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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 扩散动力学模拟，total simulation time 等设置
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026li

金虫 (小有名气)

[交流] 扩散动力学模拟，total simulation time 等设置 已有3人参与

在做多孔材料吸附小分子扩散时遇到设置问题：
1.total simulation time：一般设置多少？文献里200ps，1ps time step；为什么在分析里MDS曲线只能画出两个点？比如设置200ps，文献有说前100ps用来平衡的，后100ps不准，那总的时间设置多少比较合适。
2.系综选择，文献里有用NVE的，但是也有说先用NVT平衡，在用NVE计算的，这是为什么？
3.文献里有绘制出扩散路径的，MS里有这个功能吗？就是轨迹全部都记录下来的，从一个孔扩散到另一个孔的过程。historyfile save every xxsteps这个选项在哪里设置的？

吸附等温线的问题：
1.在MS里adsorption isotherm 里没有发现length simulation totally的设置，一般文献里写900万步，configuration of system was record every xxstep。first300万步用来平衡。这些都是如何找到的？MS里只有maximum loading steps；equilibration steps；production steps；return trajectory；return lowest energy frams选项。这些在模拟是代表什么？需要设置多少步合理？
2.sample interval 设置25，就是描绘了25个吸附点吗？
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明月照清渠

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1楼 2012-12-06 18:49:19
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chaizhm

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+1, 鼓励交流 2012-12-12 11:47:34
分子模拟总共200ps，然后1ps的步长 有点不太合理吧 感觉太少了 总的时间一般都到ns量级了
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026li
壁立万仞，无欲则刚
2楼2012-12-06 21:35:04
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026li

金虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-12-06 21:35:04
分子模拟总共200ps，然后1ps的步长 有点不太合理吧 感觉太少了 总的时间一般都到ns量级了

谢谢你的帮助，我的其他问题，你有好的意见吗？
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3楼2012-12-07 08:49:29
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明月照清渠

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送鲜花一朵
请问楼主这个扩散的模拟是用MS的什么模块算的？
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4楼2012-12-07 21:50:43
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026li

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 明月照清渠 at 2012-12-07 21:50:43
请问楼主这个扩散的模拟是用MS的什么模块算的？

是的，我是初学者，很多不明白，你有好的建议吗？大家互相交流一下
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5楼2012-12-09 18:57:09
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026li

金虫 (小有名气)
问题动力学的问题，没人知道吗？
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6楼2012-12-10 13:09:08
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明月照清渠

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 026li at 2012-12-09 18:57:09
是的，我是初学者，很多不明白，你有好的建议吗？大家互相交流一下...

轨迹应该可以看吧， 但是我不知道怎么模拟扩散~~有文献吗？一起探讨呀~~
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7楼2012-12-10 19:29:06
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026li

金虫 (小有名气)
内容已删除
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8楼2012-12-11 10:12:06
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026li

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-12-06 21:35:04
分子模拟总共200ps，然后1ps的步长 有点不太合理吧 感觉太少了 总的时间一般都到ns量级了

你好，问一下，计算MSD用的是forcite还是discover模块？看文献中有给出轨迹的，就是画了一些这线，说明分子从一个地方运动到另一个地方的运动过程，这是哪个模块得到的？请你多多指教。
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9楼2012-12-24 18:20:36
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Point_Chen

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
资料里说MS可以调用Animation显示三维动画 我不知道楼主是不是想问这个
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10楼2014-05-26 12:38:57
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