应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请教Autodock Grid Box (格子中心)的设定问题！
51/1返回列表
查看: 4026  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

[求助] 请教Autodock Grid Box (格子中心)的设定问题！ 已有3人参与

通过同源建模和结构比对分析，预测目标蛋白的活性中心关键氨基酸残基为His164、Ser281、Glu435。

现用Autodock将其底物分子与该蛋白进行对接，设定格子的大小包含以上三个残基的区域为原则，那么如何设定对接Grid Box (格子)中心的x、y、z 坐标值呢？是否可以折中取这三个残基平均空间中心位置为Grid Box中心的x、y、z 坐标值呢??

如果分别用以上每个残基的坐标设定对接Grid Box中心的x、y、z 坐标值，其它条件不变，对接结果都不一样，甚至相差很远，又是什么原因呢？
烦请各路大神、高手指教，非常谢谢！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-04-22 16:36:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by nnxqwei at 2016-04-27 12:02:02
谢谢关注！
原文说到，设定格子的大小包含以上三个残基的区域为原则，一直都这么干的。但从PDB数据库拿出已知的包含有小分子配体的晶体复合结构，将配体和受体分开后再用Autodock进行对接训练，对接的结果与晶体构 ...

你所谓的重现性指的是什么？
赞一下 回复此楼
9楼2016-04-29 11:03:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

wbf3ng

金虫 (小有名气)
1.感觉你的是ache；2.在adt的grid box里调整把这三个都包含进去即可

发自小木虫Android客户端
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

nnxqwei
2楼2016-04-23 11:07:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2016-04-23 11:07:55
1.感觉你的是ache；2.在adt的grid box里调整把这三个都包含进去即可

谢谢关注！
我一直都是这么干的，也用这种方法从PDB数据库拿出已知的包含有小分子配体的晶体复合结构，将配体和受体分开后再进行对接训练，但实际的对接结果与原晶体结构的相差较远，特别配体与受体相连接的氢键和键角等参数较远......
赞一下 回复此楼
3楼2016-04-24 10:38:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

殷赋科技

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nnxqwei: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢关注，看来运用熟练后才有可能熟能生巧。至于DOCK6很少用到的，先试试看效果如何再说吧...... 2016-04-24 20:55:57
1、Box应以包含这些残基为原则，同时，包含这些残基所在的口袋为宜。
2、本人经验，Autodock4和Autodock Vina的晶体构象重现性比较差，个人推荐DOCK6。教程参见："http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial"
赞一下 回复此楼
4楼2016-04-24 10:43:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 C79jjtjAKjEn 2026-09-15 4/200 2026-09-18 06:44 by manzzl
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 3/150 2026-09-18 03:04 by cITaGg3p5edr
[考博] 申博发邮件 +6 Lmengk 2026-09-15 7/350 2026-09-17 23:36 by Lmengk
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 6/300 2026-09-17 23:05 by cuPZTDXS3VOd
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 6/300 2026-09-17 22:29 by cuPZTDXS3VOd
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 5BDX0d0WFp7t 2026-09-15 4/200 2026-09-17 16:29 by 0ngsZVSCTS7z
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 6/300 2026-09-17 14:17 by ObVzqQQh1rrE
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 0pYnUiPDfdnk 2026-09-14 4/200 2026-09-17 14:15 by ObVzqQQh1rrE
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 23jxep3nCNZb 2026-09-14 5/250 2026-09-17 13:53 by ObVzqQQh1rrE
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 6/300 2026-09-17 13:53 by ObVzqQQh1rrE
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 40ms4Wlo4umh 2026-09-14 4/200 2026-09-17 04:26 by k06BKNblrGRH
[找工作] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 23jxep3nCNZb 2026-09-14 4/200 2026-09-17 04:04 by k06BKNblrGRH
[考研] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 6/300 2026-09-17 03:14 by Tql5LQhh5rLK
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 6/300 2026-09-17 03:04 by Tql5LQhh5rLK
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-16 17:12 by i3KBRD19ERkG
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:47 by CgyNCDVNhGVg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 5/250 2026-09-15 16:35 by CgyNCDVNhGVg
[考博] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +7 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 7/350 2026-09-15 16:23 by CgyNCDVNhGVg
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 3/150 2026-09-15 08:26 by C79jjtjAKjEn
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 LwdutQ8HoqWP 2026-09-13 4/200 2026-09-14 16:13 by Aj1rhIDL5ixY
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