| 查看: 1970 | 回复: 14 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】如何将PDB文件蛋白与配基复合物中的配基去除获得自由受体蛋白
|
|||
| 我从数据库中下载了蛋白的PDB文件，但这些文件都是受体蛋白与小分子配基复合物的形式，而且小分子配基不同，一个受体蛋白搜到的这种蛋白与小分子配基复合物PDB文件有许多，我想做一受体蛋白与我的化合物库的docking工作，想问我该怎样选择PDB文件？还有蛋白与小分子配基复合物PDB文件我怎样将配基去除得到自由受体蛋白呢？谢谢各位tx，急用 |
回复此楼» 猜你喜欢
机械工程264学硕求调剂
已经有3人回复
-
264求调剂
已经有9人回复
-
求调剂
已经有6人回复
-
22408 266求调剂
已经有7人回复
-
求调剂
已经有14人回复
-
273求调剂
已经有43人回复
-
307求调剂
已经有13人回复
-
327求调剂
已经有7人回复
-
338求调剂
已经有6人回复
-
326分，一志愿沪9，求生物学调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
| 我的具体操作是这样的：将原始PDB文件用DS打开，去除水，3D窗口下右键“protein”菜单选择“solid ribbon”，再在标题栏“Scripts”下“Selection”条目下选择“Select ligands”，后再在3D窗口下右键"Display style"下选择“Ball and Stick”，使ligand显示，后再次如上Selection”条目下选择“Select ligands”，最后在“Edit”标题栏下选择“Delete”，原以为新改正后的PDB文件是去除了ligand的自由蛋白受体三维结构，但是当重新打开改正后的PDB文件，在标题栏“Scripts”下“Selection”条目下选择“Select ligands”，后再在3D窗口下右键"Display style"下选择“Ball and Stick”后，ligand又再次显示，说明去除ligand并未成功，可是到底哪出错了呢？？？哪位高人能帮助解释一下啊？？？ |
7楼2009-12-01 21:30:01
javacfish
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2224.9
- 红花: 14
- 帖子: 292
- 在线: 32.9小时
- 虫号: 480755
- 注册: 2007-12-16
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2009-12-01 19:50:25
3楼2009-12-01 19:53:09
javacfish
金虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 2
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 2224.9
- 红花: 14
- 帖子: 292
- 在线: 32.9小时
- 虫号: 480755
- 注册: 2007-12-16
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2009-12-01 20:02:52
