应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 求教，关于使用MS建石墨烯超胞模型，然后导入vasp中运算
51/1返回列表
查看: 1958  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

前田庆次

木虫 (著名写手)

[求助] 求教，关于使用MS建石墨烯超胞模型，然后导入vasp中运算

建立石墨烯超4X4胞模型后，点击castep的计算，然后save，找到cell文件，cell文件为何出现了96组坐标，应该是32个才对啊？是建模出现问题了吗？

建模步骤如下：
基本是按照这个帖子：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3191417&page=1来的：
1、打开material studio，新建一个工程，导入石墨graphite.msi
2、build->make p1
3、删除一层原子
4、将所有的原子移到z坐标为0处
5、构建supercell（4X4）
6、cleave surface：build->surface->cleave surface,(h,k,l)改为（0,0，-1）
7、添加15埃真空层
求教

cell文件内容如下：
%BLOCK LATTICE_CART
       2.130422493309718      -1.230000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       2.459999999999999       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      15.000000000000000
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
  C  -0.3333333333333333   0.3333333333333333   0.0000000000000000
  C   0.3333333333333333  -0.3333333333333333   0.0000000000000000
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC

%BLOCK KPOINTS_LIST
  -0.5000000000000000  -0.5000000000000000   0.2500000000000000       0.020833333333333
  -0.5000000000000000   0.4166666666666667   0.2500000000000000       0.083333333333333
  -0.5000000000000000   0.3333333333333333   0.2500000000000000       0.083333333333333
  -0.5000000000000000   0.2499999999999999   0.2500000000000000       0.041666666666667
   0.4166666666666667   0.4166666666666667   0.2500000000000000       0.041666666666667
   0.4166666666666667   0.3333333333333333   0.2500000000000000       0.083333333333333
   0.4166666666666667   0.0000000000000000   0.2500000000000000       0.041666666666667
   0.4166666666666667  -0.0833333333333334   0.2500000000000000       0.083333333333333
   0.4166666666666667  -0.1666666666666667   0.2500000000000000       0.083333333333333
   0.3333333333333333   0.3333333333333333   0.2500000000000000       0.013888888888889
   0.3333333333333333   0.0000000000000000   0.2500000000000000       0.041666666666667
   0.3333333333333333  -0.0833333333333334   0.2500000000000000       0.083333333333333
   0.3333333333333333  -0.1666666666666667   0.2500000000000000       0.041666666666667
   0.2499999999999999   0.0000000000000000   0.2500000000000000       0.041666666666667
   0.2499999999999999  -0.0833333333333334   0.2500000000000000       0.083333333333333
   0.1666666666666667   0.0000000000000000   0.2500000000000000       0.041666666666667
   0.1666666666666667  -0.0833333333333334   0.2500000000000000       0.041666666666667
   0.0833333333333333   0.0000000000000000   0.2500000000000000       0.041666666666667
   0.0000000000000000   0.0000000000000000   0.2500000000000000       0.006944444444444
%ENDBLOCK KPOINTS_LIST

%BLOCK SYMMETRY_OPS
       1.000000000000000      -0.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       1.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -0.500000000000000       0.866025403784439       0.000000000000000
      -0.866025403784438      -0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -0.500000000000000      -0.866025403784439       0.000000000000000
       0.866025403784439      -0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -1.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -0.000000000000000      -1.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.500000000000000      -0.866025403784439       0.000000000000000
       0.866025403784438       0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.500000000000000       0.866025403784439       0.000000000000000
      -0.866025403784439       0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.500000000000000       0.866025403784439       0.000000000000000
       0.866025403784438      -0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      -1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.500000000000000      -0.866025403784439       0.000000000000000
      -0.866025403784439      -0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      -1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -1.000000000000000       0.000000000000001       0.000000000000000
       0.000000000000000       1.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      -1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -0.500000000000000      -0.866025403784439       0.000000000000000
      -0.866025403784438       0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      -1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -0.500000000000000       0.866025403784439       0.000000000000000
       0.866025403784439       0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      -1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       1.000000000000000      -0.000000000000001       0.000000000000000
      -0.000000000000000      -1.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      -1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -1.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -0.000000000000000      -1.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      -1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.500000000000000      -0.866025403784439       0.000000000000000
       0.866025403784438       0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      -1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.500000000000000       0.866025403784439       0.000000000000000
      -0.866025403784439       0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      -1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       1.000000000000000      -0.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       1.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      -1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -0.500000000000000       0.866025403784439       0.000000000000000
      -0.866025403784438      -0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      -1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -0.500000000000000      -0.866025403784439       0.000000000000000
       0.866025403784439      -0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      -1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -0.500000000000000      -0.866025403784439       0.000000000000000
      -0.866025403784438       0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -0.500000000000000       0.866025403784439       0.000000000000000
       0.866025403784439       0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       1.000000000000000      -0.000000000000001       0.000000000000000
      -0.000000000000000      -1.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.500000000000000       0.866025403784439       0.000000000000000
       0.866025403784438      -0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.500000000000000      -0.866025403784439       0.000000000000000
      -0.866025403784439      -0.500000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
      -1.000000000000000       0.000000000000001       0.000000000000000
       0.000000000000000       1.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       1.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000       0.000000000000000
%ENDBLOCK SYMMETRY_OPS

FIX_COM : false
%BLOCK IONIC_CONSTRAINTS
%ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS

%BLOCK SPECIES_MASS
       C     12.0109996796
%ENDBLOCK SPECIES_MASS

%BLOCK SPECIES_POT
       C  C_00PBE.usp
%ENDBLOCK SPECIES_POT

%BLOCK SPECIES_LCAO_STATES
       C         2
%ENDBLOCK SPECIES_LCAO_STATES
求教，关于使用MS建石墨烯超胞模型，然后导入vasp中运算
QQ图片20130927115259.jpg


