| 查看: 677 | 回复: 0 | ||
[求助]
Amber分子动力学计算自由能时报错，急求助！！谢谢各位大侠
|
|
我在用Amber做蛋白和小分子配体的分子动力学模拟计算自由能时报错了，以下是报的错 [amber@localhost binding]$ mm_pbsa.pl binding.in > binding.out /usr/local/amber10/exe/sander -O -i pbsa_rec.in -o pbsa_rec.51.out -c ../snapshot/complex_rec.crd.51 -p ../rec.prmtop not successful 我根据上面报的错，把snapshot 里面的complex_rec.crd.51删掉了。又输了一遍命令重新开始，在算了一段时间后，又出现了以下的错误 [amber@localhost binding]$ mm_pbsa.pl binding.in > binding.out /usr/local/amber10/exe/sander -O -i sander_lig.in -o sander_lig.1.out -c ../snapshot/complex_lig.crd.1 -p ../lig.prmtop not successful 我又把complex_lig.crd.1 -p这个文件给删掉了，然后输命令继续算，又出错了 [amber@localhost binding]$ mm_pbsa.pl binding.in > binding.out Use of uninitialized value in multiplication (*) at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 1418. Use of uninitialized value in multiplication (*) at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 1391. Use of uninitialized value in multiplication (*) at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 1373. Use of uninitialized value in multiplication (*) at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 1537. Use of uninitialized value in multiplication (*) at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 1537. Use of uninitialized value in multiplication (*) at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 1537. Use of uninitialized value in multiplication (*) at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 1537. Use of uninitialized value in multiplication (*) at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 1537. Use of uninitialized value in multiplication (*) at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 1537. Use of uninitialized value in multiplication (*) at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 1537. Use of uninitialized value in multiplication (*) at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 1537. Use of uninitialized value in multiplication (*) at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 1537. Use of uninitialized value in multiplication (*) at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 1537. Can't use an undefined value as an ARRAY reference at /usr/local/amber10/src/mm_pbsa/mm_pbsa_statistics.pm line 948. [amber@localhost binding]$ |
回复此楼» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有6人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
基金不中，共勉
已经有5人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有3人回复
-
我不理解！
已经有23人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有10人回复
-
系统查不到
已经有10人回复
-
怎么查啊
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
分子动力学计算
已经有11人回复
- 【求助】分子动力学程序
已经有10人回复
- 【求助】双马来酰亚胺和聚醚醚酮的界面问题，请教各位大侠，谢谢！
已经有14人回复
- 【求助】请教vasp计算恒温第一原理分子动力学
已经有9人回复
- 【求助】如何利用分子动力学加速DFT计算的收敛
已经有6人回复
- 【求助】第一原理分子动力学都能计算什么性质呢？
已经有14人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
投票:
