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fishome

新虫 (初入文坛)

[求助] Vasp中出了点问题:INCAR参数设置以后运行不了 已有2人参与

其中INCAR各参数如下

NWRITE = 2                                                         
GGA = PE                                                           
IBRION = 1                                                         
POTIM  = 0.5                                                      
NSW    = 300                                                      
EDIFFG = -5E-02                                                   
ISIF = 2                                                           
ISPIN  = 1                                                         
NELM   = 100                                                      
EDIFF  = 1E-4                                                      
ENCUT  = 415.00 eV        # energy cut-off for the calculation     
LREAL  = Auto         # real space projection                  
ISMEAR = 1                # set partial occ. for each orbital      
LWAVE  = F !   write WAVECAR                                       
LCHARG = F !   write CHGCAR                                       
SYMPREC = 0.001                  


体系是个Pt大簇,共459个原子,给出POSCAR标题如下

CIF file                                                                     
1.0                                                                          
30.0000000000         0.0000000000         0.0000000000                     
0.0000000000        30.0000000000         0.0000000000                       
0.0000000000         0.0000000000        30.0000000000                       
459                                                                          
selective  dynamics                                                         
Direct                                                                       

运行以后检查cat *out就出现如下问题

demo@i4p0:~/rpren/zls/pt/pt> cat pt.out
running on   12 nodes
distr:  one band on    1 nodes,   12 groups
vasp.4.6.28 25Jul05 complex
POSCAR found :  1 types and  459 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: wrap around errors must be expected
2 total processes killed (some possibly by mpiexec during cleanup)

然后按照网上的参数设置了一下还是不行,想请教各位是不是INCAR里头的参数设置出问题了?如果有问题怎么改正?谢谢!!
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朱全喜

新虫 (小有名气)

你的一个结点(node)有多少个核,很有可能是原子数目太多算不动

发自小木虫Android客户端
2楼2016-07-20 21:28:21
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朱全喜

新虫 (小有名气)

现在来看INCAR设置好像没什么问题了,建议你做如下测试:团簇形状不变,原子数目逐渐增加到459个。这样优良个好处,其一是能够测试出是否由MPI并行运算等计算环境导致的问题报错;其二还能给出计算结果随团簇尺寸大小的变化关系,这一部分也能放在论文结果讨论中充实数据结果的可靠性。

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10楼2016-07-23 23:41:04
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普通回帖

xmzhang86

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
ENCUT  = 415
LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.
原子数很大,楼上说的非常可能
3楼2016-07-21 08:02:56
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fishome

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 朱全喜 at 2016-07-20 21:28:21
你的一个结点(node)有多少个核,很有可能是原子数目太多算不动

谢谢回复。先开始是连用两台8核的,然后在一台24核上试了一下,接着cat *out得到如下结果:
running on   24 nodes
distr:  one band on    1 nodes,   24 groups
vasp.4.6.28 25Jul05 complex
POSCAR found :  1 types and  459 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: wrap around errors must be expected
FFT: planning ...           8
reading WAVECAR
WARNING: random wavefunctions but no delay for mixing, default for NELMDL
6 total processes killed (some possibly by mpiexec during cleanup)

还是运行不了,所以可能是INCAR里头参数设置出问题了,但是就找不到,还有什么方法没有
4楼2016-07-21 15:50:23
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fishome

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by xmzhang86 at 2016-07-21 08:02:56
ENCUT  = 415
LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.
原子数很大,楼上说的非常可能

试了一下在24核上的,还是运行不了出错
5楼2016-07-21 15:52:12
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朱全喜

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fishome at 2016-07-21 15:50:23
谢谢回复。先开始是连用两台8核的,然后在一台24核上试了一下,接着cat *out得到如下结果:
running on   24 nodes
distr:  one band on    1 nodes,   24 groups
vasp.4.6.28 25Jul05 complex
POSCAR fou ...

