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lyzjc

银虫 (小有名气)

[求助] TA克隆,连接转化能长菌落,但是菌液PCR鉴定没有结果 已有4人参与

PCR扩增产物1%琼脂糖凝胶电泳,试剂盒回收纯化PCR产物,电泳检测条带单一,浓度为50ng/微升。

PCR产物和pMD 18-T 载体连接,连接体系是:PCR产物3.5微升,pMD 18-T vector 1微升,水0.5微升,Solution I  5微升。16℃连接3h,使用的是PCR仪器。

固体LB培养基配制:胰蛋白胨1g,酵母浸粉0.5g,氯化钠1g,加水定容100ml,调节PH为7.5,高温高压灭菌30min,待温度适宜,加入IPTG 20微升,X-gal 100微升,AMP 100微升,倒板。

10微升连接产物全部转入50微升大肠杆菌DH5α感受态细胞,冰浴30min,42℃热激90s,冰浴2min,加入700微升液体LB培养液,37℃恒温摇床200rpm   1h,4000rpm离心5min,弃上清500微升,重悬浮,涂板,37℃过夜培养。我看有些人的实验记录都是12-14h就能挑菌了,但是我的12-15h内很难看清蓝白斑,我一般是等到16-18h之间才能很明显分辨出蓝白斑菌落,这时候才能挑白斑,于1ml 含1微升AMP的液体LB培养液中,37℃恒温摇床复苏8h。

菌液PCR鉴定,10微升体系是:Taq酶0.05微升,buffer 1微升,dNTP 0.8微升,上游引物0.5微升,下游引物0.5微升,菌液1微升0.5微升0.3微升都有做过,加水至10微升。引物使用的是之前PCR扩增引物。反应程序有所改变,95℃预变性时间从之前的5min变成15min。
挑单克隆菌落的时候,看着蓝白斑菌落很明显能分开,并且感觉长势不错,信心满满,但是菌液PCR怎么都没有条带,心都碎了。。。。crying

在半个月之前用同样的方法,不同的基因克隆,还做的不错,测序结果也挺好。

1、有人说插入片段和载体的比例,我算了一下,符合比例的范围啊。
2、不是不长菌落,能区分蓝白斑,只是时间久点,感觉长的还不错。
3、菌液PCR做了梯度,还做了对照,酶等试剂没有问题。

可是还找不到原因原因到底在哪啊。。。。老板不管你中间费了多少劲,没有结果可不行啊。。。求小伙伴儿分析原因,相助
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zhaijc@foxmail.com
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小冀-

版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖


xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-10-14 09:43:01
xn8008: 应助指数+1 2016-10-14 09:43:15
菌长出来了,应该不是转化的问题,考虑是不是载体问题,会不会自连了,我们用19t,有时候假阳性特别多,p不出来,后来酶切发现全都自连的,后来换个批次就好了

发自小木虫Android客户端
···
7楼2016-09-28 23:54:20
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查看全部 41 个回答

781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-09-19 21:28:30
xn8008: 应助指数+1 2016-10-14 09:42:15
(16℃连接3h,使用的是PCR仪器。)我一直都是放保温杯里,16℃过夜的,十次有8.9次成功。
别用蓝白板筛选,别加IPTG,直接加AMP筛选。选他8个,8个没有就不用在筛了。
最主要的还是pMD 18-T ,国产的往往今天能连上,一个星期后就连不上了,这个我还是用TAKARA的,小日本试剂的稳定性还是可以的。
PCR时不要用高保真酶。
采菊东篱下,悠然见南山。
2楼2016-09-19 15:28:09
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lyzjc

银虫 (小有名气)


xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-10-14 09:42:10
引用回帖:
2楼: Originally posted by 781055707 at 2016-09-19 15:28:09
(16℃连接3h,使用的是PCR仪器。)我一直都是放保温杯里,16℃过夜的,十次有8.9次成功。
别用蓝白板筛选,别加IPTG,直接加AMP筛选。选他8个,8个没有就不用在筛了。
最主要的还是pMD 18-T ,国产的往往今天能连上 ...

谢谢回复。

保温杯?。 成功率挺高的啊,我一直用PCR仪器,也用过恒温水浴锅,都是16℃连接3h。以前这么做出过,不知道是不是这方面的原因

跟是否用蓝白斑筛选也不知道有没有什么关系。。pMD 18 T vector我用的也是takara的

PCR使用的酶是普通的Taq酶,也是小日本的
zhaijc@foxmail.com
3楼2016-09-19 17:46:48
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lyzjc

银虫 (小有名气)


xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-10-14 09:42:33
自己顶一下吧

又做了一次,加了对照组,对照组菌落铺满了平板,而实验组零星的菌落,摇菌中,祝我成功。
zhaijc@foxmail.com
4楼2016-09-21 15:44:27
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