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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 分子模拟轨迹是什么
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lily_fj

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子模拟轨迹是什么 已有2人参与

第一次接触谁能说明一下分子模拟轨迹到底是什么呀，老师直接给的轨迹文件里面全是数字不明白。

@smutao 发自小木虫IOS客户端
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1楼 2016-06-26 22:02:29
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lily_fj(abinitio代发): 金币+5, 感谢应助，正解 2016-06-29 15:22:24
每一帧的所有原子的三维坐标
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gromacs
2楼2016-06-27 10:43:22
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lily_fj

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2016-06-27 10:43:22
每一帧的所有原子的三维坐标

那请问这个轨迹又是什么呢

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3楼2016-06-27 20:58:53
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lily_fj at 2016-06-27 20:58:53
那请问这个轨迹又是什么呢
...

坐标啊，所有原子的坐标变化构成的运动轨迹
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gromacs
4楼2016-06-27 22:30:01
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MS_Z

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
就想连续的视频是由不同时刻的离散的图片组成的 轨迹文件里的数字就代表原子在不同时刻的位置

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5楼2016-06-28 18:56:08
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MS_Z

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lily_fj at 2016-06-27 20:58:53
那请问这个轨迹又是什么呢
...

这个轨迹代表的就是你模拟体系下的原子运动

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6楼2016-06-28 18:57:10
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lily_fj

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fangsteel at 2016-06-27 22:30:01
坐标啊，所有原子的坐标变化构成的运动轨迹...

请问对轨迹想要看看每一帧的变化情况该怎么处理呢？
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7楼2016-06-29 10:19:19
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