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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock分子对接问题请教
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hjun79

木虫 (小有名气)

[求助] Autodock分子对接问题请教

要对接的蛋白质含有辅酶磷酸吡哆醛（PLP），首先需要PLP与蛋白质中的lys180残基形成共价键，然后再和底物对接，请教在autodock中该怎样设定，比如怎样使lys与PLP形成共价键？谢谢！
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1楼 2016-02-17 18:20:37
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jjlex

木虫 (正式写手)
把辅酶放到口袋里作为receptor的一部分，再与底物对接

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hjun79
2楼2016-02-17 18:35:36
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jjlex

木虫 (正式写手)
如果晶体结构没有辅酶的结构，则需要先构建含辅酶的受体结构，然后md得到格式状态后再对接底物

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3楼2016-02-17 18:38:10
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jjlex

木虫 (正式写手)
打错了，不是"格式状态"，是"合适状态"

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4楼2016-02-17 18:39:29
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hjun79

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by jjlex at 2016-02-17 18:35:36
把辅酶放到口袋里作为receptor的一部分，再与底物对接

请问构建含的受体结构时，辅酶和蛋白通过共价键连接怎样设定

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5楼2016-02-18 07:24:53
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jjlex

木虫 (正式写手)
可把辅酶与相连的氨基酸残基当做一个非标准残基处理，最好构建该非标准氨基酸残基的力场，跑一下MD，得到稳定的结构后再对接底物

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6楼2016-02-18 13:44:05
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