版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (3928)
>硕博家园 (672)
>导师招生 (325)
>文献求助 (196)
>虫友互识 (147)
>公派出国 (100)
>休闲灌水 (100)
>论文投稿 (86)
>考博 (52)
>招聘信息布告栏 (50)
>学术会议 (34)
>博后之家 (23)
>基金申请 (16)
>考研 (15)
>教师之家 (14)
>SciFinder/Reaxys (10)

返回列表

前田庆次

木虫 (著名写手)

应助: 202 (大学生)
金币: 395.2
散金: 1140
红花: 88
帖子: 1344
在线: 455.2小时
虫号: 1985685
注册: 2012-09-08
性别: GG
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

[求助] 求教，关于使用MS建石墨烯超胞模型，然后导入vasp中运算

建立石墨烯超4X4胞模型后，点击castep的计算，然后save，找到cell文件，cell文件为何出现了96组坐标，应该是32个才对啊？是建模出现问题了吗？

建模步骤如下：
基本是按照这个帖子：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3191417&page=1来的：
1、打开material studio，新建一个工程，导入石墨graphite.msi
2、build->make p1
3、删除一层原子
4、将所有的原子移到z坐标为0处
5、构建supercell（4X4）
6、cleave surface：build->surface->cleave surface,(h,k,l)改为（0,0，-1）
7、添加15埃真空层
求教

cell文件内容如下：
%BLOCK LATTICE_CART
   2.130422493309718    -1.230000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    2.459999999999999    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    15.000000000000000
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
  C  -0.3333333333333333 0.3333333333333333 0.0000000000000000
  C 0.3333333333333333  -0.3333333333333333 0.0000000000000000
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC

%BLOCK KPOINTS_LIST
  -0.5000000000000000  -0.5000000000000000 0.2500000000000000    0.020833333333333
  -0.5000000000000000 0.4166666666666667 0.2500000000000000    0.083333333333333
  -0.5000000000000000 0.3333333333333333 0.2500000000000000    0.083333333333333
  -0.5000000000000000 0.2499999999999999 0.2500000000000000    0.041666666666667
0.4166666666666667 0.4166666666666667 0.2500000000000000    0.041666666666667
0.4166666666666667 0.3333333333333333 0.2500000000000000    0.083333333333333
0.4166666666666667 0.0000000000000000 0.2500000000000000    0.041666666666667
0.4166666666666667  -0.0833333333333334 0.2500000000000000    0.083333333333333
0.4166666666666667  -0.1666666666666667 0.2500000000000000    0.083333333333333
0.3333333333333333 0.3333333333333333 0.2500000000000000    0.013888888888889
0.3333333333333333 0.0000000000000000 0.2500000000000000    0.041666666666667
0.3333333333333333  -0.0833333333333334 0.2500000000000000    0.083333333333333
0.3333333333333333  -0.1666666666666667 0.2500000000000000    0.041666666666667
0.2499999999999999 0.0000000000000000 0.2500000000000000    0.041666666666667
0.2499999999999999  -0.0833333333333334 0.2500000000000000    0.083333333333333
0.1666666666666667 0.0000000000000000 0.2500000000000000    0.041666666666667
0.1666666666666667  -0.0833333333333334 0.2500000000000000    0.041666666666667
0.0833333333333333 0.0000000000000000 0.2500000000000000    0.041666666666667
0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.2500000000000000    0.006944444444444
%ENDBLOCK KPOINTS_LIST

