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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接前的配体优化问题
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zhang_yu1011

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子对接前的配体优化问题 已有2人参与

配体分子的优化方法大家提供的都是用chem3D，但是我这有配体的晶体结构，也要用chem3D吗，还是可以用高斯优化？求助！非常感谢！
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1楼 2017-10-23 15:30:32
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zhang_yu1011

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by apparitioncc at 2017-10-24 14:35:35
做Vina对接就可以不用优化了

好的，谢谢
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8楼2017-10-24 15:04:33
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hclwonder

新虫 (正式写手)
大分子的晶体结构也是要prepare的，小分子的不清楚。用高斯优化应该可以，只是可能有点浪费，你用什么对接软件，没有小分子的prepare模块？

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2楼2017-10-23 18:38:26
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zhang_yu1011

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2017-10-23 18:38:26
大分子的晶体结构也是要prepare的，小分子的不清楚。用高斯优化应该可以，只是可能有点浪费，你用什么对接软件，没有小分子的prepare模块？

用的Autodock
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3楼2017-10-23 21:33:04
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hclwonder

新虫 (正式写手)
autodock不熟。高斯优化是可以的，保存mol2格式，然后autodock用。

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zhang_yu1011
4楼2017-10-24 11:20:25
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