应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接前的配体优化问题
51/1返回列表
查看: 1291  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

zhang_yu1011

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子对接前的配体优化问题 已有2人参与

配体分子的优化方法大家提供的都是用chem3D，但是我这有配体的晶体结构，也要用chem3D吗，还是可以用高斯优化？求助！非常感谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2017-10-23 15:30:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

apparitioncc

铜虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
做Vina对接就可以不用优化了
赞一下 回复此楼
6楼2017-10-24 14:35:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

hclwonder

新虫 (正式写手)
大分子的晶体结构也是要prepare的，小分子的不清楚。用高斯优化应该可以，只是可能有点浪费，你用什么对接软件，没有小分子的prepare模块？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2017-10-23 18:38:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhang_yu1011

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by hclwonder at 2017-10-23 18:38:26
大分子的晶体结构也是要prepare的，小分子的不清楚。用高斯优化应该可以，只是可能有点浪费，你用什么对接软件，没有小分子的prepare模块？

用的Autodock
回复此楼
3楼2017-10-23 21:33:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hclwonder

新虫 (正式写手)
autodock不熟。高斯优化是可以的，保存mol2格式，然后autodock用。

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

zhang_yu1011
4楼2017-10-24 11:20:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