应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock分子对接问题请教
61/1返回列表
查看: 1290  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hjun79

木虫 (小有名气)

[求助] Autodock分子对接问题请教

要对接的蛋白质含有辅酶磷酸吡哆醛（PLP），首先需要PLP与蛋白质中的lys180残基形成共价键，然后再和底物对接，请教在autodock中该怎样设定，比如怎样使lys与PLP形成共价键？谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2016-02-17 18:20:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jjlex

木虫 (正式写手)
把辅酶放到口袋里作为receptor的一部分，再与底物对接

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

hjun79
2楼2016-02-17 18:35:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jjlex

木虫 (正式写手)
如果晶体结构没有辅酶的结构，则需要先构建含辅酶的受体结构，然后md得到格式状态后再对接底物

发自小木虫IOS客户端
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2016-02-17 18:38:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jjlex

木虫 (正式写手)
打错了，不是"格式状态"，是"合适状态"

发自小木虫IOS客户端
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2016-02-17 18:39:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hjun79

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jjlex at 2016-02-17 18:35:36
把辅酶放到口袋里作为receptor的一部分，再与底物对接

请问构建含的受体结构时，辅酶和蛋白通过共价键连接怎样设定

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
5楼2016-02-18 07:24:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jjlex

木虫 (正式写手)
可把辅酶与相连的氨基酸残基当做一个非标准残基处理，最好构建该非标准氨基酸残基的力场，跑一下MD，得到稳定的结构后再对接底物

发自小木虫IOS客户端
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2016-02-18 13:44:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hjun79 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 C79jjtjAKjEn 2026-09-15 4/200 2026-09-18 06:44 by manzzl
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 5BDX0d0WFp7t 2026-09-15 4/200 2026-09-18 03:18 by cITaGg3p5edr
[找工作] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 4/200 2026-09-18 02:28 by cITaGg3p5edr
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 Aj1rhIDL5ixY 2026-09-14 3/150 2026-09-18 01:40 by cITaGg3p5edr
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 s3fFTmArrBt6 2026-09-13 6/300 2026-09-17 23:28 by cuPZTDXS3VOd
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +6 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 7/350 2026-09-17 22:51 by cuPZTDXS3VOd
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +8 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 12/600 2026-09-17 22:15 by cuPZTDXS3VOd
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 mibUvS8DDCwf 2026-09-15 3/150 2026-09-17 16:03 by 0ngsZVSCTS7z
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 vZfe6xYu34yj 2026-09-14 3/150 2026-09-17 15:29 by 0ngsZVSCTS7z
[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 0pYnUiPDfdnk 2026-09-14 4/200 2026-09-17 14:15 by ObVzqQQh1rrE
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 yaCh4X3wd045 2026-09-14 4/200 2026-09-17 13:17 by ObVzqQQh1rrE
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 6/300 2026-09-17 03:04 by Tql5LQhh5rLK
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-17 02:38 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 3n8v2C8RimXI 2026-09-13 8/400 2026-09-17 01:38 by Tql5LQhh5rLK
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +7 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 8/400 2026-09-17 01:16 by Tql5LQhh5rLK
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 6F5UbRU2I5hL 2026-09-14 4/200 2026-09-16 17:00 by i3KBRD19ERkG
[考博] 上海工程技术大学激光智能制造课题组｜2027级博士研究生招生公告 +7 水士口 2026-09-16 8/400 2026-09-16 13:47 by kkklens
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 QUjhNVAcOSff 2026-09-13 5/250 2026-09-16 02:14 by DgNGHc3h5tPl
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 s3fFTmArrBt6 2026-09-14 3/150 2026-09-15 07:46 by C79jjtjAKjEn
[考博] 27秋季材料博士申请求助 10+3 Cahal1 2026-09-11 4/200 2026-09-14 08:50 by 北京莱茵编辑
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