| 查看: 1509 | 回复: 7 | ||
cpuyao木虫 (小有名气)
|
[求助]
激酶和小分子化合物能对接嘛
|
|
请教大家两个问题：1.我的实验是关于一个化合物的抗癌活性，发现有个蛋白激酶可能是作用的靶点，因此想用分子对接之类的计算机模拟方式辅佐证实一下，请问小分子化合物能和激酶对接嘛？貌似有人说不能。激酶是eIF2S1。 2. 对接试验去哪里做呢？我对这些一点都不懂，就是看文献了解到的。这个有外包吗？哪位好心虫虫帮我预测一下嘛~ 非常感谢~ |
回复此楼» 猜你喜欢
工材口青年基金大概什么样能上会？
已经有4人回复
-
累并快乐着
已经有21人回复
-
豫北虫友互识
已经有12人回复
-
试剂价格
已经有6人回复
-
34岁读博士晚吗
已经有41人回复
-
求助
已经有3人回复
-
2024国社科通讯评审
已经有45人回复
-
刚刚收到科研之友邮件
已经有25人回复
-
切削液交流群
已经有5人回复
-
试用期辞职
已经有16人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 上海陶素生化科技有限公司独家代理chemdiv公司的小分子筛选化合物库，有需要的注意了
已经有4人回复
- 小分子化合物库Ion_channels的资料信息
已经有53人回复
- 高分子化合物对人体健康的影响
已经有24人回复
- 蛋白分子建模 小分子化合物画图 酶与配体的分子模拟
已经有11人回复
- 怎么能用量子化学计算含氮杂环芳香化合物与水分子的相互作用
已经有17人回复
- 如何做一个小分子化合物与蛋白结构的Binding
已经有11人回复
- 高分子有机化合物的碳化温度
已经有3人回复
- 合成新的小分子化合物及简单物化性能表征 投什么杂志好
已经有5人回复
- 【求助】帮忙描述一下三个小分子化合物，只有一维核磁图！
已经有7人回复
- 请教指纹图谱高手，尤其是色谱纹图谱高手，挥发半挥发成分，糖类、小分子化合物方面的
已经有4人回复
- 【求助】请问用什么软件模拟一个化合物并能优化构型计算出分子大小
已经有6人回复
- 【讨论】大环化合物的对接问题
已经有8人回复
- 浙江省自然基金拟资助项目清单
已经有61人回复
- 【求助】如何实现两个小分子之间的对接？！
已经有15人回复
- 【转帖】用于虚拟筛选的小分子化合物库使用专业导读
已经有34人回复
2楼2012-06-29 09:29:29
cpuyao
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2162.9
- 散金: 124
- 红花: 7
- 帖子: 241
- 在线: 272.9小时
- 虫号: 783710
- 注册: 2009-05-31
- 性别: MM
- 专业: 细胞信号转导
谢谢~3楼2012-06-29 09:35:16
geek23
木虫 (小有名气)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 3680.8
- 红花: 6
- 帖子: 277
- 在线: 212.4小时
- 虫号: 1042788
- 注册: 2010-06-17
- 性别: MM
- 专业: 细胞信号转导
4楼2012-06-29 11:22:50
wendaoliuxu
捐助贵宾 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 4110.3
- 散金: 3
- 红花: 1
- 帖子: 201
- 在线: 53.5小时
- 虫号: 498358
- 注册: 2008-02-03
- 专业: 化学信息学
5楼2012-06-29 13:11:12
wendaoliuxu
捐助贵宾 (小有名气)
- 应助: 5 (幼儿园)
- 金币: 4110.3
- 散金: 3
- 红花: 1
- 帖子: 201
- 在线: 53.5小时
- 虫号: 498358
- 注册: 2008-02-03
- 专业: 化学信息学
6楼2012-06-29 16:22:11
cpuyao
木虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2162.9
- 散金: 124
- 红花: 7
- 帖子: 241
- 在线: 272.9小时
- 虫号: 783710
- 注册: 2009-05-31
- 性别: MM
- 专业: 细胞信号转导
|
蛋白的具体名字是EIF2S1 eukaryotic translation initiation factor 2, subunit 1 alpha, 35kDa PDB号见网页http://en.wikipedia.org/wiki/Fil ... EIF2S1_PDB_1kl9.png 药物分子是6-shogaol，结构式见http://en.wikipedia.org/wiki/Shogaol没保护，非常感谢虫友的大力相助！ |
7楼2012-06-29 18:07:46
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, thank you 2012-07-02 12:45:29
cpuyao: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你，真是隔行如隔山啊，听不太懂你说的。。。能帮我分析一下吗？ 2012-07-02 15:31:45
zh1987hs: 金币+3, thank you 2012-07-02 12:45:29
cpuyao: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你，真是隔行如隔山啊，听不太懂你说的。。。能帮我分析一下吗？ 2012-07-02 15:31:45
| 首先要搞清楚研究的背景，既没有active 和inactive 两种构象，有个loop区，可以类似张开、闭合的两种状态从而决定是active 和inactive 的构象。一般的小分子作用结合于这个loop，只要找到和小分子的结合位点一般是loop 区，将小分子对接进去即可，然后再分析结合模式和结合后的构象。 |
8楼2012-07-02 10:47:42
8