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honoryang

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因组序列比对 已有2人参与

本人有两个不同种的细菌基因组序列,一个为全图。一个为草图,但这两个菌都能降解同一种底物,我想通过基因组比对的方法确定菌中有该功能的基因
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nanhu1984

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
基本思路是:做两个基因组的blastp比对分析,得到两者基因组共同的同源蛋白基因,然后根据功能确定降解基因簇。
https://www.microbialgenomic.cn/
2楼2017-06-09 16:26:24
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chen卡神

新虫 (小有名气)

通过比对来找感觉很难,因为你有一个草图,有序列丢失,另外一方面不同种细菌也有很多同源基因,尤其是跳跃基因。如果能分离纯化出降解功能的蛋白,逆推可能更靠谱一点,至于蛋白怎么纯化出来,估计也是个问题。看一下其他有没有累死的蛋白

发自小木虫Android客户端
3楼2017-06-11 01:05:48
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xuweitao

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
首先,用完全图的菌裂解液找到合适的体外测试条件确定活性。以活性为指导做蛋白分离直至看来得到单一蛋白(跑SDS-PAGE)。再降解蛋白确定末端序列。根据蛋白序列在完全图序列中找到相关基因。克隆该基因提纯并确定活性。最后以该基因序列去草图菌中找类似基因。
4楼2017-06-11 13:13:36
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