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026li

金虫 (小有名气)

[交流] 扩散动力学模拟,total simulation time 等设置 已有3人参与

在做多孔材料吸附小分子扩散时遇到设置问题:
1.total simulation time:一般设置多少?文献里200ps,1ps time step;为什么在分析里MDS曲线只能画出两个点?比如设置200ps,文献有说前100ps用来平衡的,后100ps不准,那总的时间设置多少比较合适。
2.系综选择,文献里有用NVE的,但是也有说先用NVT平衡,在用NVE计算的,这是为什么?
3.文献里有绘制出扩散路径的,MS里有这个功能吗?就是轨迹全部都记录下来的,从一个孔扩散到另一个孔的过程。historyfile save every xxsteps这个选项在哪里设置的?

吸附等温线的问题:
1.在MS里adsorption isotherm 里没有发现length simulation totally的设置,一般文献里写900万步,configuration of system was record every xxstep。first300万步用来平衡。这些都是如何找到的?MS里只有maximum loading steps;equilibration steps;production steps;return trajectory;return lowest energy frams选项。这些在模拟是代表什么?需要设置多少步合理?
2.sample interval 设置25,就是描绘了25个吸附点吗?
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chaizhm

木虫 (著名写手)

★ ★
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zh1987hs: 金币+1, 鼓励交流 2012-12-12 11:47:34
分子模拟总共200ps,然后1ps的步长 有点不太合理吧 感觉太少了 总的时间一般都到ns量级了

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壁立万仞,无欲则刚
2楼2012-12-06 21:35:04
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026li

金虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-12-06 21:35:04
分子模拟总共200ps,然后1ps的步长 有点不太合理吧 感觉太少了 总的时间一般都到ns量级了

谢谢你的帮助,我的其他问题,你有好的意见吗?
3楼2012-12-07 08:49:29
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明月照清渠

金虫 (小有名气)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
请问楼主这个扩散的模拟是用MS的什么模块算的?
4楼2012-12-07 21:50:43
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026li

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 明月照清渠 at 2012-12-07 21:50:43
请问楼主这个扩散的模拟是用MS的什么模块算的?

是的,我是初学者,很多不明白,你有好的建议吗?大家互相交流一下
5楼2012-12-09 18:57:09
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026li

金虫 (小有名气)

问题动力学的问题,没人知道吗?
6楼2012-12-10 13:09:08
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明月照清渠

金虫 (小有名气)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 026li at 2012-12-09 18:57:09
是的,我是初学者,很多不明白,你有好的建议吗?大家互相交流一下...

轨迹应该可以看吧, 但是我不知道怎么模拟扩散~~有文献吗?一起探讨呀~~
7楼2012-12-10 19:29:06
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026li

金虫 (小有名气)

内容已删除
8楼2012-12-11 10:12:06
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026li

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chaizhm at 2012-12-06 21:35:04
分子模拟总共200ps,然后1ps的步长 有点不太合理吧 感觉太少了 总的时间一般都到ns量级了

你好,问一下,计算MSD用的是forcite还是discover模块?看文献中有给出轨迹的,就是画了一些这线,说明分子从一个地方运动到另一个地方的运动过程,这是哪个模块得到的?请你多多指教。
9楼2012-12-24 18:20:36
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Point_Chen

新虫 (初入文坛)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
资料里说MS可以调用Animation显示三维动画 我不知道楼主是不是想问这个
10楼2014-05-26 12:38:57
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