%BLOCK SYMMETRY_OPS
   1.000000000000000    -0.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    1.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -0.500000000000000    0.866025403784439    0.000000000000000
   -0.866025403784438    -0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -0.500000000000000    -0.866025403784439    0.000000000000000
   0.866025403784439    -0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -1.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -0.000000000000000    -1.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   0.500000000000000    -0.866025403784439    0.000000000000000
   0.866025403784438    0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   0.500000000000000    0.866025403784439    0.000000000000000
   -0.866025403784439    0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   0.500000000000000    0.866025403784439    0.000000000000000
   0.866025403784438    -0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    -1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   0.500000000000000    -0.866025403784439    0.000000000000000
   -0.866025403784439    -0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    -1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -1.000000000000000    0.000000000000001    0.000000000000000
   0.000000000000000    1.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    -1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -0.500000000000000    -0.866025403784439    0.000000000000000
   -0.866025403784438    0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    -1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -0.500000000000000    0.866025403784439    0.000000000000000
   0.866025403784439    0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    -1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   1.000000000000000    -0.000000000000001    0.000000000000000
   -0.000000000000000    -1.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    -1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -1.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -0.000000000000000    -1.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    -1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   0.500000000000000    -0.866025403784439    0.000000000000000
   0.866025403784438    0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    -1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   0.500000000000000    0.866025403784439    0.000000000000000
   -0.866025403784439    0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    -1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   1.000000000000000    -0.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    1.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    -1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -0.500000000000000    0.866025403784439    0.000000000000000
   -0.866025403784438    -0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    -1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -0.500000000000000    -0.866025403784439    0.000000000000000
   0.866025403784439    -0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    -1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -0.500000000000000    -0.866025403784439    0.000000000000000
   -0.866025403784438    0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -0.500000000000000    0.866025403784439    0.000000000000000
   0.866025403784439    0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   1.000000000000000    -0.000000000000001    0.000000000000000
   -0.000000000000000    -1.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   0.500000000000000    0.866025403784439    0.000000000000000
   0.866025403784438    -0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   0.500000000000000    -0.866025403784439    0.000000000000000
   -0.866025403784439    -0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -1.000000000000000    0.000000000000001    0.000000000000000
   0.000000000000000    1.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
%ENDBLOCK SYMMETRY_OPS

FIX_COM : false
%BLOCK IONIC_CONSTRAINTS
%ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS

%BLOCK SPECIES_MASS
   C    12.0109996796
%ENDBLOCK SPECIES_MASS

%BLOCK SPECIES_POT
   C  C_00PBE.usp
%ENDBLOCK SPECIES_POT

%BLOCK SPECIES_LCAO_STATES
   C       2
%ENDBLOCK SPECIES_LCAO_STATES

QQ图片20130927115259.jpg

QQ图片20130927115406.jpg

问题貌似解决了，在save files的时候，会出现图3所示的那个对话框，选择No，则可以显示出32个C原子坐标，下面贴出cell:

%BLOCK LATTICE_CART
   8.521689973238873    4.920000000000002    0.000000000000000
   -0.000000000000001    9.839999999999993    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    15.000000000000000
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
  C 0.0000000000000002  -0.0000000000000000 0.0000000000000000
  C 0.9166667031738910 0.1666665936522201 0.0000000000000000
  C 0.7500000000000000 0.2500000000000001 0.0000000000000000
  C 0.6666667031738911 0.4166665936522200 0.0000000000000000
  C 0.5000000000000001 0.5000000000000000 0.0000000000000000
  C 0.4166667031738910 0.6666665936522200 0.0000000000000000
  C 0.2500000000000000 0.7500000000000002 0.0000000000000000
  C 0.1666667031738910 0.9166665936522190 0.0000000000000000
  C 0.2500000000000000  -0.0000000000000000 0.0000000000000000
  C 0.1666667031738910 0.1666665936522200 0.0000000000000000
  C 0.0000000000000002 0.2500000000000000 0.0000000000000000
  C 0.9166667031738910 0.4166665936522200 0.0000000000000000
  C 0.7500000000000000 0.5000000000000001 0.0000000000000000
  C 0.6666667031738910 0.6666665936522201 0.0000000000000000
  C 0.5000000000000000 0.7500000000000002 0.0000000000000000
  C 0.4166667031738910 0.9166665936522191 0.0000000000000000
  C 0.5000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000
  C 0.4166667031738910 0.1666665936522201 0.0000000000000000
  C 0.2500000000000001 0.2500000000000000 0.0000000000000000
  C 0.1666667031738910 0.4166665936522200 0.0000000000000000
  C 0.0000000000000002 0.5000000000000000 0.0000000000000000
  C 0.9166667031738910 0.6666665936522200 0.0000000000000000
  C 0.7500000000000000 0.7500000000000002 0.0000000000000000
  C 0.6666667031738910 0.9166665936522191 0.0000000000000000
  C 0.7500000000000001 0.0000000000000000 0.0000000000000000
  C 0.6666667031738910 0.1666665936522200 0.0000000000000000
  C 0.5000000000000000 0.2500000000000001 0.0000000000000000
  C 0.4166667031738910 0.4166665936522200 0.0000000000000000
  C 0.2500000000000000 0.5000000000000001 0.0000000000000000
  C 0.1666667031738910 0.6666665936522201 0.0000000000000000
  C 0.0000000000000003 0.7500000000000001 0.0000000000000000
  C 0.9166667031738911 0.9166665936522191 0.0000000000000000
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC

