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nnxqwei至尊木虫 (职业作家)
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[求助]
请教Autodock Grid Box (格子中心)的设定问题！ 已有3人参与
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通过同源建模和结构比对分析，预测目标蛋白的活性中心关键氨基酸残基为His164、Ser281、Glu435。 现用Autodock将其底物分子与该蛋白进行对接，设定格子的大小包含以上三个残基的区域为原则，那么如何设定对接Grid Box (格子)中心的x、y、z 坐标值呢？是否可以折中取这三个残基平均空间中心位置为Grid Box中心的x、y、z 坐标值呢?? 如果分别用以上每个残基的坐标设定对接Grid Box中心的x、y、z 坐标值，其它条件不变，对接结果都不一样，甚至相差很远，又是什么原因呢？ 烦请各路大神、高手指教，非常谢谢！！  |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
nnxqwei: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢关注，看来运用熟练后才有可能熟能生巧。至于DOCK6很少用到的，先试试看效果如何再说吧...... 2016-04-24 20:55:57
感谢参与，应助指数 +1
nnxqwei: 金币+3, ★★★很有帮助, 谢谢关注，看来运用熟练后才有可能熟能生巧。至于DOCK6很少用到的，先试试看效果如何再说吧...... 2016-04-24 20:55:57
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1、Box应以包含这些残基为原则，同时，包含这些残基所在的口袋为宜。 2、本人经验，Autodock4和Autodock Vina的晶体构象重现性比较差，个人推荐DOCK6。教程参见："http://www.yinfotech.cn/blog/tutorial" |
4楼2016-04-24 10:43:06
wbf3ng
金虫 (小有名气)
- 应助: 116 (高中生)
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- 专业: 理论和计算化学
nnxqwei2楼2016-04-23 11:07:55
nnxqwei
至尊木虫 (职业作家)
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- 专业: 微生物学
3楼2016-04-24 10:38:56
好孩子坏孩子
金虫 (著名写手)
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- 专业: 微生物遗传学
5楼2016-04-25 14:36:47
30
