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cpuyao木虫 (小有名气)
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[求助]
激酶和小分子化合物能对接嘛
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请教大家两个问题：1.我的实验是关于一个化合物的抗癌活性，发现有个蛋白激酶可能是作用的靶点，因此想用分子对接之类的计算机模拟方式辅佐证实一下，请问小分子化合物能和激酶对接嘛？貌似有人说不能。激酶是eIF2S1。 2. 对接试验去哪里做呢？我对这些一点都不懂，就是看文献了解到的。这个有外包吗？哪位好心虫虫帮我预测一下嘛~ 非常感谢~ |
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2楼2012-06-29 09:29:29
cpuyao
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谢谢~ 3楼2012-06-29 09:35:16
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蛋白的具体名字是EIF2S1 eukaryotic translation initiation factor 2, subunit 1 alpha, 35kDa PDB号见网页http://en.wikipedia.org/wiki/Fil ... EIF2S1_PDB_1kl9.png 药物分子是6-shogaol，结构式见http://en.wikipedia.org/wiki/Shogaol没保护，非常感谢虫友的大力相助！ |
7楼2012-06-29 18:07:46
【答案】应助回帖
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zh1987hs: 金币+3, thank you 2012-07-02 12:45:29
cpuyao: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你，真是隔行如隔山啊，听不太懂你说的。。。能帮我分析一下吗？ 2012-07-02 15:31:45
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cpuyao: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你，真是隔行如隔山啊，听不太懂你说的。。。能帮我分析一下吗？ 2012-07-02 15:31:45
| 首先要搞清楚研究的背景，既没有active 和inactive 两种构象，有个loop区，可以类似张开、闭合的两种状态从而决定是active 和inactive 的构象。一般的小分子作用结合于这个loop，只要找到和小分子的结合位点一般是loop 区，将小分子对接进去即可，然后再分析结合模式和结合后的构象。 |
8楼2012-07-02 10:47:42
