| 查看: 3582 | 回复: 11 | ||
nnxqwei至尊木虫 (职业作家)
|
[求助]
请教Autodock Grid Box (格子中心)的设定问题！ 已有3人参与
|
|
|
通过同源建模和结构比对分析，预测目标蛋白的活性中心关键氨基酸残基为His164、Ser281、Glu435。 现用Autodock将其底物分子与该蛋白进行对接，设定格子的大小包含以上三个残基的区域为原则，那么如何设定对接Grid Box (格子)中心的x、y、z 坐标值呢？是否可以折中取这三个残基平均空间中心位置为Grid Box中心的x、y、z 坐标值呢?? 如果分别用以上每个残基的坐标设定对接Grid Box中心的x、y、z 坐标值，其它条件不变，对接结果都不一样，甚至相差很远，又是什么原因呢？ 烦请各路大神、高手指教，非常谢谢！！  |
回复此楼» 猜你喜欢
312求调剂
已经有12人回复
-
生物学学硕，一志愿湖南大学，初试成绩338
已经有3人回复
-
学硕274求调剂
已经有3人回复
-
279求调剂
已经有6人回复
-
085701环境工程，267求调剂
已经有3人回复
-
中国科学院深圳先进技术研究院-光纤传感课题组招生-中国科学院大学、深圳理工大学联培
已经有5人回复
-
274求调剂
已经有20人回复
-
265求调剂
已经有16人回复
-
材料与化工304求B区调剂
已经有6人回复
-
321求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Autodock分子对接问题请教
已经有5人回复
- 请教各位大神autodock知识
已经有4人回复
- 妹子是autodock的新手，向高手请教。
已经有2人回复
- 请教autodock4: non-integral charge及error in docking parameter file
已经有2人回复
- 请教关于AUTODOCK做虚i拟筛选的问题
已经有7人回复
- Autodock 参数设定问题
已经有3人回复
- win7系统安装Autodock不成功，请教高手！
已经有2人回复
- 用Autodock做药物与BSA的对接，有点问题请教
已经有8人回复
- AUTODOCK中map文件问题请教
已经有2人回复
- Autodock对接构象有问题，请教
已经有7人回复
- 【求助】请教Autodock结果分析
已经有8人回复
- 【求助】Autodock分析请教
已经有17人回复
- 【求助】请教autodock结果分析时出现的问题
已经有1人回复
- 请教关于autodock
已经有2人回复
wbf3ng
金虫 (小有名气)
- 应助: 116 (高中生)
- 金币: 2086.3
- 红花: 8
- 帖子: 255
- 在线: 171.4小时
- 虫号: 3202097
- 注册: 2014-05-13
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
nnxqwei2楼2016-04-23 11:07:55
nnxqwei
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 44476.4
- 散金: 66
- 红花: 110
- 帖子: 4696
- 在线: 781.9小时
- 虫号: 50626
- 注册: 2004-07-13
- 性别: GG
- 专业: 微生物学
6楼2016-04-26 11:46:33
nnxqwei
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 44476.4
- 散金: 66
- 红花: 110
- 帖子: 4696
- 在线: 781.9小时
- 虫号: 50626
- 注册: 2004-07-13
- 性别: GG
- 专业: 微生物学
3楼2016-04-24 10:38:56
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nnxqwei: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢关注，看来运用熟练后才有可能熟能生巧。至于DOCK6很少用到的，先试试看效果如何再说吧...... 2016-04-24 20:55:57
感谢参与，应助指数 +1
nnxqwei: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢关注，看来运用熟练后才有可能熟能生巧。至于DOCK6很少用到的，先试试看效果如何再说吧...... 2016-04-24 20:55:57
|
1、Box应以包含这些残基为原则，同时，包含这些残基所在的口袋为宜。 2、本人经验，Autodock4和Autodock Vina的晶体构象重现性比较差，个人推荐DOCK6。教程参见："http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial" |
4楼2016-04-24 10:43:06
好孩子坏孩子
金虫 (著名写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 7714.2
- 散金: 1070
- 红花: 16
- 沙发: 4
- 帖子: 2237
- 在线: 233.1小时
- 虫号: 2516844
- 注册: 2013-06-21
- 专业: 微生物遗传学
5楼2016-04-25 14:36:47
7楼2016-04-26 20:35:48
nnxqwei
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 44476.4
- 散金: 66
- 红花: 110
- 帖子: 4696
- 在线: 781.9小时
- 虫号: 50626
- 注册: 2004-07-13
- 性别: GG
- 专业: 微生物学
8楼2016-04-27 12:02:02
9楼2016-04-29 11:03:42
nnxqwei
至尊木虫 (职业作家)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 贵宾: 0.01
- 金币: 44476.4
- 散金: 66
- 红花: 110
- 帖子: 4696
- 在线: 781.9小时
- 虫号: 50626
- 注册: 2004-07-13
- 性别: GG
- 专业: 微生物学
10楼2016-04-29 11:28:20
