【求助】如何将PDB文件蛋白与配基复合物中的配基去除获得自由受体蛋白 - 分子模拟 - DS/Sybyl/Autodock - 第2页小木虫论坛-学术科研互动平台

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得到蛋白成功了，太感谢了，我自己摸索半天也没出来。

但是我得到的配体pdb文件，打开后怎么被水包围啊？我刚刚开始学DS，看了教学视频，其在定义活性位点时用已知配体ligand.sd文件直接插入到上述游离受体中得到活性口袋，我用我得到的配体插入受体求活性口袋时DS总是提示错误，为什么呀？我的配体保存时时也是选择.sd格式？选择png格式也提示错误，能帮我解释下吗？

赞一下(1人)

11楼2009-12-01 21:50:57

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还有人在吗？？

12楼2009-12-01 22:32:31

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明天再来看看？
ligand配基的sd files格式文件怎么用DS形成？还是从网上下，在哪个网站，我用Google搜了一晚上也没找到，希望好人帮帮忙

13楼2009-12-02 00:26:09

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引用回帖:

Originally posted by javacfish at 2009-12-1 21:35:
ainimoAcid是选择氨基酸，配体应该不是氨基酸吧, 是的话，在选择其他

你删除之后一定要"另存为".

得到配体时要另存为什么文件？配体的SD files文件我试了好像不是用这种另存为方法得到的，你提供的方法我将配体另存为SD files文件后不能在插入到受体蛋白中了，不知道为什么？

14楼2009-12-02 14:11:38

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哎，还在等待！！1

15楼2009-12-06 17:18:56

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