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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请教Autodock Grid Box (格子中心)的设定问题！
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

[求助] 请教Autodock Grid Box (格子中心)的设定问题！ 已有3人参与

通过同源建模和结构比对分析，预测目标蛋白的活性中心关键氨基酸残基为His164、Ser281、Glu435。

现用Autodock将其底物分子与该蛋白进行对接，设定格子的大小包含以上三个残基的区域为原则，那么如何设定对接Grid Box (格子)中心的x、y、z 坐标值呢？是否可以折中取这三个残基平均空间中心位置为Grid Box中心的x、y、z 坐标值呢??

如果分别用以上每个残基的坐标设定对接Grid Box中心的x、y、z 坐标值，其它条件不变，对接结果都不一样，甚至相差很远，又是什么原因呢？
烦请各路大神、高手指教，非常谢谢！！
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1楼 2016-04-22 16:36:00
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wbf3ng

金虫 (小有名气)
1.感觉你的是ache；2.在adt的grid box里调整把这三个都包含进去即可

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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

nnxqwei
2楼2016-04-23 11:07:55
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 好孩子坏孩子 at 2016-04-25 14:36:47
请问楼主目标蛋白活性中心关键氨基酸是怎么预测的呢

一般通过同源建模和保守区分析，再与已报导有活性中心氨基酸残基的三维结构（同类酶）进行比对，它们之间的相似性越高，活性中心氨基酸就大致可以确定下来了......
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6楼2016-04-26 11:46:33
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普通回帖

nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2016-04-23 11:07:55
1.感觉你的是ache；2.在adt的grid box里调整把这三个都包含进去即可

谢谢关注！
我一直都是这么干的，也用这种方法从PDB数据库拿出已知的包含有小分子配体的晶体复合结构，将配体和受体分开后再进行对接训练，但实际的对接结果与原晶体结构的相差较远，特别配体与受体相连接的氢键和键角等参数较远......
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3楼2016-04-24 10:38:56
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殷赋科技

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
nnxqwei: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢关注，看来运用熟练后才有可能熟能生巧。至于DOCK6很少用到的，先试试看效果如何再说吧...... 2016-04-24 20:55:57
1、Box应以包含这些残基为原则，同时，包含这些残基所在的口袋为宜。
2、本人经验，Autodock4和Autodock Vina的晶体构象重现性比较差，个人推荐DOCK6。教程参见："http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial"
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4楼2016-04-24 10:43:06
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好孩子坏孩子

金虫 (著名写手)
请问楼主目标蛋白活性中心关键氨基酸是怎么预测的呢

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5楼2016-04-25 14:36:47
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
nnxqwei: 金币+2, ★有帮助, 谢谢关注！ 2016-04-27 12:02:27
构建一个盒子，将这三个氨基酸残基都包裹，然后做对接
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7楼2016-04-26 20:35:48
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pymol at 2016-04-26 20:35:48
构建一个盒子，将这三个氨基酸残基都包裹，然后做对接

谢谢关注！
原文说到，设定格子的大小包含以上三个残基的区域为原则，一直都这么干的。但从PDB数据库拿出已知的包含有小分子配体的晶体复合结构，将配体和受体分开后再用Autodock进行对接训练，对接的结果与晶体构象重现性比较差。问题是如何设定格子或其它参数来有效地提高对接的准确度呢？？
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8楼2016-04-27 12:02:02
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by nnxqwei at 2016-04-27 12:02:02
谢谢关注！
原文说到，设定格子的大小包含以上三个残基的区域为原则，一直都这么干的。但从PDB数据库拿出已知的包含有小分子配体的晶体复合结构，将配体和受体分开后再用Autodock进行对接训练，对接的结果与晶体构 ...

你所谓的重现性指的是什么？
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9楼2016-04-29 11:03:42
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by pymol at 2016-04-29 11:03:42
你所谓的重现性指的是什么？...

意思是把几个已知的结构分解为配体和受体，再用软件把它们时行对接练习，对接结果就和原来晶体结构的相差好大（主要在氢键和键角方面），即与实验的结果差异大......
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10楼2016-04-29 11:28:20
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