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tjegg铁杆木虫 (著名写手)
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【转帖】用于虚拟筛选的小分子化合物库使用专业导读已有16人参与
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药物设计是随着药物化学学科的诞生相应出现的。早在２０世纪２０年代以前，就开始进行天然有效成分的结构改造。而目前药物设计的方向主要集中在小分子方面，尤其是在里宾斯基五原则、RO3原则等药物设计的经典原则出现后，人们对化合物的选择方向也发生了变化。目前市场热点主要集中在：小分子杂环化合物、天然产物、肽类、糖类等等。世界上也随之出现了很多商业公司专门为药物设计和发现提供各类用于筛选的化合物以提高工作效率（算是一种社会劳动分工）。现在随着计算机辅助设计和化合物推广的需要，几乎所有的这类公司都推出自己的SDF，DB等格式的筛选化合物电子库。而且还有一些专业网站收集这些产品库做成一个更大的库。下面就一一详细介绍。 1、 综合产品库 有一些网站拿了厂家或者国家的钱然后建立了一个整合的产品库，以产品数量众多而闻名。例如： SCD和ACD,这两个库比较闻名了需要付费购买，但是对虚拟筛选用途不大，尤其是SCD多样性较差。 ZINC库，http://zinc.docking.org/ 一个受到政府资助的免费库，名气很大。但是军科院一位专门做虚拟筛选的教授曾经介绍说它里面的一些数据转换的时候有错误，只是名气大他是不用的（仁者见仁智者见智），对于入门同学来说应该比较合适，唯一的问题是很多筛出来的结果买不到实体化合物。 Emolecules库 http://www.emolecules.com/ 这个库是专门推广小分子的，里面也有SDF等格式的产品下载，还可以按照基团搜索后再下载SDF还有一些做过Docking或者QSAR的指向性产品库（个人觉得这些东西对虚筛的没用，大家更感兴趣的不是这个库而是他们建立的方法） 2、 原厂产品库 先推荐几个国内能买到产品库（产品要钱，库免费）： Maybridge库 www.maybridge.com 历史最悠久的化合物工厂，致力于杂环化合物的多样性库建设。产品不多只有60000来种，由于多样性好产品独有比例高比较适合开展小规模工作。 Enamine库 www.enamine.net 乌克兰国家级研究院背景，应该是全世界最大的商业库有130多万种产品，包含杂环和一部分短肽。比Chembridge(70w)要多，这工厂有些做过虚筛的子库，还有个农药库。 ac-discovery 库 http://www.ac-discovery.com/index.php， 天然产物和半合成库。 以上三种可以找国内代理商索要光盘。 SPEC库 荷兰的工厂产品多价格比较便宜，而且是最早向国内销售的（上海药物所很早就开始使用他们的东西基本筛过无数遍了，呵呵） 国内没有代理，但是有专业公司帮忙操作的。嘿嘿~ Timtec库 30多万种产品 www.timtec.com ，不过国外的论坛上介绍他们的产品比较旧而且纯度不高，后期用起来很不爽。 IBScreen 这工厂不错尤其是天然产物，就是有点贵。 Chembridge 广告做的最凶的工厂，产品很贵但是很多（70多万种）。 这些基本够用了，加起来有400多万了，注册就能下载，其他的就不介绍了，有兴趣或者有特殊要求的可以联系我，我这里有光盘，可站内PM我索要。 3、 那个是我要的？ 这么多库哪个是我用的?接下来帮大家选择下. 如果你经费充足，人员充足，电脑超强我推荐你不用选了，把这些库都DOWN下来筛就好了，要买实体化合物买的多就找工厂直接买（比较麻烦），或者找大的试剂公司例如百灵威帮忙买（找他们多花一点钱，但是省心，有需要可以PM我这里不做广告）。 但是如此烧钱的工作也没几个人能做到接下来介绍菜场精挑细选***： 关注产品纯度，现代实验都要求至少95%，低于这个纯度会有假阳性，天然产物纯度一般80几，但要关注相对纯度，也就是说尽管纯度只有80几但是大部分应该都是一种物质，同系物或者相近化合物杂质要少。 关注多样性，多样性好筛出的几率要大。 最好在筛出后经验判断下，有些化合物有经验的人一眼看上去就能看出有毒或者别的什么，这种经验很厉害，整理出来做个软件就大发了，哈哈。 关注购买的产品形式，不用想了，买干粉吧，最经济的选择。不然冷冻费用比产品都贵。 这几条是主要的其他的大家自己留意吧。 另外，最近很多工厂都推出做了虚拟筛选的Target产品库.一般这个库都是做过Docking和QSAR的，例如：Enamine、ChemDiv工厂。个人认为这个东西对我们做计算的没有太大意义。因为原则方法不一样，结果是有差异的，用这样的库可能会错过很多东西。所以还是多样性库比较适合大家。 http://www.mdbbs.org/thread-17747-1-2.html |
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 高通量虚拟筛选 |
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17楼2013-06-09 14:40:09
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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这个帖子我早就看到过了，写得很透彻，我对虚拟筛选、高通量筛选关注也有些时间了，正好趁这个机会略发拙见，供抛砖引玉吧： 其实虚拟筛选中比较烦的有两个： 一是你从Zinc库里选到合适的分子，但找不到从哪儿买或者压根没有实体库； 二是你找到合适的分子以后因为分散到多家工厂，光是每个品牌1千多的国际运费就比化合物贵了。 其实功夫要做到前面，在筛选之前就要有一个筛选对象选取的思路，这样才能避免做无用功，这些年我的一点心得如下： A. 不建议方案： 1) ZINC库，emolecules库：这两个属于平台服务性质，收集各个化合物库的公司的数据，放在平台上供大家筛选中。 特点：数据较全，筛着方便，买着麻烦。 劣势：很多筛出来的结果买不到实体化合物，或者筛选结果很分散，要去多个化合物库公司分别购买，效率和性价比都不高； 2） Molport，Ambinter：这两个属于国外的贸易公司，如果从这两家公司购买，他们也是分别订购并加收高额的运费，服务费； B. 建议方案：直接使用各化合物库公司的电子数据，在单次筛选中只选用一个公司的分子库。这样既可以避免找不到实体化合物的情况,还能降低化合物单价及运费操作费； 常用化合物库介绍： 1） ChemDiv：140万库存分子，1万4千个chemotype，多样性被认为是商业库中最好的，每年新增20万以上的分子，被大量的高通量筛选的客户选用。 2） Lifechemicals：60多万种分子，库存量充足，进入中国市场不算早，价格中等； 3） Enamine也挺不错，他们产品专业性强，就是买得多了以后序号不好认，没按顺序放。 4） SPEC：20多万种分子，价格最便宜，已经有将近10年未更新化合物，现有化合物已经被多次重复筛选； 5） 如果想要筛选特色分子已知活性化合物，天然产物，Target库、Focus库等，可以在对应的库中筛选-----当然这些就不是虚筛的人感兴趣的了，我放到这里权作我自己知识库的整理吧。 所以啊，先选工厂，再去找工厂或代理要最新的数据，再筛一家，再买。就O了 [ Last edited by dz0311198206 on 2013-6-9 at 16:52 ] |
18楼2013-06-09 15:07:12
19楼2013-06-09 15:19:21
21楼2013-06-19 15:43:32
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