应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何将PDB文件蛋白与配基复合物中的配基去除获得自由受体蛋白
151/2返回列表12下一页
查看: 2126  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】如何将PDB文件蛋白与配基复合物中的配基去除获得自由受体蛋白

我从数据库中下载了蛋白的PDB文件，但这些文件都是受体蛋白与小分子配基复合物的形式，而且小分子配基不同，一个受体蛋白搜到的这种蛋白与小分子配基复合物PDB文件有许多，我想做一受体蛋白与我的化合物库的docking工作，想问我该怎样选择PDB文件？还有蛋白与小分子配基复合物PDB文件我怎样将配基去除得到自由受体蛋白呢？谢谢各位tx，急用
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2009-12-01 19:20:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
得到蛋白成功了，太感谢了，我自己摸索半天也没出来。

但是我得到的配体pdb文件，打开后怎么被水包围啊？我刚刚开始学DS，看了教学视频，其在定义活性位点时用已知配体ligand.sd文件直接插入到上述游离受体中得到活性口袋，我用我得到的配体插入受体求活性口袋时DS总是提示错误，为什么呀？我的配体保存时时也是选择.sd格式？选择png格式也提示错误，能帮我解释下吗？
赞一下(1人) 回复此楼
11楼2009-12-01 21:50:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-8 15:08
sybyl,很简单的实现
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2009-12-01 19:50:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
我现在在网上下了破解版的Discovery studio 2.1，用这个软件该怎么做呢？
赞一下 回复此楼
3楼2009-12-01 19:53:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
load protein
DS也可以，edit---select,然后你自己在看看
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2009-12-01 20:02:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
我从网上下载了我的目标蛋白和一个小分子的PDB文件，我将小分子Hide掉，再将此蛋白受体定义为研究receptor，用原PDB文件小分子化合物结合位点定义为活性口袋，进行我的小分子fast快速对接，对接结果是在3D窗口下，我看到原PDB文件中的小分子化合物和我的小分子化合物都在定义的活性口袋中，是不是由于使用的PDB文件中原小分子化合物没去除的结果啊？将小分子Hide掉是不是并没有使原PDB文件成为自由受体蛋白PDB形式啊？

我在DS的edit---select下找了，我该怎么选择才能去掉小分子啊？有好几种选择条目，每一种条目下又分许多，该怎么选择啊？
赞一下 回复此楼
5楼2009-12-01 20:21:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+2,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-8 15:08
得到配体的：选择ainimoAcid,然后select,然后删除，
得到蛋白的话：选择ainimoAcid,然后select。在edit ---invert seletion, 然后在删除，就可以得到蛋白

之后你慢慢的学吧，DS博大精深
赞一下(11人) 回复此楼
6楼2009-12-01 21:19:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
我的具体操作是这样的：将原始PDB文件用DS打开，去除水，3D窗口下右键“protein”菜单选择“solid ribbon”，再在标题栏“Scripts”下“Selection”条目下选择“Select ligands”，后再在3D窗口下右键"Display style"下选择“Ball and Stick”，使ligand显示，后再次如上Selection”条目下选择“Select ligands”，最后在“Edit”标题栏下选择“Delete”，原以为新改正后的PDB文件是去除了ligand的自由蛋白受体三维结构，但是当重新打开改正后的PDB文件，在标题栏“Scripts”下“Selection”条目下选择“Select ligands”，后再在3D窗口下右键"Display style"下选择“Ball and Stick”后，ligand又再次显示，说明去除ligand并未成功，可是到底哪出错了呢？？？哪位高人能帮助解释一下啊？？？
赞一下 回复此楼
7楼2009-12-01 21:30:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
谢谢javacfish  ，我试试啊
赞一下 回复此楼
8楼2009-12-01 21:30:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-1 21:19:
得到配体的：选择ainimoAcid,然后select,然后删除，
得到蛋白的话：选择ainimoAcid,然后select。在edit ---invert seletion, 然后在删除，就可以得到蛋白

之后你慢慢的学吧，DS博大精深

得到配体或得到蛋白都是选择ainimoAcid？
赞一下 回复此楼
9楼2009-12-01 21:32:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

javacfish

金虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-8 15:08
ainimoAcid是选择氨基酸，配体应该不是氨基酸吧, 是的话，在选择其他

你删除之后一定要"另存为".
赞一下(11人) 回复此楼
10楼2009-12-01 21:35:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 xppcomeon 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 jzg3xk1po8 2026-07-31 12/600 2026-08-01 17:50 by Kddn1pB6pAzX
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 jzg3xk1po8 2026-07-31 12/600 2026-08-01 17:50 by Kddn1pB6pAzX
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 jzg3xk1po8 2026-07-31 9/450 2026-08-01 17:43 by Kddn1pB6pAzX
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 7/350 2026-08-01 17:42 by Kddn1pB6pAzX
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 9/450 2026-08-01 17:40 by Kddn1pB6pAzX
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +16 低垂的野花 2026-07-31 22/1100 2026-08-01 16:39 by Cathyau
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 9/450 2026-08-01 15:50 by y4XuShGyllvT
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 6/300 2026-08-01 15:46 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +15 布布和一二 2026-07-30 19/950 2026-08-01 15:18 by 40862026
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 8/400 2026-07-31 18:13 by beefly
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[基金申请] 今年的WR进展到哪一步了？ +5 wsgjhwz 2026-07-25 9/450 2026-07-30 12:59 by 可淡不可忘
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 时间戳他又来了 +14 晓晓爱翠翠 2026-07-26 17/850 2026-07-29 16:30 by 呵呵二哥
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了，我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
[分析] 水蒸气蒸馏法乳化现象 +3 月光娇娇 2026-07-26 3/150 2026-07-26 23:25 by caiyun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