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【求助】如何将PDB文件蛋白与配基复合物中的配基去除获得自由受体蛋白
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| 我从数据库中下载了蛋白的PDB文件，但这些文件都是受体蛋白与小分子配基复合物的形式，而且小分子配基不同，一个受体蛋白搜到的这种蛋白与小分子配基复合物PDB文件有许多，我想做一受体蛋白与我的化合物库的docking工作，想问我该怎样选择PDB文件？还有蛋白与小分子配基复合物PDB文件我怎样将配基去除得到自由受体蛋白呢？谢谢各位tx，急用 |
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11楼2009-12-01 21:50:57
javacfish
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2楼2009-12-01 19:50:25
3楼2009-12-01 19:53:09
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4楼2009-12-01 20:02:52
5楼2009-12-01 20:21:56
javacfish
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6楼2009-12-01 21:19:20
| 我的具体操作是这样的：将原始PDB文件用DS打开，去除水，3D窗口下右键“protein”菜单选择“solid ribbon”，再在标题栏“Scripts”下“Selection”条目下选择“Select ligands”，后再在3D窗口下右键"Display style"下选择“Ball and Stick”，使ligand显示，后再次如上Selection”条目下选择“Select ligands”，最后在“Edit”标题栏下选择“Delete”，原以为新改正后的PDB文件是去除了ligand的自由蛋白受体三维结构，但是当重新打开改正后的PDB文件，在标题栏“Scripts”下“Selection”条目下选择“Select ligands”，后再在3D窗口下右键"Display style"下选择“Ball and Stick”后，ligand又再次显示，说明去除ligand并未成功，可是到底哪出错了呢？？？哪位高人能帮助解释一下啊？？？ |
7楼2009-12-01 21:30:01
8楼2009-12-01 21:30:58
9楼2009-12-01 21:32:04
javacfish
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10楼2009-12-01 21:35:16
20