24小时热门版块排行榜    

查看: 1253  |  回复: 5

hjun79

木虫 (小有名气)

[求助] Autodock分子对接问题请教

要对接的蛋白质含有辅酶磷酸吡哆醛(PLP),首先需要PLP与蛋白质中的lys180残基形成共价键,然后再和底物对接,请教在autodock中该怎样设定,比如怎样使lys与PLP形成共价键?谢谢!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jjlex

木虫 (正式写手)

把辅酶放到口袋里作为receptor的一部分,再与底物对接

发自小木虫IOS客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2016-02-17 18:35:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jjlex

木虫 (正式写手)

如果晶体结构没有辅酶的结构,则需要先构建含辅酶的受体结构,然后md得到格式状态后再对接底物

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-02-17 18:38:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jjlex

木虫 (正式写手)

打错了,不是"格式状态",是"合适状态"

发自小木虫IOS客户端
4楼2016-02-17 18:39:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hjun79

木虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jjlex at 2016-02-17 18:35:36
把辅酶放到口袋里作为receptor的一部分,再与底物对接

请问构建含的受体结构时,辅酶和蛋白通过共价键连接怎样设定

发自小木虫IOS客户端
5楼2016-02-18 07:24:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jjlex

木虫 (正式写手)

可把辅酶与相连的氨基酸残基当做一个非标准残基处理,最好构建该非标准氨基酸残基的力场,跑一下MD,得到稳定的结构后再对接底物

发自小木虫IOS客户端
6楼2016-02-18 13:44:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hjun79 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 基金未中,这种答复是模板吗? +4 zhaosm1982 2026-08-27 5/250 2026-08-27 12:17 by zhaosm1982
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +5 Kittylucky 2026-08-27 5/250 2026-08-27 12:10 by 姜太公烤鱼
[基金申请] 为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜? 10+3 majunge000 2026-08-26 11/550 2026-08-27 08:42 by 北京莱茵编辑
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 04:33 by Ie9AyIAvGbvs
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 02:01 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +7 process2012 2026-08-23 10/500 2026-08-26 19:23 by hmhminy
[基金申请] 系统查不到 +10 董八千 2026-08-26 10/500 2026-08-26 16:30 by Equinoxhua
[基金申请] 怎么查啊 +5 huang1991js 2026-08-26 5/250 2026-08-26 16:09 by Equinoxhua
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 科研孤儿太难了 +21 我4大白菜 2026-08-20 22/1100 2026-08-26 11:29 by nlgza
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
信息提示
请填处理意见