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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何将PDB文件蛋白与配基复合物中的配基去除获得自由受体蛋白
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】如何将PDB文件蛋白与配基复合物中的配基去除获得自由受体蛋白

我从数据库中下载了蛋白的PDB文件，但这些文件都是受体蛋白与小分子配基复合物的形式，而且小分子配基不同，一个受体蛋白搜到的这种蛋白与小分子配基复合物PDB文件有许多，我想做一受体蛋白与我的化合物库的docking工作，想问我该怎样选择PDB文件？还有蛋白与小分子配基复合物PDB文件我怎样将配基去除得到自由受体蛋白呢？谢谢各位tx，急用
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1楼 2009-12-01 19:20:57
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
我现在在网上下了破解版的Discovery studio 2.1，用这个软件该怎么做呢？
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3楼2009-12-01 19:53:09
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javacfish

金虫 (小有名气)
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-8 15:08
sybyl,很简单的实现
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2楼2009-12-01 19:50:25
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javacfish

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
load protein
DS也可以，edit---select,然后你自己在看看
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4楼2009-12-01 20:02:52
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
我从网上下载了我的目标蛋白和一个小分子的PDB文件，我将小分子Hide掉，再将此蛋白受体定义为研究receptor，用原PDB文件小分子化合物结合位点定义为活性口袋，进行我的小分子fast快速对接，对接结果是在3D窗口下，我看到原PDB文件中的小分子化合物和我的小分子化合物都在定义的活性口袋中，是不是由于使用的PDB文件中原小分子化合物没去除的结果啊？将小分子Hide掉是不是并没有使原PDB文件成为自由受体蛋白PDB形式啊？

我在DS的edit---select下找了，我该怎么选择才能去掉小分子啊？有好几种选择条目，每一种条目下又分许多，该怎么选择啊？
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5楼2009-12-01 20:21:56
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