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前田庆次

木虫 (著名写手)

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[求助] 求教，关于使用MS建石墨烯超胞模型，然后导入vasp中运算

建立石墨烯超4X4胞模型后，点击castep的计算，然后save，找到cell文件，cell文件为何出现了96组坐标，应该是32个才对啊？是建模出现问题了吗？

建模步骤如下：
基本是按照这个帖子：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3191417&page=1来的：
1、打开material studio，新建一个工程，导入石墨graphite.msi
2、build->make p1
3、删除一层原子
4、将所有的原子移到z坐标为0处
5、构建supercell（4X4）
6、cleave surface：build->surface->cleave surface,(h,k,l)改为（0,0，-1）
7、添加15埃真空层
求教

cell文件内容如下：
%BLOCK LATTICE_CART
   2.130422493309718    -1.230000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    2.459999999999999    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    15.000000000000000
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
  C  -0.3333333333333333 0.3333333333333333 0.0000000000000000
  C 0.3333333333333333  -0.3333333333333333 0.0000000000000000
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC

%BLOCK KPOINTS_LIST
  -0.5000000000000000  -0.5000000000000000 0.2500000000000000    0.020833333333333
  -0.5000000000000000 0.4166666666666667 0.2500000000000000    0.083333333333333
  -0.5000000000000000 0.3333333333333333 0.2500000000000000    0.083333333333333
  -0.5000000000000000 0.2499999999999999 0.2500000000000000    0.041666666666667
0.4166666666666667 0.4166666666666667 0.2500000000000000    0.041666666666667
0.4166666666666667 0.3333333333333333 0.2500000000000000    0.083333333333333
0.4166666666666667 0.0000000000000000 0.2500000000000000    0.041666666666667
0.4166666666666667  -0.0833333333333334 0.2500000000000000    0.083333333333333
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0.3333333333333333 0.0000000000000000 0.2500000000000000    0.041666666666667
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%ENDBLOCK KPOINTS_LIST

%BLOCK SYMMETRY_OPS
   1.000000000000000    -0.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    1.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
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   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
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   -0.500000000000000    -0.866025403784439    0.000000000000000
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   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
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   -1.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -0.000000000000000    -1.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
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   0.000000000000000    0.000000000000000    -1.000000000000000
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   -1.000000000000000    0.000000000000001    0.000000000000000
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   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   0.500000000000000    -0.866025403784439    0.000000000000000
   -0.866025403784439    -0.500000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
   -1.000000000000000    0.000000000000001    0.000000000000000
   0.000000000000000    1.000000000000000    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    1.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000
%ENDBLOCK SYMMETRY_OPS

FIX_COM : false
%BLOCK IONIC_CONSTRAINTS
%ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS

%BLOCK SPECIES_MASS
   C    12.0109996796
%ENDBLOCK SPECIES_MASS

%BLOCK SPECIES_POT
   C  C_00PBE.usp
%ENDBLOCK SPECIES_POT

%BLOCK SPECIES_LCAO_STATES
   C       2
%ENDBLOCK SPECIES_LCAO_STATES

QQ图片20130927115259.jpg

QQ图片20130927115406.jpg

问题貌似解决了，在save files的时候，会出现图3所示的那个对话框，选择No，则可以显示出32个C原子坐标，下面贴出cell:

%BLOCK LATTICE_CART
   8.521689973238873    4.920000000000002    0.000000000000000
   -0.000000000000001    9.839999999999993    0.000000000000000
   0.000000000000000    0.000000000000000    15.000000000000000
%ENDBLOCK LATTICE_CART

