24小时热门版块排行榜    

查看: 956  |  回复: 5

珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学报错 已有2人参与

各位大侠,我最近用DS做完分子对接后用自己对接的结果跑动力学时,总是报错,报错结果显示是CHARMm力场异常终止,可我在做之前都添加了CHARMm力场,请问这是怎么回事呢,应该怎样处理呢。下面是报错的截图,请各位大侠帮忙分析分析。不胜感激!

分子动力学报错
1.png


分子动力学报错-1
2.png


分子动力学报错-2
3.png


分子动力学报错-3
4.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。

本帖仅楼主可见
2楼2016-05-05 22:24:15
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

匿名

用户注销 (正式写手)

不要再问DS了。

本帖仅楼主可见
3楼2016-05-05 22:36:52
已阅   申请模拟EPI   回复此楼   编辑   查看我的主页

童心

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

看你是经过2次MM然后直接上SD,你mm结果看能量变化还挺大,建议现mm收敛更大标准,你现在是设定RMS0.1吧,这个不够,往0.01,0.001去跑,把能量跑的平衡点再SD。
4楼2016-05-09 10:30:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

5楼2016-11-06 20:12:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

珍维永久

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by cunzaigan at 2016-05-05 22:36:52
再然后,ds算动力学太业余了,蛋白稍微大一点就会出现“solvation size too large”,然后跑得过程中会出现像你所说的“charmm没有应用于分子”,我也遇见了,可以试试再除去力场后添加力场。此外,公认比较好的计 ...

非常感谢

发自小木虫IOS客户端
6楼2016-11-06 20:12:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 珍维永久 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 279求调剂 +6 红衣隐官 2026-03-21 6/300 2026-03-26 18:32 by 不吃魚的貓
[考研] 085600材料与化工306 +7 z1z2z3879 2026-03-21 7/350 2026-03-26 17:59 by fmesaito
[考研] 一志愿河工大 081700 276求调剂 +4 地球绕着太阳转 2026-03-23 4/200 2026-03-26 14:27 by zzll406
[考研] 化学调剂一志愿上海交通大学336分-本科上海211 +4 小鱼爱有机 2026-03-25 4/200 2026-03-26 10:19 by aa331100
[考研] 一志愿天津大学339材料与化工求调剂 +3 江往卖鱼 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:42 by 王小欠i
[考研] 材料专硕 335 分求调剂 +4 拒绝冷暴力 2026-03-25 4/200 2026-03-25 18:45 by haxia
[考研] 0854AI CV方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-23 4/200 2026-03-25 17:04 by CoderLoser
[考研] 材料学硕333求调剂 +4 北道巷 2026-03-24 4/200 2026-03-25 14:16 by mapenggao
[考研] 各位老师您好:本人初试372分 +5 jj涌77 2026-03-25 6/300 2026-03-25 14:15 by mapenggao
[考研] 0854人工智能方向招收调剂 +4 章小鱼567 2026-03-24 4/200 2026-03-25 13:29 by 2177681040
[考研] 材料调剂 +6 匹克i 2026-03-23 6/300 2026-03-24 21:09 by greychen00
[考研] 求调剂 +5 林之夕 2026-03-24 5/250 2026-03-24 17:16 by dick_runner
[考研] 291求调剂 +3 HanBeiNingZC 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:34 by barlinike
[考研] 一志愿吉大化学322求调剂 +4 17501029541 2026-03-23 6/300 2026-03-24 10:21 by 戴围脖的小蚊子
[考研] 一志愿国科过程所081700,274求调剂 +3 三水研0水立方 2026-03-23 3/150 2026-03-23 23:11 by MajorWen
[考研] 工科0856求调剂 +5 沐析汀汀 2026-03-21 5/250 2026-03-23 17:56 by 海瑟薇-
[考研] 接收2026硕士调剂(学硕+专硕) +4 allen-yin 2026-03-23 6/300 2026-03-23 15:04 by 汪!?!
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
[考研] 285求调剂 +6 ytter 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:09 by 星空星月
[考研] 295材料求调剂,一志愿武汉理工085601专硕 +5 Charlieyq 2026-03-19 5/250 2026-03-20 20:35 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见