22:43:52
generating ALCHemical pseudopotentials


相关参数 ntypalch
             npspalch
             algalch
             mixalch  ------- 这个关键字中含有例子

比如Ba(0.25) Sr(0.75) Ti O3
npsp 4
znucl 8 40 56 38
ntypat 3
ntypalch 1
mixalch 0.25 0.75


Note that alchemical mixing cannot be used with PAW.
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3楼2011-05-07 18:25:17
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sars518

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
mazuju028(金币+2): 谢谢交流 2011-05-08 22:44:13
引用回帖:
Originally posted by fzx2008 at 2011-05-07 18:25:17:
generating ALCHemical pseudopotentials


相关参数 ntypalch
             npspalch
             algalch
             mixalch  ------- 这个关键字中含有例子

比如Ba(0.25) Sr(0.75) Ti O3
npsp 4 ...

对 PAW暂时还不支持

具体参数：
http://www.abinit.org/documentat ... /vargs.html#algalch
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4楼2011-05-07 18:28:54
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ljjhb1

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by sars518 at 2011-05-07 17:52:34:
一个位置被多重元素占据的固溶体，计算能带和态密度 可以采用 超胞方法，SQS，VCA，CPA 等途径实现

Abinit 可以通过构造 多种原子的混合赝势（VCA方法）来实现计算固溶体的性质

可以参考文献
[url]http:// ...

您好，我现在是遇到这样一个问题：icsd给出的是模型是同一位置被两种元素占据，我现在不想用VCA虚晶方法计算，想使用超胞方法计算，也就是想把模型转变为一个位置被一种元素占据，不知这种方法可行否，如何建呢，能否详细说下，有重谢。
比如您可以以ZrTiO4为例，我给出其坐标数据（Zr和Ti位置是重合的，分别占50%）
*data for   ICSD #69619
Coll Code   69619
Rec  Date   1992/08/20
Mod  Date   1999/01/19
Chem Name   Zirconium Titanium Oxide
Structured  (Zr Ti) O4
Sum         O4 Ti1 Zr1
ANX         AX2
Min Name    Srilankite
D(calc)     5.12
Title       Zr Sn0.5 Ti0.5 O4 als Wirtsstruktur fuer keramische Farbkoerper.
            Strukturuntersuchungen an Zr Ti O4 und Zr Sn0.5 Ti0.5 O4
Author(s)   Siggel, A.;Jansen, M.
Reference   Zeitschrift fuer Anorganische und Allgemeine Chemie
            (1990), 582, 93-102
Unit Cell   4.7855(13) 5.4755(12) 5.0277(14) 90. 90. 90.
Vol         131.74
Z           2
Space Group P b c n
SG Number   60
Cryst Sys   orthorhombic
Pearson     oP12
Wyckoff     d c
R Value     .0274
Red Cell    P  4.785 5.027 5.475 89.999 89.999 90 131.741
Trans Red   1.000 0.000 0.000 / 0.000 0.000 1.000 / 0.000 -1.000 0.000
Comments    Compound with mineral name: Srilankite
            The structure has been assigned a PDF number: 35-584
            Calculated density unusual but tolerable.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Zr   1  +4    4 c   0           0.2025(1)   0.25           0.5        0   
Ti   1  +4    4 c   0           0.2025(1)   0.25           0.5        0   
O    1  -2    8 d   0.2689(6)   0.4024(5)   0.4337(6)      1.         0   
Lbl  Type      U11         U22         U33         U12         U13         U23
Zr1  Zr4+ 0.0285(4)   0.0314(4)   0.0339(4)   0           -.0130(3)   0           
Ti1  Ti4+ 0.0285(4)   0.0314(4)   0.0339(4)   0           -.0130(3)   0           
O1   O2-  0.0307(15)  0.0268(14)  0.0563(19)  -.0020(18)  0.0058(15)  0.0154(13)  
*end for    ICSD #69619



[ Last edited by ljjhb1 on 2011-5-7 at 19:16 ]
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5楼2011-05-07 19:06:54
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ljjhb1

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fzx2008 at 2011-05-07 18:25:17:
generating ALCHemical pseudopotentials


相关参数 ntypalch
             npspalch
             algalch
             mixalch  ------- 这个关键字中含有例子

比如Ba(0.25) Sr(0.75) Ti O3
npsp 4 ...

谢谢，能否看看我的回帖，帮忙解决超胞建模问题，有重谢
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6楼2011-05-07 19:10:37
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sars518

木虫 (著名写手)
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ljjhb1(金币+4): 感谢 2011-05-08 08:55:47
引用回帖:
Originally posted by ljjhb1 at 2011-05-07 19:06:54:
您好，我现在是遇到这样一个问题：icsd给出的是模型是同一位置被两种元素占据，我现在不想用VCA虚晶方法计算，想使用超胞方法计算，也就是想把模型转变为一个位置被一种元素占据，不知这种方法可行否，如何 ...

你可以考虑构建2*2*2 或者 n*m*l的超胞

按照原始比例称份，分别用Zr和Ti原子 替换（ZrTi）位置的原子，最后Zr：Ti保持为1:1.由于替换方案有很多种，所以，你可以计算下这几种方案的能量，最后用能量低的做进一步计算。
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7楼2011-05-07 19:40:08
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ljjhb1(金币+4): 特别感谢 2011-05-08 08:56:30
写在前面：超单胞方法，不论何种组合都只是一种近似模拟，都不等价实际意义上的无序排列。


建模的实际操作中，首先4c格位全部用Zr，然后去掉对称性，单胞中应有4个Zr，任取其中两个替换成Ti即可。这样单胞Zr2Ti2O8。

若考虑2x2x2的超单胞，排列组合数目更多！

下面给出单胞中替换示意图，仅供参考
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8楼2011-05-07 20:08:08
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ljjhb1

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by sars518 at 2011-05-07 19:40:08:
你可以考虑构建2*2*2 或者 n*m*l的超胞

按照原始比例称份，分别用Zr和Ti原子 替换（ZrTi）位置的原子，最后Zr：Ti保持为1:1.由于替换方案有很多种，所以，你可以计算下这几种方案的能量，最后用能量低的 ...

您好，感谢你的帮助。看来超胞计算计算量挺大加上每种晶格优化的话。
还有一个疑问，如果使用VCA方法计算，abinit能否接着算光学性质呢（我知道castep不能计算的，所以想建超胞），再次感谢。
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9楼2011-05-08 09:08:16
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ljjhb1

银虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by fzx2008 at 2011-05-07 20:08:08:
写在前面：超单胞方法，不论何种组合都只是一种近似模拟，都不等价实际意义上的无序排列。


建模的实际操作中，首先4c格位全部用Zr，然后去掉对称性，单胞中应有4个Zr，任取其中两个替换成 ...

非常感谢您的帮助。
知道你对abinit熟悉，不知道如果我使用VCA方法建模，abinit能否计算VCA模型的光学性质，谢谢
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10楼2011-05-08 09:10:36
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
ljjhb1你好，Zr和Ti属于chemically similar atoms，VCA应该可以算。
建议调研一下文献，有不少。
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11楼2011-05-08 10:35:53
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