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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【转帖】用于虚拟筛选的小分子化合物库使用专业导读
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铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【转帖】用于虚拟筛选的小分子化合物库使用专业导读已有16人参与

药物设计是随着药物化学学科的诞生相应出现的。早在２０世纪２０年代以前，就开始进行天然有效成分的结构改造。而目前药物设计的方向主要集中在小分子方面，尤其是在里宾斯基五原则、RO3原则等药物设计的经典原则出现后，人们对化合物的选择方向也发生了变化。目前市场热点主要集中在：小分子杂环化合物、天然产物、肽类、糖类等等。世界上也随之出现了很多商业公司专门为药物设计和发现提供各类用于筛选的化合物以提高工作效率（算是一种社会劳动分工）。现在随着计算机辅助设计和化合物推广的需要，几乎所有的这类公司都推出自己的SDF，DB等格式的筛选化合物电子库。而且还有一些专业网站收集这些产品库做成一个更大的库。下面就一一详细介绍。

1、
综合产品库

有一些网站拿了厂家或者国家的钱然后建立了一个整合的产品库，以产品数量众多而闻名。例如：

SCD和ACD,这两个库比较闻名了需要付费购买，但是对虚拟筛选用途不大，尤其是SCD多样性较差。

ZINC库，http://zinc.docking.org/ 一个受到政府资助的免费库，名气很大。但是军科院一位专门做虚拟筛选的教授曾经介绍说它里面的一些数据转换的时候有错误，只是名气大他是不用的（仁者见仁智者见智），对于入门同学来说应该比较合适，唯一的问题是很多筛出来的结果买不到实体化合物。

Emolecules库 http://www.emolecules.com/ 这个库是专门推广小分子的，里面也有SDF等格式的产品下载，还可以按照基团搜索后再下载SDF还有一些做过Docking或者QSAR的指向性产品库（个人觉得这些东西对虚筛的没用，大家更感兴趣的不是这个库而是他们建立的方法）

2、 原厂产品库

先推荐几个国内能买到产品库（产品要钱，库免费）：

Maybridge库
www.maybridge.com
历史最悠久的化合物工厂，致力于杂环化合物的多样性库建设。产品不多只有60000来种，由于多样性好产品独有比例高比较适合开展小规模工作。

Enamine库
www.enamine.net
乌克兰国家级研究院背景，应该是全世界最大的商业库有130多万种产品，包含杂环和一部分短肽。比Chembridge(70w)要多，这工厂有些做过虚筛的子库，还有个农药库。

ac-discovery 库
http://www.ac-discovery.com/index.php，
天然产物和半合成库。

以上三种可以找国内代理商索要光盘。

SPEC库
荷兰的工厂产品多价格比较便宜，而且是最早向国内销售的（上海药物所很早就开始使用他们的东西基本筛过无数遍了，呵呵）

国内没有代理，但是有专业公司帮忙操作的。嘿嘿~

Timtec库 30多万种产品 www.timtec.com ，不过国外的论坛上介绍他们的产品比较旧而且纯度不高，后期用起来很不爽。

IBScreen
这工厂不错尤其是天然产物，就是有点贵。

Chembridge
广告做的最凶的工厂，产品很贵但是很多（70多万种）。

这些基本够用了，加起来有400多万了，注册就能下载，其他的就不介绍了，有兴趣或者有特殊要求的可以联系我，我这里有光盘，可站内PM我索要。

3、
那个是我要的？

这么多库哪个是我用的?接下来帮大家选择下.

如果你经费充足，人员充足，电脑超强我推荐你不用选了，把这些库都DOWN下来筛就好了，要买实体化合物买的多就找工厂直接买（比较麻烦），或者找大的试剂公司例如百灵威帮忙买（找他们多花一点钱，但是省心，有需要可以PM我这里不做广告）。

但是如此烧钱的工作也没几个人能做到接下来介绍菜场精挑细选***：

关注产品纯度，现代实验都要求至少95%，低于这个纯度会有假阳性，天然产物纯度一般80几，但要关注相对纯度，也就是说尽管纯度只有80几但是大部分应该都是一种物质，同系物或者相近化合物杂质要少。