求教，关于使用MS建石墨烯超胞模型，然后导入vasp中运算-1
QQ图片20130927115406.jpg

问题貌似解决了，在save files的时候，会出现图3所示的那个对话框，选择No，则可以显示出32个C原子坐标，下面贴出cell:

%BLOCK LATTICE_CART
       8.521689973238873       4.920000000000002       0.000000000000000
      -0.000000000000001       9.839999999999993       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      15.000000000000000
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
  C   0.0000000000000002  -0.0000000000000000   0.0000000000000000
  C   0.9166667031738910   0.1666665936522201   0.0000000000000000
  C   0.7500000000000000   0.2500000000000001   0.0000000000000000
  C   0.6666667031738911   0.4166665936522200   0.0000000000000000
  C   0.5000000000000001   0.5000000000000000   0.0000000000000000
  C   0.4166667031738910   0.6666665936522200   0.0000000000000000
  C   0.2500000000000000   0.7500000000000002   0.0000000000000000
  C   0.1666667031738910   0.9166665936522190   0.0000000000000000
  C   0.2500000000000000  -0.0000000000000000   0.0000000000000000
  C   0.1666667031738910   0.1666665936522200   0.0000000000000000
  C   0.0000000000000002   0.2500000000000000   0.0000000000000000
  C   0.9166667031738910   0.4166665936522200   0.0000000000000000
  C   0.7500000000000000   0.5000000000000001   0.0000000000000000
  C   0.6666667031738910   0.6666665936522201   0.0000000000000000
  C   0.5000000000000000   0.7500000000000002   0.0000000000000000
  C   0.4166667031738910   0.9166665936522191   0.0000000000000000
  C   0.5000000000000000   0.0000000000000000   0.0000000000000000
  C   0.4166667031738910   0.1666665936522201   0.0000000000000000
  C   0.2500000000000001   0.2500000000000000   0.0000000000000000
  C   0.1666667031738910   0.4166665936522200   0.0000000000000000
  C   0.0000000000000002   0.5000000000000000   0.0000000000000000
  C   0.9166667031738910   0.6666665936522200   0.0000000000000000
  C   0.7500000000000000   0.7500000000000002   0.0000000000000000
  C   0.6666667031738910   0.9166665936522191   0.0000000000000000
  C   0.7500000000000001   0.0000000000000000   0.0000000000000000
  C   0.6666667031738910   0.1666665936522200   0.0000000000000000
  C   0.5000000000000000   0.2500000000000001   0.0000000000000000
  C   0.4166667031738910   0.4166665936522200   0.0000000000000000
  C   0.2500000000000000   0.5000000000000001   0.0000000000000000
  C   0.1666667031738910   0.6666665936522201   0.0000000000000000
  C   0.0000000000000003   0.7500000000000001   0.0000000000000000
  C   0.9166667031738911   0.9166665936522191   0.0000000000000000
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC

%BLOCK KPOINTS_LIST
   0.3333333333333333   0.3333333333333333   0.2500000000000000       0.111111111111111
   0.3333333333333333   0.3333333333333333  -0.2500000000000000       0.111111111111111
   0.3333333333333333   0.0000000000000000   0.2500000000000000       0.111111111111111
   0.3333333333333333   0.0000000000000000  -0.2500000000000000       0.111111111111111
   0.3333333333333333  -0.3333333333333333   0.2500000000000000       0.111111111111111
   0.3333333333333333  -0.3333333333333333  -0.2500000000000000       0.111111111111111
   0.0000000000000000   0.3333333333333333   0.2500000000000000       0.111111111111111
   0.0000000000000000   0.3333333333333333  -0.2500000000000000       0.111111111111111
   0.0000000000000000   0.0000000000000000   0.2500000000000000       0.111111111111111
%ENDBLOCK KPOINTS_LIST

%BLOCK CELL_CONSTRAINTS
       1       2       3
       4       5       6
%ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS

FIX_COM : false
%BLOCK IONIC_CONSTRAINTS
%ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS

%BLOCK SPECIES_MASS
       C     12.0109996796
%ENDBLOCK SPECIES_MASS

%BLOCK SPECIES_POT
       C  C_00PBE.usp
求教，关于使用MS建石墨烯超胞模型，然后导入vasp中运算-2
图3



[ Last edited by 前田庆次 on 2013-9-27 at 16:15 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
1楼 2013-09-27 12:00:33
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liancsh

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-09-29 14:01:15
前田庆次: 金币+5, ★有帮助 2013-10-03 16:00:04
建议你将C原子层放在z方向分坐标为0.5处，然后再建超胞。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2013-09-27 19:15:03
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

前田庆次

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liancsh at 2013-09-27 19:15:03
建议你将C原子层放在z方向分坐标为0.5处，然后再建超胞。

您的意思是将原子移动到中间是吗？我看到很多教程中也这么说，但是如果移动到中间，好像到时候坐标就不是从0开始了，所以这里比较纠结，您能明白我的意思吗？
赞一下 回复此楼
长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
3楼2013-09-27 19:21:52
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

song8235269

新虫 (初入文坛)
请问为什么cleave surface呢？这个步骤的作用是什么
赞一下 回复此楼
4楼2013-09-28 12:13:21
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

前田庆次

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by song8235269 at 2013-09-28 12:13:21
请问为什么cleave surface呢？这个步骤的作用是什么

据我所知，这个步骤是为了加真空层，我是菜鸟，可能不一定准确
赞一下 回复此楼
长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
5楼2013-09-28 15:57:07
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 前田庆次 的主题更新
51/1返回列表
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