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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 引物设计时总是发生严重错配怎么办？敬请大家指点！
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小虫之老虫

新虫 (小有名气)

[交流] 引物设计时总是发生严重错配怎么办？敬请大家指点！ 已有2人参与

我要设计一对Real-Time PCR（染料法）的引物，但是由于目的序列自身碱基重复较多，设计引物时经常发生错配，软件（PrimerPremier5）给出的100对引物都有错配，最好的情况也是其中一条正向引物或反向引物有错配。
请教一下这种情况下应该怎么设计引物？
另外，设计出的引物在NCBI上BLAST，应该以哪一项评分为选择依据，是主要看Query coverage吗？可是有时Query coverage100%不一定排在前面。
第一次设计引物，请大家多多指教！
谢谢！

[ Last edited by 小虫之老虫 on 2009-10-24 at 15:46 ]
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1楼 2009-10-24 15:44:01
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小虫之老虫

新虫 (小有名气)
顶一下
请大家多多指点！
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2楼2009-10-25 13:06:36
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cherylshen

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
相信楼主已经解决了碱基重复较多的序列设计引物的问题，想请问下对这种序列设计实时引物时有哪些特别的地方需要注意？多谢
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3楼2010-05-05 20:43:31
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小虫之老虫

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by cherylshen at 2010-05-05 20:43:31:
相信楼主已经解决了碱基重复较多的序列设计引物的问题，想请问下对这种序列设计实时引物时有哪些特别的地方需要注意？多谢

不好意思啊
我也没什么方法...
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4楼2010-05-06 16:37:26
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