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cpuyao

木虫 (小有名气)

[求助] 激酶和小分子化合物能对接嘛

请教大家两个问题:1.我的实验是关于一个化合物的抗癌活性,发现有个蛋白激酶可能是作用的靶点,因此想用分子对接之类的计算机模拟方式辅佐证实一下,请问小分子化合物能和激酶对接嘛?貌似有人说不能。激酶是eIF2S1。
2. 对接试验去哪里做呢?我对这些一点都不懂,就是看文献了解到的。这个有外包吗?哪位好心虫虫帮我预测一下嘛~
非常感谢~
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cpuyao

木虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by wendaoliuxu at 2012-06-29 16:22:11
告诉我信息,我可以帮你试试,酶是eIF2S1?有具体的PDB号么?还有你的药物分子是什么?你老板会不会要专利保护呀!

蛋白的具体名字是EIF2S1 eukaryotic translation initiation factor 2, subunit 1 alpha, 35kDa
PDB号见网页http://en.wikipedia.org/wiki/Fil ... EIF2S1_PDB_1kl9.png
药物分子是6-shogaol,结构式见http://en.wikipedia.org/wiki/Shogaol没保护,非常感谢虫友的大力相助!
7楼2012-06-29 18:07:46
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mumun

新虫 (小有名气)

关注。帮顶。
2楼2012-06-29 09:29:29
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cpuyao

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by mumun at 2012-06-29 09:29:29
关注。帮顶。

谢谢~
3楼2012-06-29 09:35:16
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wendaoliuxu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-29 13:41:29
cpuyao: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢,不过你说的我都听不懂哎~能否帮着对接一下呢?? 2012-06-29 14:08:09
可以对接啊……
下载一个免费的Autodock……
把你激酶的PDB文件修正一下……
画一个你小分子的mol图,转为PDB……
用刚性对接先试试……
如果有活性位点则可以直接用半柔性对接……
据我所知大概就这样了……
水平有限,期待高手出现……
whowantstobemy"ErwinSchrodinger'sCat"?
5楼2012-06-29 13:11:12
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