%BLOCK KPOINTS_LIST
0.3333333333333333 0.3333333333333333 0.2500000000000000    0.111111111111111
0.3333333333333333 0.3333333333333333  -0.2500000000000000    0.111111111111111
0.3333333333333333 0.0000000000000000 0.2500000000000000    0.111111111111111
0.3333333333333333 0.0000000000000000  -0.2500000000000000    0.111111111111111
0.3333333333333333  -0.3333333333333333 0.2500000000000000    0.111111111111111
0.3333333333333333  -0.3333333333333333  -0.2500000000000000    0.111111111111111
0.0000000000000000 0.3333333333333333 0.2500000000000000    0.111111111111111
0.0000000000000000 0.3333333333333333  -0.2500000000000000    0.111111111111111
0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.2500000000000000    0.111111111111111
%ENDBLOCK KPOINTS_LIST

%BLOCK CELL_CONSTRAINTS
   1    2    3
   4    5    6
%ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS

FIX_COM : false
%BLOCK IONIC_CONSTRAINTS
%ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS

%BLOCK SPECIES_MASS
   C    12.0109996796
%ENDBLOCK SPECIES_MASS

%BLOCK SPECIES_POT
   C  C_00PBE.usp

图3

[ Last edited by 前田庆次 on 2013-9-27 at 16:15 ]

回复此楼

» 猜你喜欢

售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急已经有3人回复
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急已经有3人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急已经有5人回复
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急已经有4人回复
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急已经有5人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急已经有6人回复
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急已经有3人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急已经有3人回复
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急已经有3人回复
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急已经有3人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

吸附计算可否人为添加化学键？已经有10人回复
MS中建立石墨烯模型导入VASP中计算已经有10人回复
【求助】vasp中计算石墨烯能带结构K点路径该如何取已经有11人回复
提交VASP任务，总是排队，不让计算！！已经有30人回复
MS构建表面模型已经有24人回复
MS建设石墨烯纳米带为什么周期性没有了？已经有9人回复
MS建立如图所示的模型已经有6人回复
求助关于用vasp计算二维石墨烯纳米带所得到的能带结果与报道对不上已经有7人回复
石墨烯纳米带 vasp建模边缘如何加氢已经有28人回复
建立石墨烯（Graphene）的模型已经有26人回复
双层石墨烯的能带、pdos、以及差分电荷密度已经有5人回复
为何用晶格常数的实验值计算声子？已经有18人回复
ms中吸附能的计算已经有40人回复
计算超胞和单胞的能带不一样，不知道是什么原因？已经有16人回复
【求助】在用MS搭建表面模型时，怎么看出来撘了几层模型呢？？已经有15人回复
【分享】MS晶体建模基本方法（团簇模型）已经有36人回复
【求助】用MS中的castep模块计算晶体已经有12人回复
【求助】收敛性测试的问题已经有40人回复

长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。

1楼 2013-09-27 12:00:33

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

liancsh

铜虫 (小有名气)

应助: 3 (幼儿园)
金币: 124.6
散金: 12
红花: 4
帖子: 101
在线: 98.9小时
虫号: 927362
注册: 2009-12-14
性别: GG
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2013-09-29 14:01:15
前田庆次: 金币+5, ★有帮助 2013-10-03 16:00:04

