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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何将PDB文件蛋白与配基复合物中的配基去除获得自由受体蛋白
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】如何将PDB文件蛋白与配基复合物中的配基去除获得自由受体蛋白

我从数据库中下载了蛋白的PDB文件，但这些文件都是受体蛋白与小分子配基复合物的形式，而且小分子配基不同，一个受体蛋白搜到的这种蛋白与小分子配基复合物PDB文件有许多，我想做一受体蛋白与我的化合物库的docking工作，想问我该怎样选择PDB文件？还有蛋白与小分子配基复合物PDB文件我怎样将配基去除得到自由受体蛋白呢？谢谢各位tx，急用
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1楼 2009-12-01 19:20:57
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
得到蛋白成功了，太感谢了，我自己摸索半天也没出来。

但是我得到的配体pdb文件，打开后怎么被水包围啊？我刚刚开始学DS，看了教学视频，其在定义活性位点时用已知配体ligand.sd文件直接插入到上述游离受体中得到活性口袋，我用我得到的配体插入受体求活性口袋时DS总是提示错误，为什么呀？我的配体保存时时也是选择.sd格式？选择png格式也提示错误，能帮我解释下吗？
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11楼2009-12-01 21:50:57
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javacfish

金虫 (小有名气)
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-8 15:08
sybyl,很简单的实现
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2楼2009-12-01 19:50:25
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
我现在在网上下了破解版的Discovery studio 2.1，用这个软件该怎么做呢？
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3楼2009-12-01 19:53:09
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javacfish

金虫 (小有名气)
★
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load protein
DS也可以，edit---select,然后你自己在看看
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4楼2009-12-01 20:02:52
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
我从网上下载了我的目标蛋白和一个小分子的PDB文件，我将小分子Hide掉，再将此蛋白受体定义为研究receptor，用原PDB文件小分子化合物结合位点定义为活性口袋，进行我的小分子fast快速对接，对接结果是在3D窗口下，我看到原PDB文件中的小分子化合物和我的小分子化合物都在定义的活性口袋中，是不是由于使用的PDB文件中原小分子化合物没去除的结果啊？将小分子Hide掉是不是并没有使原PDB文件成为自由受体蛋白PDB形式啊？

我在DS的edit---select下找了，我该怎么选择才能去掉小分子啊？有好几种选择条目，每一种条目下又分许多，该怎么选择啊？
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5楼2009-12-01 20:21:56
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javacfish

金虫 (小有名气)
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zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-8 15:08
得到配体的：选择ainimoAcid,然后select,然后删除，
得到蛋白的话：选择ainimoAcid,然后select。在edit ---invert seletion, 然后在删除，就可以得到蛋白

之后你慢慢的学吧，DS博大精深
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6楼2009-12-01 21:19:20
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
我的具体操作是这样的：将原始PDB文件用DS打开，去除水，3D窗口下右键“protein”菜单选择“solid ribbon”，再在标题栏“Scripts”下“Selection”条目下选择“Select ligands”，后再在3D窗口下右键"Display style"下选择“Ball and Stick”，使ligand显示，后再次如上Selection”条目下选择“Select ligands”，最后在“Edit”标题栏下选择“Delete”，原以为新改正后的PDB文件是去除了ligand的自由蛋白受体三维结构，但是当重新打开改正后的PDB文件，在标题栏“Scripts”下“Selection”条目下选择“Select ligands”，后再在3D窗口下右键"Display style"下选择“Ball and Stick”后，ligand又再次显示，说明去除ligand并未成功，可是到底哪出错了呢？？？哪位高人能帮助解释一下啊？？？
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7楼2009-12-01 21:30:01
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
谢谢javacfish  ，我试试啊
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8楼2009-12-01 21:30:58
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-1 21:19:
得到配体的：选择ainimoAcid,然后select,然后删除，
得到蛋白的话：选择ainimoAcid,然后select。在edit ---invert seletion, 然后在删除，就可以得到蛋白

之后你慢慢的学吧，DS博大精深

得到配体或得到蛋白都是选择ainimoAcid？
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9楼2009-12-01 21:32:04
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javacfish

金虫 (小有名气)
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zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-8 15:08
ainimoAcid是选择氨基酸，配体应该不是氨基酸吧, 是的话，在选择其他

你删除之后一定要"另存为".
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10楼2009-12-01 21:35:16
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