按道理你这么大的团簇VASP第一原理计算已无力了,除非有成百上千个核可能还将就点儿。如果你的超算资源有限(核数无法再增加),那么你可以试着调一下电子迭代步的参数。因为从结果文件来看第一个离子步的loop都跑不起来,那肯定不应该是离子步的相关参数引起的。我仔细琢磨了一下,可能有效的参数也就剩ALGO或IALGO以及ENCUT。建议ENCUT=300即可,参考Pt的赝势文件ENMAX=230,以减少平面波展开数;其二是IALGO=48,增加迭代收敛的可靠性。当然以上仅是尝试,主要问题还是在你计算资源和计算任务的不匹配上,只能祝福以上建议能够对你有用了。

发自小木虫Android客户端
6楼2016-07-21 16:31:20
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fishome

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 朱全喜 at 2016-07-21 16:31:20
按道理你这么大的团簇VASP第一原理计算已无力了,除非有成百上千个核可能还将就点儿。如果你的超算资源有限(核数无法再增加),那么你可以试着调一下电子迭代步的参数。因为从结果文件来看第一个离子步的loop都跑 ...

感谢大神回复。我按你的参数重新设置了一下INCAR,如下
NWRITE = 2                                                         
GGA = PE                                                           
IBRION = 1                                                         
POTIM = 0.5                                                      
NSW = 300                                                      
EDIFFG = -5E-02                                                   
ISIF = 2                                                           
ISPIN = 1                                                         
NELM = 100                                                      
EDIFF = 1E-4                                                      
ENCUT = 300 eV        # energy cut-off for the calculation     
LREAL = Auto         # real space projection                  
ISMEAR = 1                # set partial occ. for each orbital                    
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
ENMAX = 230
IALGO = 48
SYMPREC = 0.001

然后连用两台24核的,接着cat *out显示如下
running on   48 nodes
distr:  one band on    1 nodes,   48 groups
vasp.4.6.28 25Jul05 complex
POSCAR found :  1 types and  459 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: wrap around errors must be expected
FFT: planning ...           4
reading WAVECAR
WARNING: random wavefunctions but no delay for mixing, default for NELMDL
3 total processes killed (some possibly by mpiexec during cleanup)

还是运行不了,真不知道什么原因,求大神指导!
7楼2016-07-22 09:46:42
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朱全喜

新虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by fishome at 2016-07-22 09:46:42
感谢大神回复。我按你的参数重新设置了一下INCAR,如下
NWRITE = 2                                                         
GGA = PE                                                           
IBRION  ...

那再加个参数NELMDL=-5,试试看吧!按报错提示你这个版本的VASP应该默认的这个参数是0,也就是直接进行自洽迭代计算。而对于团簇计算,由于自洽迭代收敛有时非常糟糕,所以最好是先delay(延迟)几步,即先进行几步非自洽计算得到波函数和电子密度,然后以此为初猜进行后面的自洽迭代计算。设置NELMDL=-5,就是延迟3步

发自小木虫Android客户端
8楼2016-07-22 10:53:28
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fishome

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 朱全喜 at 2016-07-22 10:53:28
那再加个参数NELMDL=-5,试试看吧!按报错提示你这个版本的VASP应该默认的这个参数是0,也就是直接进行自洽迭代计算。而对于团簇计算,由于自洽迭代收敛有时非常糟糕,所以最好是先delay(延迟)几步,即先进行几步 ...

大神你好!我的作业运行还是出了问题。这次是连用两台24核算的
INCAR如下:
NWRITE = 2                                                      
GGA = PE                                                         
IBRION = 1                                                      
POTIM = 0.5                                                      
NSW = 300                                                        
EDIFFG = -5E-02                                                  
ISIF = 2                                                         
ISPIN = 1                                                        
NELM = 100                                                      
EDIFF = 1E-4                                                     
ENCUT = 300 eV        # energy cut-off for the calculation      
LREAL = Auto         # real space projection                     
ISMEAR = 1                # set partial occ. for each orbital   
LWAVE = .FALSE.                                                  
LCHARG = .FALSE.                                                
ENMAX = 230                                                      
IALGO = 48                                                      
SYMPREC = 0.001                                                  
NELMDL=-5                           

然后cat *out如下:
running on   48 nodes
distr:  one band on    1 nodes,   48 groups
vasp.4.6.28 25Jul05 complex
POSCAR found :  1 types and  459 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: wrap around errors must be expected
FFT: planning ...           4
reading WAVECAR
2 total processes killed (some possibly by mpiexec during cleanup)

这次又是什么问题呢?期待回复
9楼2016-07-23 19:54:22
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