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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】lammps模拟碰撞竟然丢失原子，难道是势函数的问题？？
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大懒猫王浩

金虫 (著名写手)

学渣

[求助] 【求助】lammps模拟碰撞竟然丢失原子，难道是势函数的问题？？已有2人参与

建了一个模型碰撞的时候一直丢失两个原子，都要疯了，为了检查错误，直接建立了一个简单盒子模拟碰撞，竟然还是报错丢失两个原子！
请各路大神帮忙瞄瞄，很简单的小程序，咋会一直报错呢？请不要用什么截断半径过小，还是飞出盒子这样的话回复我。因为我觉得完全不可能飞出盒子，步长也调到过0.00001ps，但是不解决问题，而且是周期边界，丢失原子觉得很奇怪啊！velocity   0   0    500的时候没问题，但是速度一提高就报错，比如velocity 0 0 1000。
实在是不知道咋办了，所以请各路大神帮忙看看，小弟先谢过了。可能有些同学打开附件有问题，所以我直接把代码粘贴出来了，势能是lammps自带的势能
units             metal
boundary          p p p
atom_style        atomic
lattice          bcc  2.855   
#orient x 1 1 1 orient y -1 -1 2   orient  z   1 -1 0
region            box  block    -16 16 -15 15 -20 20
create_box       1    box
mass             1    56.0
create_atoms      1  box
pair_style     eam/alloy
pair_coeff     * * Fe_mm.eam.fs Fe
timestep      0.001
neighbor      1.5 bin
neigh_modify every 30 delay 0 check no
#displace_box      all    z delta   -2 2 remap none
compute     pe  all pe/atom
compute     dis all displace/atom
dump        1 all custom 500   2.lammpstrj id type x y z vx vy vz c_pe c_dis[1]
fix           3 all nvt temp  300 300 0.1
run          1000
unfix         3
write_restart     dislocation.restart
——————————————————下面是restart文件
read_restart      dislocation.restart
lattice          bcc  2.855   
#orient x 1 1 1 orient y -1 -1 2   orient  z   1 -1 0
pair_style     eam/alloy
pair_coeff     * * Fe_mm.eam.fs Fe
timestep      0.0001
neighbor      1.5 bin
neigh_modify every 10 delay 0 check no
compute     pe  all pe/atom
compute     dis all displace/atom
dump        2 all custom  100 4.lammpstrj id type x y z vx vy vz c_pe c_dis[1]
group      kpa       id   62410
velocity    kpa    set    0.0    0.0    1000.0  units box
fix           5  all nve
run          1000
unfix         5
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  • 附件 1 : 超简单碰撞.zip
    • 2016-04-01 10:16:49, 328.17 K

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一步一步往上走，，，，
1楼2016-04-01 10:17:38
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hooge

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+5, 鼓励交流 2016-04-02 10:19:51
首先你所谓的碰撞是指什么，id= 62410的原子施加了速度是吗？原子碰撞表面？

周期性边界丢失原子的说法不明确，周期性完备的话丢失原子是程序问题了吧。

如果是表面加入一个原子，那就不要用ppp周期，否则表面在哪里呢？或者留出表面空间。然后原子id的速度不要太大，步长不能太大。
赞一下(2人) 回复此楼
世界是分为你和他人两个方面的！
2楼2016-04-01 13:09:58
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大懒猫王浩

金虫 (著名写手)

学渣
引用回帖:
2楼: Originally posted by hooge at 2016-04-01 13:09:58
首先你所谓的碰撞是指什么，id= 62410的原子施加了速度是吗？原子碰撞表面？

周期性边界丢失原子的说法不明确，周期性完备的话丢失原子是程序问题了吧。

如果是表面加入一个原子，那就不要用ppp周期，否则表面 ...

我只是想在那一堆原子里面给一个原子施加一个速度，然后看看轨迹，但是报错丢失原子，从一步一输出的可视化图形来看是在某一步丢失原子，当然还是在盒子里面，速度按道理来说这个不大，步长设置为0。0001ps也不大，，，
赞一下 回复此楼
一步一步往上走，，，，
3楼2016-04-01 13:15:09
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whyaquarius

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
大懒猫王浩: 金币+300, ★★★★★最佳答案, 师兄竟然来赚金币了，，，，不好意思，只能给师兄了。。。 2016-04-01 17:29:35
月只蓝: IP检查，初步认定为马甲行为，涉嫌转移金币，违反论坛相关管理规定：http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=3711903 2016-04-02 10:16:56
月只蓝: 经查，您和大懒猫王浩的IP地址十分相近，请于2天内通过站内短消息解释您和大懒猫王浩的关系！逾期按马甲处理，并可能追加额外金币处罚。 2016-04-02 10:18:04
月只蓝: 金币-50, 认定为金币转移行为，核减金币300×0.8=240个，现扣除50个，还需要扣除190个。 2016-04-07 13:38:49
月只蓝: 金币-50, 认定为金币转移行为，核减金币300×0.8=240个，现扣除50个，还需要扣除140个。 2016-04-07 13:39:08
月只蓝: 金币-50, 认定为金币转移行为，核减金币300×0.8=240个，现扣除50个，还需要扣除90个。 2016-04-07 13:39:34
月只蓝: 金币-50, 认定为金币转移行为，核减金币300×0.8=240个，现扣除50个，还需要扣除40个。 2016-04-07 13:40:20
月只蓝: 金币-40, 认定为金币转移行为，核减金币300×0.8=240个，现已扣除完毕。 2016-04-07 13:40:42
月只蓝: 考虑到用户可能不了解马甲行为规定且是初犯，免除额外处罚。 2016-04-07 13:42:00
来来来，我来赚金币啦~

在辐照损伤的模拟中，在离子间距离比较小时，已经不能用平衡态下的作用势来描述，一般用 ZBL 来描述这个碰撞过程。比如说常用到的 tersoff/zbl 作用势就势就是将 Tersoff 作用势与 ZBL 作用势通过一个费米函数连接起来，一般
认为小于 1Å 时需要用 ZBL 描述。

P.S. eam势木有官方的zbl衔接版本~
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2016-04-01 17:20:32
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大懒猫王浩

金虫 (著名写手)

学渣
在大家的帮助下，最终问题得到了解决，是由于势能在0.5A的位置出现畸形，导致原子丢失，所以要对接ZBL势能，好吧，我又不会怎么对接了，，，滚去搬砖了，谢谢大家。。。。。
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一步一步往上走，，，，
5楼2016-04-01 18:13:55
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xxxxzzz

金虫 (正式写手)
级联碰撞。。。

发自小木虫Android客户端
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哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦
6楼2016-04-03 08:16:51
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md模拟

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 大懒猫王浩 at 2016-04-01 18:13:55
在大家的帮助下，最终问题得到了解决，是由于势能在0.5A的位置出现畸形，导致原子丢失，所以要对接ZBL势能，好吧，我又不会怎么对接了，，，滚去搬砖了，谢谢大家。。。。。

楼主是怎么对接的啊，系统只自带了一个teroffd势函数

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7楼2016-12-02 15:44:09
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