关注多样性，多样性好筛出的几率要大。

最好在筛出后经验判断下，有些化合物有经验的人一眼看上去就能看出有毒或者别的什么，这种经验很厉害，整理出来做个软件就大发了，哈哈。

关注购买的产品形式，不用想了，买干粉吧，最经济的选择。不然冷冻费用比产品都贵。

这几条是主要的其他的大家自己留意吧。

另外，最近很多工厂都推出做了虚拟筛选的Target产品库.一般这个库都是做过Docking和QSAR的，例如：Enamine、ChemDiv工厂。个人认为这个东西对我们做计算的没有太大意义。因为原则方法不一样，结果是有差异的，用这样的库可能会错过很多东西。所以还是多样性库比较适合大家。

http://www.mdbbs.org/thread-17747-1-2.html
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1楼2009-12-30 23:51:51
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铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢积极参与讨论 1-3 09:28
引用回帖:
Originally posted by whitewatercn at 2009-12-31 09:38:
没怎么做过虚拟筛选，说几点个人看法，

1.首先关注产品，要能较快地买得到，买不到东西的虚拟库是没有什么意思的

2.把所有来源的库合并成一个大的库

3.用一些基本的ADMET规则把明显不合理的筛掉，构成“ ...

楼上的，说的很专业，不像是没怎么做过虚拟筛选的。呵呵

但是你的3和4，确是仁者见仁，智者见智的操作，尤其是4，理论上成立，但是到具体操作层面还是有难度，可否说说你的挑选原则？

抛砖引玉。。。
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4楼2010-01-02 14:47:52
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铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 1-4 10:40
引用回帖:
Originally posted by whitewatercn at 2010-1-4 08:37:

关于4，这方面的算法很多，比如"Sphere Exclusion"，你选了一个分子，那么所有与它相似性大于0.9的分子就不要再选了。

你用的是sort程序？也是算tamimotor fingerprint?
引用回帖:
Originally posted by whitewatercn at 2010-1-4 08:37:
也有人觉得虚拟筛选嘛，反正就浪费点计算资源，全部扔进去算了再说吧。

呵呵，我比较同意，我算完后取排分前5000~20000个分子，再分类挑选。再选类药性高的分子。
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6楼2010-01-04 10:08:28
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铁杆木虫 (著名写手)
送鲜花一朵
这么长时间的帖子了，还有人感兴趣，呵呵。酒神不怕巷子深！！！
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9楼2012-02-06 20:42:25
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铁杆木虫 (著名写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
18620661楼: Originally posted by yalefield at 2012-04-09 16:02:43:
酒神不怕巷子深
药物抗瘤药理新
羌笛何须吹杨柳
数据库里转乾坤

呵呵，谢谢老汉捧场。你啥时专业改成“高等教育学”了？又跻身教育界了？复合型人才呀！
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12楼2012-04-09 17:52:12
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铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
18620694楼: Originally posted by tsbiochem at 2012-04-10 10:31:31:
这是什么时候的信息啊太老了，chemdiv不光做计算机虚拟筛选的，实体药剂chemdiv目前库存的就有125万种化合物，除此以外每年以15万种新化合物的速度递增。多样性化合物库，靶点化合物库还有天然产物，片段组合，农 ...

这个帖子是很老了，2009年发的，只是最近又被人翻出来了。啥叫“实体药剂chemdiv目前库存”，是试剂吧？他们在上海已经有办事处了？售价大约多少/一个10mg化合物？

[ Last edited by tjegg on 2012-4-11 at 06:36 ]
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15楼2012-04-10 15:03:19
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铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
19楼: Originally posted by dz0311198206 at 2013-06-09 15:19:21
忘了说了，
合成的多样性库方面，Chembridge和Maybridge更新都比较慢，Chembridge还有不少人在筛，但Maybridge自从被收购以后，更新的已经基本停滞了，且有效产品只是其他家的十分之一或二十分之一 ，用的人 ...

高手，绝对的高手，高手在民间呀。
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20楼2013-06-09 19:24:59
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铁杆木虫 (著名写手)
楼上两位，谢谢还关注我的旧帖，但是我也没有他们数据库，可以找他们要，是免费的。
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26楼2014-04-19 20:24:04
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