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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zhang_yu1011

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子对接前的配体优化问题 已有2人参与

配体分子的优化方法大家提供的都是用chem3D,但是我这有配体的晶体结构,也要用chem3D吗,还是可以用高斯优化?求助!非常感谢!
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hclwonder

新虫 (正式写手)

大分子的晶体结构也是要prepare的,小分子的不清楚。用高斯优化应该可以,只是可能有点浪费,你用什么对接软件,没有小分子的prepare模块?

发自小木虫Android客户端
2楼2017-10-23 18:38:26
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zhang_yu1011

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2017-10-23 18:38:26
大分子的晶体结构也是要prepare的,小分子的不清楚。用高斯优化应该可以,只是可能有点浪费,你用什么对接软件,没有小分子的prepare模块?

用的Autodock
3楼2017-10-23 21:33:04
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hclwonder

新虫 (正式写手)

autodock不熟。高斯优化是可以的,保存mol2格式,然后autodock用。

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

4楼2017-10-24 11:20:25
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用chemi3d 处理一下,MM94优化及Minimum energy就可以
5楼2017-10-24 14:17:55
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apparitioncc

铜虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
做Vina对接就可以不用优化了
6楼2017-10-24 14:35:35
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zhang_yu1011

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by autodockytu at 2017-10-24 14:17:55
用chemi3d 处理一下,MM94优化及Minimum energy就可以

可是我用chem3D处理,对接之后小分子的键会出现断裂,而直接用晶体对接的话就不会,我也不知道什么原因,以为是优化的问题
7楼2017-10-24 15:01:42
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zhang_yu1011

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by apparitioncc at 2017-10-24 14:35:35
做Vina对接就可以不用优化了

好的,谢谢
8楼2017-10-24 15:04:33
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zhang_yu1011

新虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by hclwonder at 2017-10-24 11:20:25
autodock不熟。高斯优化是可以的,保存mol2格式,然后autodock用。

好的,我试试,谢谢!
9楼2017-10-24 15:05:58
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