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三只0小猪仔

新虫 (初入文坛)

[求助] 目的基因连接T载体 菌落pcr没有目的条带 已有3人参与

我PCR产物连接T载体,做蓝白斑筛选,都是白斑,挑但菌落,做菌落pcr,没有目的条带,难道都是假阳性吗?我菌落pcr引物跟目的基因一样 求指教

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眺望爱

铜虫 (初入文坛)

你的pcr引物跟目的基因一样是无法从pcr来断定是否为假阳性的,推荐用载体上的插入位点前后一段200-300bp的基因做引物,这样可以判断是否为假阳性。然后蓝白斑筛选其实有一些感受态有表达缺陷,比如说jm110,在加了显色剂的平板上也不显色的。

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目标:生物的星辰大海!!!!
3楼2019-06-02 18:33:35
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普通回帖

花鸟画夜

新虫 (初入文坛)

2楼2019-06-02 15:51:44
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三只0小猪仔

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 眺望爱 at 2019-06-02 18:33:35
你的pcr引物跟目的基因一样是无法从pcr来断定是否为假阳性的,推荐用载体上的插入位点前后一段200-300bp的基因做引物,这样可以判断是否为假阳性。然后蓝白斑筛选其实有一些感受态有表达缺陷,比如说jm110,在加了显 ...

那我要重新设计引物吗?还是多挑几个菌试一试,是PCR没有P出来吗?还是根本就没有连接上?

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4楼2019-06-03 07:31:58
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xinxiyuzhou

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
有可能都是假阳性,如果目的基因插入,不会所有的克隆没有目的条带的,可以多鉴定几个。另外,为什么要连T载呢?另外,没有做阳性对照吗?PU19的对照?
5楼2019-06-03 08:02:05
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眺望爱

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by xinxiyuzhou at 2019-06-03 08:02:05
有可能都是假阳性,如果目的基因插入,不会所有的克隆没有目的条带的,可以多鉴定几个。另外,为什么要连T载呢?另外,没有做阳性对照吗?PU19的对照?

题主菌检的引物是目的基因上的,用空载体也是扩不出来的,所以没有做对照吧。

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目标:生物的星辰大海!!!!
6楼2019-06-03 08:38:40
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眺望爱

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 三只0小猪仔 at 2019-06-03 07:31:58
那我要重新设计引物吗?还是多挑几个菌试一试,是PCR没有P出来吗?还是根本就没有连接上?
...

如果在你的感受态下空载体确定会显蓝斑而且没有涂错板子的话,建议先在基因插入位点前后100bp左右找两条引物合一下,毕竟这个载体以后可能还会再用的嘛。这个基因引物如果也没有条带就可以盲送试一下,如果扩出来是空载大小就要重做,建议首尾加重组臂做重组,效率会很高,平连效率还挺低的。

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

目标:生物的星辰大海!!!!
7楼2019-06-03 08:45:41
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三只0小猪仔

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 眺望爱 at 2019-06-03 08:45:41
如果在你的感受态下空载体确定会显蓝斑而且没有涂错板子的话,建议先在基因插入位点前后100bp左右找两条引物合一下,毕竟这个载体以后可能还会再用的嘛。这个基因引物如果也没有条带就可以盲送试一下,如果扩出来是 ...

我是用的TA克隆,cDNA作为模版进行PCR扩增获得目的基因,回收纯化之后连接的T载体,PCR产物是带A尾的,做了阳性对照。是T载体购买时自带的,按操作连接之后转化的大肠杆菌,菌落PCR的引物与目的基因一样,实验室之前也是直接用的一样的引物 ,不知道哪里出了问题,还麻烦您指教一下

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8楼2019-06-03 11:23:40
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A913162220

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这种小实验,多挑几个点就行,用M13F和R引物PCR
9楼2019-06-03 16:28:52
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三只0小猪仔

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by A913162220 at 2019-06-03 16:28:52
这种小实验,多挑几个点就行,用M13F和R引物PCR

所以是菌落pcr引物不行吗? 那我重新合成一条再试试?

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10楼2019-06-03 20:06:52
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