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珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学报错 已有2人参与

各位大侠,我最近用DS做完分子对接后用自己对接的结果跑动力学时,总是报错,报错结果显示是CHARMm力场异常终止,可我在做之前都添加了CHARMm力场,请问这是怎么回事呢,应该怎样处理呢。下面是报错的截图,请各位大侠帮忙分析分析。不胜感激!

分子动力学报错
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分子动力学报错-1
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分子动力学报错-2
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分子动力学报错-3
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珍维永久

金虫 (小有名气)

5楼2016-11-06 20:12:11
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查看全部 6 个回答

匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。

本帖仅楼主可见
2楼2016-05-05 22:24:15
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

童心

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

看你是经过2次MM然后直接上SD,你mm结果看能量变化还挺大,建议现mm收敛更大标准,你现在是设定RMS0.1吧,这个不够,往0.01,0.001去跑,把能量跑的平衡点再SD。
4楼2016-05-09 10:30:04
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珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by cunzaigan at 2016-05-05 22:36:52
再然后,ds算动力学太业余了,蛋白稍微大一点就会出现“solvation size too large”,然后跑得过程中会出现像你所说的“charmm没有应用于分子”,我也遇见了,可以试试再除去力场后添加力场。此外,公认比较好的计 ...

非常感谢

发自小木虫IOS客户端
6楼2016-11-06 20:12:35
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