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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】如何将PDB文件蛋白与配基复合物中的配基去除获得自由受体蛋白
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

[交流] 【求助】如何将PDB文件蛋白与配基复合物中的配基去除获得自由受体蛋白

我从数据库中下载了蛋白的PDB文件，但这些文件都是受体蛋白与小分子配基复合物的形式，而且小分子配基不同，一个受体蛋白搜到的这种蛋白与小分子配基复合物PDB文件有许多，我想做一受体蛋白与我的化合物库的docking工作，想问我该怎样选择PDB文件？还有蛋白与小分子配基复合物PDB文件我怎样将配基去除得到自由受体蛋白呢？谢谢各位tx，急用
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1楼 2009-12-01 19:20:57
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2009-12-1 21:19:
得到配体的：选择ainimoAcid,然后select,然后删除，
得到蛋白的话：选择ainimoAcid,然后select。在edit ---invert seletion, 然后在删除，就可以得到蛋白

之后你慢慢的学吧，DS博大精深

得到配体或得到蛋白都是选择ainimoAcid？
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9楼2009-12-01 21:32:04
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javacfish

金虫 (小有名气)
★
zeoliters(金币+1,VIP+0):多谢回帖交流！ 12-8 15:08
sybyl,很简单的实现
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2楼2009-12-01 19:50:25
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
我现在在网上下了破解版的Discovery studio 2.1，用这个软件该怎么做呢？
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3楼2009-12-01 19:53:09
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javacfish

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
load protein
DS也可以，edit---select,然后你自己在看看
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4楼2009-12-01 20:02:52
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