建议你将C原子层放在z方向分坐标为0.5处，然后再建超胞。

赞一下(1人)

回复此楼

2楼2013-09-27 19:15:03

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

前田庆次

木虫 (著名写手)

应助: 202 (大学生)
金币: 395.2
散金: 1140
红花: 88
帖子: 1344
在线: 455.2小时
虫号: 1985685
注册: 2012-09-08
性别: GG
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

引用回帖:

2楼: Originally posted by liancsh at 2013-09-27 19:15:03
建议你将C原子层放在z方向分坐标为0.5处，然后再建超胞。

您的意思是将原子移动到中间是吗？我看到很多教程中也这么说，但是如果移动到中间，好像到时候坐标就不是从0开始了，所以这里比较纠结，您能明白我的意思吗？

赞一下

回复此楼

长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。

3楼2013-09-27 19:21:52

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

song8235269

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1997.5
帖子: 15
在线: 53.7小时
虫号: 2510340
注册: 2013-06-16
专业: 碳素材料与超硬材料

请问为什么cleave surface呢？这个步骤的作用是什么

赞一下

回复此楼

4楼2013-09-28 12:13:21

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

前田庆次

木虫 (著名写手)

应助: 202 (大学生)
金币: 395.2
散金: 1140
红花: 88
帖子: 1344
在线: 455.2小时
虫号: 1985685
注册: 2012-09-08
性别: GG
专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

引用回帖:

4楼: Originally posted by song8235269 at 2013-09-28 12:13:21
请问为什么cleave surface呢？这个步骤的作用是什么

据我所知，这个步骤是为了加真空层，我是菜鸟，可能不一定准确

赞一下

回复此楼

长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。

5楼2013-09-28 15:57:07

已阅关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主前田庆次的主题更新

返回列表

最具人气热帖推荐 [查看全部]		作者	回/看	最后发表

[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3	tqUTOxClQUMF 2026-09-28	3/150	2026-09-29 10:26 by JzYBbHIXWSrW
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3	tqUTOxClQUMF 2026-09-28	3/150	2026-09-29 09:59 by JzYBbHIXWSrW
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5	GDBe8tDZqE8z 2026-09-28	5/250	2026-09-29 09:52 by JzYBbHIXWSrW
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4	GDBe8tDZqE8z 2026-09-28	4/200	2026-09-29 09:49 by JzYBbHIXWSrW
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5	IDs3scOF0tjC 2026-09-28	5/250	2026-09-29 09:24 by JzYBbHIXWSrW
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5	IDs3scOF0tjC 2026-09-28	6/300	2026-09-29 09:18 by JzYBbHIXWSrW
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3	ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28	3/150	2026-09-29 06:34 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3	ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28	3/150	2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3	ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28	3/150	2026-09-29 06:18 by ZvyPK8n6Nfki
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3	tqUTOxClQUMF 2026-09-28	3/150	2026-09-28 23:46 by b8fCuTHqckEt
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3	GDBe8tDZqE8z 2026-09-28	3/150	2026-09-28 23:12 by b8fCuTHqckEt
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3	CfXuS1rDhLYN 2026-09-28	4/200	2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4	IDs3scOF0tjC 2026-09-28	4/200	2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[有机交流] 同一个分子，一条来自文献，一条来自AI——不告诉你答案，你会选哪条？ +3	tianxiaoxian 2026-09-28	6/300	2026-09-28 22:44 by tianxiaoxian
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3	IDs3scOF0tjC 2026-09-28	5/250	2026-09-28 22:32 by ez6fGg9abYaj
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3	IDs3scOF0tjC 2026-09-28	4/200	2026-09-28 22:28 by ez6fGg9abYaj
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3	IDs3scOF0tjC 2026-09-28	6/300	2026-09-28 22:15 by ez6fGg9abYaj
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3	CfXuS1rDhLYN 2026-09-28	3/150	2026-09-28 19:08 by 9lS3ad5oOymn
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3	IDs3scOF0tjC 2026-09-28	4/200	2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意！ +7	zju2000 2026-09-26	8/400	2026-09-28 16:42 by beefly