%BLOCK POSITIONS_FRAC
  C 0.0000000000000002  -0.0000000000000000 0.0000000000000000
  C 0.9166667031738910 0.1666665936522201 0.0000000000000000
  C 0.7500000000000000 0.2500000000000001 0.0000000000000000
  C 0.6666667031738911 0.4166665936522200 0.0000000000000000
  C 0.5000000000000001 0.5000000000000000 0.0000000000000000
  C 0.4166667031738910 0.6666665936522200 0.0000000000000000
  C 0.2500000000000000 0.7500000000000002 0.0000000000000000
  C 0.1666667031738910 0.9166665936522190 0.0000000000000000
  C 0.2500000000000000  -0.0000000000000000 0.0000000000000000
  C 0.1666667031738910 0.1666665936522200 0.0000000000000000
  C 0.0000000000000002 0.2500000000000000 0.0000000000000000
  C 0.9166667031738910 0.4166665936522200 0.0000000000000000
  C 0.7500000000000000 0.5000000000000001 0.0000000000000000
  C 0.6666667031738910 0.6666665936522201 0.0000000000000000
  C 0.5000000000000000 0.7500000000000002 0.0000000000000000
  C 0.4166667031738910 0.9166665936522191 0.0000000000000000
  C 0.5000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000
  C 0.4166667031738910 0.1666665936522201 0.0000000000000000
  C 0.2500000000000001 0.2500000000000000 0.0000000000000000
  C 0.1666667031738910 0.4166665936522200 0.0000000000000000
  C 0.0000000000000002 0.5000000000000000 0.0000000000000000
  C 0.9166667031738910 0.6666665936522200 0.0000000000000000
  C 0.7500000000000000 0.7500000000000002 0.0000000000000000
  C 0.6666667031738910 0.9166665936522191 0.0000000000000000
  C 0.7500000000000001 0.0000000000000000 0.0000000000000000
  C 0.6666667031738910 0.1666665936522200 0.0000000000000000
  C 0.5000000000000000 0.2500000000000001 0.0000000000000000
  C 0.4166667031738910 0.4166665936522200 0.0000000000000000
  C 0.2500000000000000 0.5000000000000001 0.0000000000000000
  C 0.1666667031738910 0.6666665936522201 0.0000000000000000
  C 0.0000000000000003 0.7500000000000001 0.0000000000000000
  C 0.9166667031738911 0.9166665936522191 0.0000000000000000
%ENDBLOCK POSITIONS_FRAC

%BLOCK KPOINTS_LIST
0.3333333333333333 0.3333333333333333 0.2500000000000000    0.111111111111111
0.3333333333333333 0.3333333333333333  -0.2500000000000000    0.111111111111111
0.3333333333333333 0.0000000000000000 0.2500000000000000    0.111111111111111
0.3333333333333333 0.0000000000000000  -0.2500000000000000    0.111111111111111
0.3333333333333333  -0.3333333333333333 0.2500000000000000    0.111111111111111
0.3333333333333333  -0.3333333333333333  -0.2500000000000000    0.111111111111111
0.0000000000000000 0.3333333333333333 0.2500000000000000    0.111111111111111
0.0000000000000000 0.3333333333333333  -0.2500000000000000    0.111111111111111
0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.2500000000000000    0.111111111111111
%ENDBLOCK KPOINTS_LIST

%BLOCK CELL_CONSTRAINTS
   1    2    3
   4    5    6
%ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS

FIX_COM : false
%BLOCK IONIC_CONSTRAINTS
%ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS

%BLOCK SPECIES_MASS
   C    12.0109996796
%ENDBLOCK SPECIES_MASS

%BLOCK SPECIES_POT
   C  C_00PBE.usp

图3

[ Last edited by 前田庆次 on 2013-9-27 at 16:15 ]

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1楼 2013-09-27 12:00:33

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建议你将C原子层放在z方向分坐标为0.5处，然后再建超胞。

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2楼2013-09-27 19:15:03

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前田庆次

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引用回帖:

2楼: Originally posted by liancsh at 2013-09-27 19:15:03
建议你将C原子层放在z方向分坐标为0.5处，然后再建超胞。

您的意思是将原子移动到中间是吗？我看到很多教程中也这么说，但是如果移动到中间，好像到时候坐标就不是从0开始了，所以这里比较纠结，您能明白我的意思吗？

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3楼2013-09-27 19:21:52

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song8235269

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请问为什么cleave surface呢？这个步骤的作用是什么

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4楼2013-09-28 12:13:21

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引用回帖:

4楼: Originally posted by song8235269 at 2013-09-28 12:13:21
请问为什么cleave surface呢？这个步骤的作用是什么

据我所知，这个步骤是为了加真空层，我是菜鸟，可能不一定准确

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5楼2013-09-28 15:57:07

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